区别在于所使用的查重系统不一样。
1、权威性。大部分学校和杂志都是知网，应用广泛，所以权威性相当高。可以说知网是目前国内最权威的查重系统。万方的普及程度没有知网那么广，但万方也不错，也是非常权威的。只是使用的学生会比知网少些。
2、检测算法。知网是一种自主研发的基于数字指纹的多阶段快速检测方法。用户提交的论文与数据库中的数据指纹进行对比，从单词到句子到段落，再到整篇论文。万方是自主研发的基于滑动窗口的低频特征部分匹配算法，可以快速检测用户提交的论文。各有各的特点。
3、数据库。知网所包含的数据库资源众多、全面、极其广泛，同时也包含了自己独特的数据库资源，如学术论文联合比对数据库、大学生论文联合比对数据库等。万方包含了大量的数据库资源，但比知网少，这也是万方查重比知网快的原因之一。
4、检测价格。知网查重是根据文章数量来定的，通常几百元，不同的知网子系统对应不同的价格；万方试卷是根据字数。目前价格千字3元，相比中国知网，万方更便宜。
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