灯神的精灵
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一般来说所用的分析工具有在线跟下载的下面简要列举一些常用在线软件的使用1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，Viewreport。
二、结果：
输出序列长度918bp，载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18phage，pGEM-13Zf()，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及MaskedSequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索，进入主页，进入，复制序列，DNAsource选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
AnnotationFile：_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：SumCG=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01、4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索NeuralNetworkPromoterPrediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761，1388—1438，1755—1805；
5、运用SpliceSitePrediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索SpliceSitePrediction，进入主页，复制序列。Organism选择Humanorother。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predictedgenes/exons和predictedpeptidesequence(s)两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择allresources（A~Z），选择O，选择ORFfinder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize，，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的RecognitionSequence和Type。
一、步骤：进入google首页，googleinEnglish，搜索REBASE，进入主页，分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（ForwardPrimerandReversePrimer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechkinput，sunmit，；；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃；。
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：。
9、将下面的序列用NEBcutter2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（viewgel），要求1.4%agarose和Marker为100bpDNALadder。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。
进入google首页，搜索NEBcutter2.0，进入主页，选择linear，运行！选择customdigest，，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。Viewgel。选择1.4%agarose和Marker为100bp。
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot适用于检索的computepi/mw求理论分子量分子量protparam物理化学性质protscale亲水性疏水性peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Aligntwosequences）
DNA序列分析——ORFFinder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0(tools.neb/NEBcutter2/index.php)
注：Customdigest--viewgel
限制性内切酶数据库——REBASE(rebase.neb/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（ComputepI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass）[*：kinaseK]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
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pubmed的意思:
医学数据库；数据库；文献数据库；美国国家医学图书馆
PubMed简介
PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)国家生物技术信息中心(NCBI)开发的免费资源，包括来自MEDLINE、生命科学期刊和在线书籍的生物医学文献的2，900多万条文献记录。
PubMed的引文和摘要包括生物医学和健康领域，涵盖生命科学、行为科学、化学科学和生物工程内容。PubMed还提供对其他相关网站的访问以及与其他NCBI分子生物学资源的链接。PubMed是一个提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要，并且免费搜寻的数据库。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的资源，像是生化学与细胞生物学。该搜寻引擎是由美国国立医学图书馆提供，作为Entrez资讯检索系统的一部分。PubMed的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者(付费或免费)的链接。
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