截止2014年6月,学校有科技部国际科技合作基地、国家中医临床研究基地、国家中医药管理局中医药国际合作基地、河南省高校人文社科基地、河南省非物质文化遗产研究基地、博士后科研工作站、河南省高校人文社科重点研究基地、河南省全科医生培养基地、世界针灸联合会教育基地等9个大型研究平台;2个国家中医药管理局重点研究室,6个国家中医药管理局三级实验室,2个河南省重点实验室,3个河南省工程技术中心,3个河南省高校重点学科开放实验室;59个校级研究所(中心)和13个校级研究室。学校有分析测试中心、药理药效实验中心、中医药分子生物实验中心、病理实验中心、动物实验中心、院士实验室(医学免疫学重点实验室)等6个公共科研平台及中医内科重点学科开放实验室。国家中医药管理局重点研究室:艾滋病扶正排毒、病毒性心肌炎益气养阴国家中医药管理局三级实验室:艾滋病检测实验室、中药制剂实验室、病理(肾脏)实验室、中药药理(呼吸)实验室、中药质量分析实验室、中药药理实验室河南省重点实验室:河南省病毒性疾病中医药防治重点实验室、河南省中药资源与中药化学重点实验室河南省工程技术中心:河南省中药开发工程技术研究中心、河南省中药质量控制与评价工程技术研究中心、河南省道地药材研究与开发工程技术研究中心河南省高校重点学科开放实验室:药效评价开放实验室、中医内科学实验室、中药学实验室 据学校官网统计近5年来,学校共承担科研项目2098项,其中“十一五”国家科技支撑计划、“十二五”国家科技支撑计划、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、国家软科学等国家级项目115项,省部级项目331项,年均科研经费4577.97万元;获国家科学技术进步一等奖1项、二等奖2项,省部级科研奖励74项;获得国家授权专利278项,其中授权发明专利151项;发表学术论文11651篇,被SCI、EI、ISTP等收录334篇;出版学术专著(译著)、教材(主编)共483部 。