邵燕君于1986年考入北京大学中文系。本科学习期间,曾作为《北大校刊》的记者在校内外进行广泛采访。该文发表后被数家报刊转载,轰动一时。在此过程中,邵燕君的文化视野得到了拓宽,,社会经验和写作能力上也得到了训练。因学业成绩优秀,本科即将毕业时,她获得了免试就读硕士研究生的资格。攻读硕士学位期间,邵燕君频频在《文学评论》、《上海文论》、《文学评论家》、《文史知识》、《文学世界》、《读书》等刊物上发表学术论文。她的硕士论文《作为经验的叙述和作为想象的叙述——论先锋小说的形式化追求及技术化倾向》,在详细考察了先锋小说的创作状况后,提出“经验的叙述”与“想象的叙述”两个概念,从而廓清了先锋小说的创作倾向。后来发表在了《文学评论》和《文学世界》上。1993年获硕士学位。