承办并定期公开出版《China Ocean Engineering》(英文版，国内外发行，SCI、EI全文检索)、《水科学进展》(EI全文检索)、《岩土工程学报》(EI全文检索)、《水利水运工程学报》、《海洋工程》、《小水电》、《SHP News》、《水利信息化》等8种期刊。《水利水运工程学报》《水利水运工程学报》(原名：水利水运科学研究)系水利部主管，南京水利科学研究院主办的学术性刊物。主要报导：水利水电、水运、海洋工程和土木建筑工程的规划、可靠性研究、科研、设计、施工、监理以及管理工作中的新理论、新技术、新方法和新成果等。《海洋工程》《海洋工程》创刊于1983年，是由中国科学技术协会主管，中国海洋学会主办，南京水利科学研究院和上海交通大学承办的学术性季刊（刊号ISSN1005-9865），面向国内外发行。《海洋工程》以促进学科理论发展、加速科研成果向生产力转化为宗旨，主要刊载近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等领域具有理论水平及实践经验的学术论文、研究简报、综合评论、调查报告、成果介绍及学术动态报道。《海洋工程》已被联合国《水科学和渔业文摘》（ASFA）收录，并作为核心期刊收录于中国海洋文献数据库及正式出版的检索刊物《海洋文摘》中。同时《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国科学引文数据库》来源期刊，并被作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊全文收录，2000年荣获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖。《岩土工程学报》《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，由中国水利学会、中国土木工程学会、中国力学学会、中国建筑学会、中国水力发电工程学会、中国振动工程学会六个全国性学会联合主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创办于1979年，在江苏南京登记，由南京水利科学研究院承办，国内外公开发行。《水科学进展》《水科学进展》是由南京水利科学研究院、中国水利学会主办,以水为论述主题的学术期刊,主要反映暴雨、洪水、干旱、水资源、水环境等领域科学技术的最新成果、重要进展、当代水平和发展趋势,报道关于水圈研究的新事实、新概念、新理论和新方法,交流新的科研成果、技术经验和科技动态，是全方位和深度了解中国水科学进展的重要窗口。本刊为全国中文核心期刊,被美国《Ei》和《CA》收录,2003、2004、2005年连续获“百种中国杰出学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，并入选江苏省期刊方阵。《小水电》《小水电》杂志是水利部农村水电及电气化发展局、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国唯一小水电专业技术性期刊。《China Ocean Engineering》China Ocean Engineering是中国科学技术协会主管，中国海洋工程学会主办，由南京水利科学研究院编辑的英文版综合性学术季刊（刊号ISSN0890-5487）China Ocean Engineering办刊宗旨是向国外介绍我国与海洋工程有关的研究、设计、试验、生产、使用、管理等方面的成果以及学术动态，扩大对外宣传和交流，展示我国的研究水平。主要刊载离岸工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋环境保护工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等方面的稿件。稿件内容包括工程建筑物（海洋平台、防波堤、码头、堤防、锚泊系统等），物理和数学模型试验技术，结构材料，结构应力分析，海洋工程土力学，海岸泥沙及波浪动力学等。《水利信息化》经主管单位水利部和新闻出版总署的批准，自2010年4月起《水利水文自动化》更名为《水利信息化》，指导单位为水利部信息化工作领导小组办公室，主办单位为水利部南京水利水文自动化研究所。更名后的《水利信息化》杂志以服务水利行业信息化建设为宗旨，紧紧围绕水利信息化建设的主要任务，权威发布水利信息化建设政策、法规和标准，及时介绍水利信息化建设的经验和成果，介绍国内外信息化建设现状及信息技术发展趋势，敏锐追踪信息化建设热点、难点和焦点，推动信息化技术在水利行业的应用，促进水利现代化水平的快速提升。加强水利信息化的宣传工作，传达水利信息化政策，普及信息化知识，促进水利信息化理论研究和学术交流。
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