会议论文一般是有主题的，比如某个行业举行一个行业性的学术会议，同时会把会议期间用于交流的论文在学术期刊上出版。这类型的论文称之为会议论文。
会议论文集是不算期刊的。只能算是会议资料，以及论文发表的一种的一种形式。
会议论文是属于公开发表的论文，一般正式的学术交流会议都会出版会议论文集，会议论文集不是期刊。而期刊论文则是发表在学术期刊上的论文。简单来说，会议论文没有刊号，只是一个论文集的形式；而期刊论文有CN刊号和ISSN号， CN是国内统一刊号，ISSN是国际刊号，属于正规刊物。
对于会议论文集的定义来说，它一般是作者参加学术会议，在会议上宣读自己的文章，会议结束后所出版的论文集，比如SCI、EI会议论文集等。
我觉得这个答案优质，复制一下：
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两者区别很大，容易被非学术人士误解。很多回答不够简明，通俗地说：
a. 期刊论文（Journal paper）：需要同行评审（peer review），通过率低，重要性较高。
b. 会议论文（Conference paper）：不需要评审，通过率高，重要性较低。
一般来说：
一些学术会议都会征稿（call for paper）；与会人员往往都要提交论文参加会议交流的，这种论文会装订成论文集有的也会集结出版。这个会议论文一般要比期刊的档次低一些，发表容易些。不过很多单位并不算科研成果。但也有一些较顶级的会议论文，如EI检索（这种也有低档次的，甚至有检索不了的）要求同行审稿的，水平不低。就看是什么会议了
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