根际微生物期刊投稿

2020年12月9日，德国马克斯-普朗克植物育种研究所 Ruben Garrido-Oter 和 Paul Schulze-Lefert 团队在 Cell Host & Microbe 上发表了题为 Root-secreted coumarins and the microbiota interact to improve iron nutrition in  Arabidopsis 的研究性论文。该研究揭示了拟南芥根系分泌的香豆素和根际微生物群落之间的互作可以显著改善铁胁迫条件下拟南芥对铁的利用。 1.  前言 铁是植物生长发育所必须的大量元素，在植物光合作用和呼吸作用等生物进程中起着重要作用。尽管土壤中铁元素的含量很高，但是其生物活性通常较低。铁的缺乏会导致植物生长发育受阻、叶片黄化甚至产量降低。为了适应铁生物活性较低的环境，一些非禾本科植物（比如拟南芥， Arabidopsis thaliana ）会通过酸化根际环境（H+-ATPase AHA2）将Fe3+还原为Fe2+（FERRIC REDUCTION OXIDASE2，FRO2）来提高铁的利用率。上述过程会受到FIT转录因子（FER-LIKE IRON DEFICIENCYINDUCED TRANSCRIPTION FACTOR）和一系列相关的bHLH转录因子调节。Fe2+则会被IRT1转运蛋白（IRON-REGULATED TRANSPORTER1）转运到根表皮内。 有研究发现，植物铁胁迫会诱导根系分泌香豆素，并且认为香豆素有助于活化难以活化的铁库。也有研究表明，在钙质土壤和培养基条件下，香豆素会影响根际微生物群落结构。在拟南芥中，三种香豆素的合成是一个线性的生物合成进程（图1）。莨菪亭素（scopoletin）由FERULOYL-COA6-HYDROXYLASE1（F6’H1）催化合成，随后会被SCOPOLETIN 8-HYDROXYLASE（S8H）转化为秦皮素（fraxetin），进一步被CYTOCHROME P450 FAMILY82C4（CYP82C4）催化形成sideretin。这三种香豆素均可被ABC转运蛋白PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE9（PDR9）运出体外。当然也有一些其它途径转运香豆素被发现。然而，在不同养分活性条件下（主要是可利用铁），香豆素对根际微生物群落结构和植物生产力的影响仍不明确。 2.  材料和方法 2.1.  试验材料 土壤：试验所用土壤主要来自两个地方。科隆农业土壤（CAS）是从德国科隆（GPS code: 50.958 N, 6.856 E）收集的，该地区已经有15年以上未进行农业活动。意大利土壤（IS）是从意大利有机葡萄园（GPS code: 44.292 N, 11.784 E）收集的，该葡萄园从2007年起未进行过施肥和灌溉。收集的土壤混匀过筛后储存在4℃。二者主要理化性质的差异见图2。 植物材料：试验所用拟南芥突变体材料均以哥伦比亚野生型为背景。具体材料及突变位点见表1。 菌株：试验所用115株菌株均为Bai  et al .（2015）从拟南芥CAS根际土壤中分离，保存在20%甘油中。活化和培养使用TSA和TSB培养基。表 1  试验所用植物材料 2.2.  试验设计 本试验内容主要分为两个大类：土壤试验和平板试验。 土壤试验是以CAS和IS土壤为基质，主要探究土壤中不同可利用铁对拟南芥香豆素合成运输突变体生长的影响。灭菌的拟南芥种子发芽后播种在7 × 7 cm的方盆内，盆栽放置于温室内，播种后37天取样。测定拟南芥地上部鲜重、叶绿素含量和根系细菌群落。 伯克氏菌科菌株对香豆素敏感性试验是在96孔培养板完成，测定香豆素对细菌生长的影响。 平板试验中种子表面消毒后置于无菌的水琼脂平板上催芽。改良的1/2 MS培养基用于拟南芥幼苗生长，培养基分别添加Fe3+-EDTA和FeCl3来模拟土壤中铁的活性，最终平板pH为7.4以减少酸性环境对铁的溶解。人工菌群是将115株菌株培养12-18 h后（代谢旺盛时期），分别用300μl MgCl2重悬，随后混合接种于平板中（OD600 = 0.1），对照则加入等量的灭活的混合菌液。6天苗龄的拟南芥用于平板试验，生长8天后取样。测定拟南芥地上部鲜重、叶绿素含量、地上部铁含量和根系转录组。筛选的53株单独接种的菌株则在OD600 = 0.1时用于试验，取样后仅测定地上部鲜重。 外源香豆素对拟南芥野生型和突变体生长的影响试验则是在改良的1/2 MS培养基中分别添加莨菪亭素和秦皮素，取样后测定地上部鲜重来评价其对植株生长的影响。 2.3.  指标测定 拟南芥地上部鲜重、叶绿素含量、地上部铁含量、16S rRNA基因测序（V5-V7）和根系转录组。   3.  结果 3.1.  在缺铁土壤中，香豆素对植株生长和根系微生物组成是重要的 在CAS和IS土壤中分别种植野生型拟南芥和4种香豆素合成运输突变体材料，结果发现在铁胁迫条件下（IS）， f6’h1 和 s8h 突变体植株地上部鲜重和叶绿素含量比野生型显著降低。在CAS土壤中则未观察到该现象，说明香豆素对植株铁营养有重要作用（图3）。16S rRNA基因测序结果表明，在IS土壤中， f6’h1 和 s8h 突变体与其它基因型细菌群落存在显著差异。相反地，在CAS土壤中，各个基因型拟南芥根系微生物群落组成则十分相似（图4）。以上这些结果都表明，在低活性铁土壤中，香豆素（尤其是莨菪亭素和秦皮素）对植物生长和根系微生物群落组成具有重要作用。 3.2.  香豆素可以重塑根系微生物 与野生型相比，在不同土壤中，各香豆素合成运输突变体的差异富集的扩增子序列变异（differently enriched amplicon sequence variants，deASVs）存在差异，尤其是 f6’h1 突变体（图5A）。对IS土壤中 f6’h1 突变体deASV序列分析发现，显著差异主要集中在伯克氏菌科、根瘤菌科和链霉菌科，且伯克氏菌科的deASV数量最多（图5B）。这些现象表明香豆素可以通过改变细菌群落组成（ASV水平上）来重塑根系微生物群落。比较两种土壤中 f6’h1 突变体和野生型的上述三个科的相对丰度发现，伯克氏菌科虽然占比最高，但是在野生型与突变体间无显著差异，而根瘤菌科和链霉菌科则在IS土壤中存在显著差异（图5C）。伯克氏菌科在野生型和突变体间无显著差异可能是由于分类水平较高导致的。 此外，部分香豆素复合物被认为具有拮抗微生物活性的功能，本试验也检测了一些共生的拟南芥根际微生物对香豆素的敏感性。结果发现秦皮素对大部分伯克氏菌的生长有显著抑制，而莨菪亭素对较少的菌株存在显著抑制（图5D）。注：图5D中S*与F*分别代表添加50 μM莨菪亭素或者秦皮素后，该株系生长与对照间存在显著差异。 3.3.  人工菌群和铁的活性对拟南芥生长的影响 Bai  et al .（2015）筛选的115株拟南芥根际细菌主要属于放线菌门和变形菌门（图6A）。这些菌株用于构建人工菌群来模拟自然环境中拟南芥根际微生物群落，从而检测在铁胁迫条件下根际微生物对拟南芥生长的影响。试验结果发现，在可利用铁充足的条件下，根际微生物对拟南芥生长（地上部生物量）无显著影响；相反地，在铁胁迫条件下，添加人工菌群则对拟南芥生长有显著促进作用（图6B和6C）。这种现象可能是香豆素抑制了部分共生菌的活性引起的。 为了鉴定不同菌株对植株缺铁的影响，本试验挑选了53株菌株进行单独接种。结果发现，在相同分类水平下，不同菌株对能否改善植株铁养分表现存在明显差异（图6D）。这说明微生物改善植株生长的功能存在冗余，并且具有菌株特异性。 注：（A）人工菌群的系统发育树。图中红色箭头表示用于图D的菌株。（B）不同形式铁养分下，接种人工菌群对拟南芥生长的影响。（C）不同形式铁养分对拟南芥地上部生物量和叶绿素含量的影响。（D）单独接种时，各菌株对拟南芥地上部生长的影响。*，**，***表示在 P  < 0.05，0.01，0.001水平下存在显著差异。3.4.  微生物调控拟南芥生长需要根系转运铁和分泌香豆素 为了确定微生物改善拟南芥的生长是通过改善其对铁养分的利用实现的，本试验选取了4种与铁调节相关的拟南芥突变体，其中 fro2 与 irt1 负责转运Fe2+， aha2 可以酸化根际环境， bts 是铁胁迫响应的负反馈调节基因。试验中发现，在铁胁迫环境中接种人工菌群时，野生型拟南芥地上部鲜重和叶绿素含量有显著提升； fro2 与 irt1 突变体植株长势更差并且叶片黄化； aha2 突变体生长有一定改善，但是与相应野生型相比无显著差异； bts 突变体对缺铁耐受力更强，接种对其生长有一定促进（图7）。此外，在可利用铁充足时，接种对各突变体的生长均无显著影响（图8）。这些结果再次证实了缺铁会导致植株生长缓慢，且微生物改善植株生长需要依赖植株自身的铁吸收系统。 在前期试验发现缺铁土壤中，仅 f6’h1 和 s8h 突变体地上部生物量显著降低，表明香豆素（尤其是莨菪亭素和秦皮素）对细菌调节植株对铁吸收是必须的（图3）。为了进一步验证该结果，本试验外源添加了莨菪亭素和秦皮素来观测其对拟南芥生长的影响。结果表明，添加秦皮素对可以显著增加 f6’h1 地上部生物量和叶绿素含量，而单独添加莨菪亭素则对 f6’h1 生长无显著影响（图9A和9B）。这说明拟南芥可能无法吸收外源莨菪亭素。 F6’h1 和 s8h 突变体在同时添加莨菪亭素和秦皮素均可提高植株地上部生物量（图9C）。这些结果表明秦皮素对调控缺铁环境中拟南芥与微生物间的互作从而改善植株生长是必须的。 3.5.  香豆素和微生物互作可以减轻植株铁胁迫 试验中发现在铁胁迫条件下，添加人工菌群可以显著提高野生型拟南芥的铁含量，而对 f6’h1 突变体则无改善；当可利用铁充足时，野生型和突变体间无显著差异（图10A）。这些结果说明微生物促进缺铁环境中植株生长是通过改善植株铁营养。 为了验证在缺铁环境中微生物改善植株生长是增强植株铁胁迫响应机制还是提高可利用铁含量，本试验分析了野生型和 f6’h1 突变体拟南芥根系转录组的差异。PCA分析发现铁的可利用性和人工菌群是影响植株基因表达的最主要因素，分别可以解释18%和9%的变异。在可利用铁条件下，是否接种人工菌群可以将植株转录组样本完全区分开来；在铁胁迫条件下，各转录组样本间的差异则由人工菌群和植株基因型共同决定。值得注意的是，在铁胁迫条件下， f6’h1 突变体接种人工菌群的转录组样本与野生型间存在显著差异，并且野生型样本与可利用铁条件下接种人工菌群样本更为相似（图10B）。铁胁迫条件下， f6’h1 突变体比野生型鉴定出更多与铁胁迫相关的差异表达基因；类群4中大量基因在铁胁迫条件下表达上调，而类群8中则存在大量铁胁迫表达下调的基因（图10C）。将本试验GO注释结果与之前报道的结果进行对比发现，之前鉴定的12个铁胁迫表达上调基因中11个均属于类群4；13个铁胁迫表达下调基因中7个属于类群8（表2）。此外，铁胁迫也会激活部分胁迫响应基因的表达。对部分铁胁迫响应基因的分析发现，基因的表达不仅与铁胁迫相关，也与是否添加人工菌群相关（图10D）。这些结果表明植株响应铁胁迫会受到香豆素和根际微生物群落的影响。表 2  本试验转录组 GO 注释结果与之前报道的缺铁响应关键基因的对比 4.  结论 植物受益于多样化的根际微生物群落。了解这些有益微生物的机制对提高植物生产力有着重要意义。本研究探究了在铁胁迫条件下，拟南芥和根际微生物之间依赖植物分泌的香豆素的有益的相互作用。破坏这一途径会改变根际微生物群落并抑制铁胁迫土壤中的植物生长。此外，根际微生物群落改善植株生长取决于植物铁的转运和植株分泌的香豆素（主要是秦皮素）。植物和微生物间的有益互作是具有菌株特异性的，但在微生物群落的系统发育中是功能冗余的。根系转录组和元素分析表明，共生体和香豆素之间的相互作用可以改善植物铁营养来促进其生长。这些结果表明，香豆素通过激发微生物辅助的铁营养途径改善了植物的生长。我们认为，在香豆素的刺激下，植株根际微生物群落是植物适应铁胁迫土壤的重要媒介。 编辑∣冯曾威 审核∣姚青 广东省科学院微生物研究所菌种组-华南农业大学园艺学院土壤微生物组联合团队

1、首先准备电脑，打印机，纸和笔，并摆放整齐。2、其次打开电脑输入解锁密码，并连接打印机。3、最后使用打印机打印微生物学报期刊投稿备注，并使用笔进行书写即可。

我是做环境微生物的,据我所知, 好的期刊有这一些 ISME>EM>AEM>FEMS MICROBIAL ECOLOGY=AMB .后两个稍微差一些,没那么多的名气. 不过EM的文章质量这两年有超过ISME的趋势, 影响力: JB=AEM>EM=ISME>FEMS seriers>AMB,其余非主流

呵呵，就个人的研究领域，关注点可能不一样。相对而言，在我所研究的领域，从1991年以来的EST中的相关文献每期都基本收集，认真阅读，再多看看其他杂志发表的一些文献，ACS本身的几个杂志中的文献，理论深度都要比EST要深一些。看一下，进行一下比较就大概了解了。 EST本身认可的文章，就是表征手段比较新，尽量贴近工程实践（EST不喜欢以模拟废水等进行实验所得出的数据），理论的深度提炼，不符合EST的录稿取向。 至于发表EST文章的事情，请到中国科学研生态中心去学习或者工作一段时间就知道了。表征手段及科研氛围都非常适合这里的学生、老师发顶级文章，亚洲唯一的EST编辑部在生态中心，我们都是把要发到EST的文章请EST编辑部的老师（很年轻）先看一看，录取率要高一些。仅水开放重点实验室2008年发表EST文章8篇（不含正在审稿的），生态的江老师是EST的编辑，他和他的学生就发的更多。 也没什么了不起的，只要努力，大家都一样。

applied and environmental microbiology杂志好像是周刊 or 半月刊之类的，美国微生物协会（ASM）主办的一杂志。这个杂志貌似 侧重于环境和生态等微生物 方面，而guodanni站友应该是检验科的，这就要看看他实验做的内容属于哪一块了；若是靠近病源微生物及耐药等方面，则这个杂志不合适。我曾经在这个杂志上发表过一短篇，感觉难度挺大的。 SCI杂志千万种，档次也各不相同；我是从事临床微生物的，这个领域主流杂志好像不是很多，知道的就是美国ASM主办的AAC，JCM；英国的JAC，这些都是4分往5分跑的；其他就是稍差一些了。今天手头刚好没有资料，不然就给多找几个杂志了。 另外，1分左右的微生物方面的SCI杂志很多，也很容易发表，楼主不妨自己google一下！

molecular ecology:太难了 要求非常高

1.文章引用率高 2.接收速度快，一个月左右就可返修，要是急着发的话这个杂志可以选择 3.微生物领域比较认可

该杂志很要求创新性 我投过两次。审稿时间大概都不到2个月，第一篇拒了，说没有新意，第二篇要求大修，而且改为短篇，这把我也改的够呛，我是拖了一个月才才开始改，在二个月的截止日搞到凌晨3点才投完，谁知第二天就接受了。总体感觉文章要有创新点，有别人没有发现过的东西，文章数据量的倒不是关键问题，我的第一篇数据量就很大，但也没有用。第一篇后来被JAM接受了，当然还是补了一点实验，补充的实验其实如果再投AEM可能也有戏，但是由于毕业的时间限制，所以不敢再投了。

9.4，杂志编辑和我联系：“We need more than 3 reviewers to make a final decision.”需要我再推荐1个以上的审稿人 9.13，我试着给杂志编辑发了一封邮件，咨询稿件处理的结果，9.14，编辑给出了决定：“The reviewer have recommended publication, but also suggest major revisions to your manuscript. Therefore, I invite you to respond to the reviewer' comments and revise your manuscript.” 三个审稿人给出的修改意见挺多的，其中一个从摘要到讨论，每个部分都提出了问题，幸好这些都不是太尖锐的问题，我根据他们的修改意见，一一进行了修改，并保留了一个具有修改标志的版本（这样可以看出我对文章的修改之处），然后给每个审稿人写了一封信，对每一个问题进行了回答。 9.26,通过杂志系统上传了最终的修改稿，并给编辑写了一封信，告诉他我已经按照审稿人的要求修改好了，并发送了具有修改标志的文章和给审稿人的信。 9.27，杂志编辑就给出了接受通知：“It is a pleasure to accept your manuscript entitled "xxxx" in its current form for publication in "Applied Microbiology and Biotechnology".”。

2014.07.07投稿Applied Microbiology and Biotechnology, 当天让修改内容，2014.07.15修改后重新上传 2014.07.16让修改内容 2014.07.18修改后重新上传，立刻变为with editor 2014.07.22, under review, 后时间又改为了08.05, 后时间又改为了08.11 2014.08.28审稿意见为大修，但是只有一个审稿人，而且，他的审稿意见说是大修，但其实他是想让补充一个实验，可实际上是根本不需要的一个实验，直接说明白就可以。整体来看小修都算不上。 2014.08.29将修改稿上传 2014.09.02另外一个审稿人的意见返回，应继续修改，属于小修 2014.09.03将稿件送语言公司进行修改 2014.09.11语言修回，重新将修改稿上传，很快退回,要求修改一些小格式 2014.09.12修改后将修改稿重新上传，当天with editor, 后来with editor的时间又改为了2014.09.13, 在2014.09.13的时间，状态变为decision in process, 在2014.09.15文章最终accept。 投稿中，投稿两三天的样子就修回了格式，一连修回了两次，效率很高，选的是Akira Kimura编辑，不晓得是不是送到她那里的，修回没两天就under review了，很开心！希望送审的编辑能够手下留情啊，马年马上发文章啊！上帝保佑！

AEM, JB,07年之后,他们的影响因子就从来没超过4分,所以没有掉到4以下之说. 之前我也很看重AEM,后来跟领域内小牛聊天,人家都是把最垃圾的论文丢到AEM. 他说5分以下的杂志,几乎每区别,可信度都不高. 后来投稿的时候,果断投AMB了,无他, AMB反应快,不收钱. 投AEM速度要慢,还收钱 .

图样图森破，征稿都是关系户的