已发表论文再申报课题

当然是可以的。一些好的论文可以把它转化成课题来研究，当然一些论文也是出自于课题研究的成果。不过你要征得你导师的同意，因为课题也是要在你老师的指导下完成。

理论上是不可以的，同一个项目申报过国家资金，原则上项目本身不会再给予支持；但是你可以更改个方向，侧重不一样，结果不一样，所以还可以申报

可以的，两个内容在工法流程上肯定是一样的，但是企业工法的结构要求比论文结构复杂的多，其中很多内容是论文内容里面体现不出来的。你可以根据企业工法的要求重新进行设计，企业工法一般在重复率上也没有过多限制。比如你先申报工法，已经公开发表了，再去依照实际情况来组织论文就不行了，重复率太高。