破坏新颖性。
建议先不要写论文，先申请专利，等专利申请号和申请日下来之后，再写论文。否则，丧失新颖性和创造性。
1. 专利权是归申请人所有，谁申请，专利权归谁。2. 你说的这种情况，如果专利被授权，论文的作者可以去专利复审委员会宣告该专利无效，由于该专利不具备新颖性，新颖性是指在该专利申请日前，该发明或实用新型没有在国内外的出版物上公开发表过，使用过和为公众所知，也没有其他人提出过专利申请。
先申请专利，再发表论文，不会影响专利的授权，放心写吧。引用参考文献的时候有点问题，如果专利已经公开的话，直接引公开号就可以啦；如果没有公开，但是预计在论文发表的时候专利将会公开的话，写上申请号也可以；如果没有公开，并且预计在论文发表的时候专利仍然不会公开的话，这个引用会有些问题，因为读者查询不到这篇专利文献的内容。这时候怎么办，我也不清楚了。
可以，看你申请的类型，如果是新型可以直接写，如果是发明就要看你的申请时间和发论文的时间了
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