万方数据库、中国知网的区别如下：
简单比较：
1、从收录情况来看，维普收录最久，万方收录时间最短，但是现刊万方收录最好，维普最近两年的很多期刊都没有了，特别是医学类的。
2、文档的清晰度：万方最高，维普最差。
3、使用方便性：知网和万方差不多，维普最差。
4、其它：万方的期刊浏览功能做的很好。
更加深入比较：
中国知识资源总库（CNKI）《中国知识资源总库》是由清华大学主办、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社出版、清华同方知网（北京）技术有限公司发行、数百位科学家、院士、学者参与建设，精心打造的大型知识服务平台和数字化学习系统。
目前，《总库》囊括了自然科学、人文社会科学及工程技术各领域知识，拥有期刊、报纸、博硕士培养单位的博士和优秀硕士学位论文、全国重要会议论文、中小学多媒体教辅以及1000多个加盟数据库。全文采用CAJ和PDF格式，必须下载专门的CAJ和PDF浏览器才可阅读。
中国知识资源总库的重点数据库有：
《中国期刊全文数据库（CJFD）》截至2007年3月共收录了国内8127种期刊，全文文献总量已达2272万多篇，收录起始时间一般为1994年，个别追溯到1979年或创刊年，按学科分126个专题，内容每日累增。产品形式有网络形式、光盘形式、《中国期刊专题全文数据库光盘版》。
《中国优秀博硕士学位论文全文数据库（CDMD）》收录2000年至今300多个博硕士培养单位的学位论文，内容每日累增。
《中国重要报纸全文数据库（CCND）》收录2000年至今1000多种重要报纸，内容每日累增。
《中国重要会议论文集全文数据库》（CPCD）收录2000年至今400家学术团体的会议论文，内容每日累增。
《中国企业知识仓库（CEKD）》收录国内5400余种核心与专业特色期刊、博硕论文、报纸、行业标准、法律法规、行业经济数据统计、行业深度研究报告、技术发展动态、国外经济发展动态等信息，涵盖企业技术创新、经营决策、企业管理、WTO、行业动态等专业资料信息。
《中国图书全文数据库》《中国年鉴数据库》《各行业百科数据库》《声像资料数据库 》《《保持共产党员先进性教育》专题数据库》等。
以中国期刊全文数据库为例讲解CNKI的检索方式。中国期刊全文数据库有分类检索、初级检索、高级检索和专业检索四种方式。在每种方式的检索结果（包括二次检索的检索结果）里都可以进行二次检索，可以无数次的进行，逐步缩小检索范围，直至检索结果为零。
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