转录组学sci期刊投稿

这种情况我遇到过，那位编辑是个大好人。当时也显示review了，不过应该是内审，一周后拒稿的。拒稿信里说明了他们期刊不收录我这个方向的文章，但是他觉得sci论文本身挺好的就是存在一些语法上的瑕疵，于是帮我从编辑的角度手工润色了一遍附在拒稿信里，建议我去投另外一个期刊

SCI投稿流程大致分为6步，选题、写作、选定期刊、投稿、文章审核、论文接收。1.课题选定课题的选择是很难的一件事，需要考虑的因素很多，但万事总是开头难。确定了所研究的课题，那么接下来的实验、文献的参考、论文写作、投稿起码就有了方向。不过切记，选题前多查看文献、避免重复、避免不够创新，是否具有可行性等问题都要着重考虑。2.论文写作论文的写作可放在实验前面也可放在后面，有的人就会先做完实验，然后把实验结果放在论文前面，再把方法、解决方案、可行性问题等论述逐一套进去;又或者你可以选择先写好整篇论文，框架出来了，再把实验结果等套进去，再进行结果讨论。论文写作时一定要集中时间写，在写作时不一定非要从Abstract写到Acknowledgement;你可以最后写方法与致谢，但是摘要一定字斟句酌，摘要是一篇文章的高度概括。大家在搜集信息时一般看看文章的摘要就知道这篇文章是否适合自己去阅读，文章的摘要需全面体现开展该项研究的意义的深度概括。值得一提的就是审稿员就算再没时间去仔细看你整篇论文，都会用心去看你的摘要，所以摘要的重要性你懂得了!3.选定期刊要定位好你的论文所研究的范围是在哪个领域，稿件定位后，就开始选择期刊了。推荐大家每人拥有近3-5年的影响因子表格。一般期刊的影响因子的变动不大，在Excel表格内将采用IF升序或降序的方法排列。还可以看看你所参考过的文献都是发表在哪些期刊，那也是可以考虑的。4.在线投稿现在Elsevier、Springer、Wiley这些数据库等均采用在线投稿的模式，所以投稿者需对投稿系统有所了解。一般在投稿时会需要写作Cover Letter，这个需要事先写好，到时候复制、粘贴就可以了。5.文章审理一般情况下，投稿一周内会收到期刊编辑的邮件，会告知你的稿件已经给了审稿人。文章审理工作就此开始了。审稿人对你的论文进行评述，然后将意见反馈给期刊编辑，后者将意见反馈给你。稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间(也就是编辑给你回复的时间)差不多在25天左右。大修与小修给的时间分别不同，大修的时间有时候跟稿件派给审稿人到审稿人给出回复时间相同，小修时间会短一些。6.论文接收接下来就是论文接收后的工作了，那就是移交版权(你将出版权出让给期刊)。这时候官方的互动就不是你的事儿了，导师会跟那边交流。需要你的他自然会去找你。版权出让，拿到接收函后过一阵子期刊排版，会给你一份稿件让你校对，看是否有错误;没错误那里就准备发表了，之后你就等着期刊在线刊登吧。

在自然界中，植物不断受到不利的非生物环境条件的挑战，例如干旱、高温、寒冷、营养缺乏以及土壤中过量的盐分或有毒金属。这些非生物胁迫限制了全球对耕地的利用，并对作物生产力产生了负面影响。因此，了解植物如何感知胁迫信号并适应不利的环境条件对于全球粮食安全至关重要。

转录组在非生物胁迫研究中运用十分普遍，虽然不同的胁迫机制存在差异，但运用转录组技术进行研究的思路普遍相似， 关键在于探究抗性差异的调控机制 。

文章题目： Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.)

发表刊物： BMC Genomics

发表时间： 2021年9月

研究内容： 研究通过设立低温（LT）、高温（HT）和对照组，探究五彩油菜对温度的响应机制。

结果： （1）根据转录组学研究， 与对照组相比，HT和LT中差异表达基因的数量 分别为10702和7267。 （2）为了进一步研究五彩油菜对温度反应的关键基因。对差异基因进行GO和KEGG注释，结果表明 光合作用和光合作用天线蛋白途径在五彩油菜温度响应机制中十分重要 。而且进一步发现， 高温缓解极大地限制了光合作用途径中重要基因的表达，而低温会导致此途径某些关键基因表达上升。 综上，五彩幼苗在低温条件下表现出比高温调节更好的光合性能。

根据上述结果，研究推测在低温胁迫下，植物通过上调光合作用基因的表达从而得到更高的耐冷性。相反高温胁迫则抑制了关键基因的表达，削弱了植物的自我调节能力。

文章题目： Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought stressed rice

发表刊物： Physiol Plant

发表时间： 2021年10月

研究内容： 对进行干旱处理的N22（耐旱）和IR64（干旱敏感）植物抽穗阶段组织（叶、花和根）进行转录组测序并比较分析。

结果： （1） 发现N22的差异表达基因数量几乎是IR64的 两倍 。许多差异表达基因与 干旱相关的QTL中定位 。 这些QTL参与谷物的产量与耐旱性，也与耐旱性和关键的干旱相关植物性状有关。 （2） 差异基因的共表达分析 揭示了几个已知参与干旱胁迫的关键基因。 同时发现1366个差异基因在相似的干旱条件下，在两个水稻品种中表现出完全相反的调控模式 。 （3）这些 品种特异性差异基因 与1300多个基因发现相互作用。其中包括32个与其他品种特异性差异基因存在相互作用的基因。这些基因的 启动子区域 在两个水稻品种间也 存在序列差异 。这表明了转录调控差异对于植物发展耐旱性的重要性。 基于序列的变异（启动子）可以部分解释独特的品种特异性转录行为。

文章题目： Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality

发表刊物： Front Plant Sci

发表时间： 2021年12月

研究内容： 文章探究了盐胁迫下水稻种子质量的变化，与普通土地种植相比，在盐富集区域种植的粳稻Samgwang的种子中钠、镁、钾等矿物质积累大大增加，产量降低，抽穗延迟，粒重下降。因此，研究使用RNA-seq技术对 在高盐土地和正常土地生长的发育中的种子进行了转录组分析。

结果： （1） GO富集分析 表明，上调基因与氨基酸、木质素、多糖和几丁质等生物分子的代谢以及应激反应密切相关。 （2）通过对 代谢通路分析 ，上调基因参与脱落酸和褪黑激素的生物合成途径以及海藻糖、棉子糖和麦芽糖与生态胁迫的关系。 （3）在盐胁迫下发育中的种子上调的 转录因子 包括bHLH、MYB和热休克蛋白等

这些可以做为盐胁迫下种子质量调控的潜在目标。研究目的在为阐明盐胁迫下种子响应机制与种子质量下降之间的关系提供有用的参考，为盐胁迫下种子质量的改善提供潜在策略。

文章题目： Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specic response to alkaline stress in alfalfa (MedicagosativaL.)

发表刊物： Ecotox Environ Safe

发表时间： 2021年11月

研究内容： 研究使用了 对碱性条件具有不同敏感性的两种紫花苜蓿品种 进行了生理和转录组学分析。碱敏品种Algonquin（AG）经碱处理后叶绿素含量和地上部鲜重急剧下降，而耐碱品种Gongnong No.1（GN）保持相对稳定的生长和叶绿素内容。

结果： （1） 生理分析 表明，与AG相比，GN的Ca/Mg离子含量较高；碱性条件下ca/Mg/Na离子、脯氨酸和可溶性糖的比值以及过氧化物酶（POD）和过氧化氢酶（CAT）的活性降低。 （2） 转录组学分析确定两个品种之间的三类碱反应差异表达基因 ；48个基因在两个品种（CAR）中 普遍诱导 ，574个基因 来自耐受品种（TAR） ，493个基因 来自敏感品种（SAR） 。 （3） GO和KEGG分析表明 ，CAR基因主要参与苯丙烷类生物合成、脂质代谢以及DNA复制和修复；TAR基因在代谢途径、次生代谢物的合成、MAPK信号通路、黄酮类和氨基酸的生物合成富集；SAR基因特别富含维生素B6代谢。

本研究为苜蓿耐碱机制研究提供了新见解。

为了承受环境胁迫，植物进化出相互关联的调节途径，使它们能够及时响应和适应环境。非生物胁迫条件影响植物生理学的许多方面并引起细胞过程的广泛变化。而对非生物胁迫后植物抗性机制的的研究则对后续育种等具有巨大意义。对于胁迫研究往往以构建“逆境”环境，寻找“差异性状”，探究“差异变化”的形式进行，通常结合生理试验，以生理指标差异为源头进行植物抗逆研究，再运用转录组技术，在转录调控层面寻找抗逆的关键节点或基因再进行后续研究。

参考文献：

1.Yuan, Lingyun et al. “Transcriptional profiling reveals changes in gene regulation and signaling transduction pathways during temperature stress in wucai (Brassica campestris L.).” *BMC genomics *vol. 22,1 687. 22 Sep. 2021, doi:10.1186/s12864-021-07981-9

2.Gour, Pratibha et al. “Variety-specific transcript accumulation during reproductive stage in drought-stressed rice.” Physiologia plantarum , 10.1111/ppl.13585. 15 Oct. 2021, doi:10.1111/ppl.13585

3.Lee, Choonseok et al. “Transcriptional Changes in the Developing Rice Seeds Under Salt Stress Suggest Targets for Manipulating Seed Quality.” Frontiers in plant science vol. 12 748273. 8 Nov. 2021, doi:10.3389/fpls.2021.748273

4.Wei, Tian-Jiao et al. “Physiological and transcriptomic analyses reveal novel insights into the cultivar-specific response to alkaline stress in alfalfa (Medicago sativa L.).” Ecotoxicology and environmental safety , vol. 228 113017. 22 Nov. 2021, doi:10.1016/j.ecoenv.2021.113017

转自：

1、选择合适的SCI期刊。2、下载Introduction for submission。只要到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，点击Introduction查看或下载即可。3、稿件及其相关材料准备-Preparation：Manuscript.doc、Tables.doc、Figures.tiff（jpg等）、 Cover letter，有时还有Title page、Copyright agreement、Conflicts of interest等。4、网上投稿-Submit a manuscript：先到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，先以通讯作者的身份register一个账号，然后以author login身份登录，按照提示依次完成：Select Article Type、Enter Title、Add/Edit/Remove Authors、Submit Abstract、Enter Keywords、Select Classifications、Enter Comments、Request Editor、Attach Files，最后下载pdf，查看无误后，即可到投稿主页approve submission或直接submit it。 当然，不少杂志采用email投稿，这时候，你需要注册一个hotmail或yahoo，或gmail信箱，然后将cover letter的内容略修改作为信的内容，将文章各部分作为附件发送过去。一般不建议用国内的信箱，因为不少国外的杂志对国内的信箱是屏蔽的。5、定期关注稿件状态-Status：Submit New Manuscript、Submissions Sent Back to Author、Icomplete Submissions、Sbmissions Waiting for Author's Approval、Submissions Being Processed、Submissions Needing Revision、Rvisions Sent Back to Author、Icomplete Submissions Being Revised、Risions Waiting for Author's Approval、Revisions Being Processed、Declined Revisions。一般来说，投稿后，一周以内便可以进入审稿状态，1-3个月会有初审结果。如何关注呢，如果是你自行投稿，建议三天，一周，半个月，一个月，两个月均check一次。6、修回稿的投递-Submitted the revised manuscript：主要修改revised manuscript、response to the reviewers、cover letter，关键是response letter，这非常关键，要逐条回复reviewers的意见，这里面技巧相当多。程序是进入投稿主页main menu，点击revise，仍然按照原先程序投递（近似于4），切记把修改的标题、摘要和回复信等内容要修改。最后上传附件时，先把留下来且未修改的材料前打钩（表示留下不变），然后点击next，再上传已经修改的材料（主要包括revised manuscript、response to the reviewers、cover letter等），最后下载pdf，查看无误后，即可到投稿主页approve submission或直接submit it。7、校样-Correct the proof：一般编辑部先寄出三个电子文档，包括Query、Proofs、p-annotate，有时也可能伴有纸质文档校样。校样后通过E-mail 寄出即可，或通过email确认。一般校样作者自行核对，我们有专门的校样工作人员，可以检查出在校样过程中，发现的一些细微错误。对文章进行最后的完善。8、版权协议-Copyright agreement和利益冲突-Conflicts of interest：一般首次投稿时就需要提供，但也有少数杂志是Accepted之后才需要提供。 付款。一般文章确认接收后，有付款的过程。

从写好一篇SCI，到投递一篇SCI，这个过程中我们需要经历哪些工作呢？选择合适的SCI期刊、下载Introduction for submission、准备稿件及其相关材料、网上投稿-Submit a manu，每个步骤都需要我们认真对待。选择合适的SCI期刊毫无疑问，最先要做的，就是选择期刊。据统计，大部分作者关注的期刊不超过20个，而略有接触的期刊也少于50个。而相对几千种SCI期刊来说，确实不够。选择期刊，建议结合专业、最近的影响因子表，和他人经验来综合选择要投递的期刊。1.投刊选择一是选定SCI源期刊。首先要了解相关学科被SCI收录的期刊及其基本情况,了解该刊物的投稿须知、主办单位、办刊宗旨、联系方式、出版形式、出版周期、报导内容、来稿规定等。查询哪些刊物被SCI收录,可以直接访问ISI公司的主页,找到SCI收录的期刊列表。其次,进一步通过ISI每年出版的期刊引用报告(JournalCitationRe-ports,JCR),查找相应期刊的影响因子,可以根据期刊的影响因子排名来决定投稿方向,确定它们的档次,选择合适的刊物。二是选择有关国际学术会议论文集。SCI除主要收录来自源期刊的科技论文外,还收录了一些重要的国际会议论文集,也收录一些国际上主要的学术团体、学会、协会和研讨会的会议录。因此,积极参加国际会议并提交学术论文进行国际间的学术交流,也是增加科技论文被SCI收录的途径之一。2.投稿事项向SCI国际学术期刊投稿有几个途径:一是寄给主编,二是寄到编辑部,三是在线传送,当然以在线传送最方便、安全、快捷,应按具体杂志的具体要求进行。国际学术期刊的审稿周期较短,快则2周,慢则几个月即可明确通知通讯作者是否采用稿件。通讯作者担负着同编辑部联系的责任。稿件审理结束后,主编会将审稿人对论文的评审意见寄给通讯作者,并会明确通知通讯作者是否退稿或要求作者修改稿件。审稿人及主编对论文的评审、修改意见一般都比较具体,作者应按修改意见在规定时间内修改稿件或补充实验数据,并在给主编的信(CoverLetter)中陈述是具体如何修改的,哪些地方按修改意见作了修改,以及没按修改意见修改的原因等。主编收到修改稿后会很快通知通讯作者是否正式录用稿件。一般情况下,按修改意见在规定时间内修改的稿件都会被正式录用,个别情况会再评审修改稿。由于办刊经费不足、发行量少、印刷出版成本费高等原因,SCI源期刊也是要收取一定的版面费或发表费。另外,论文发表后杂志会免费提供样刊或一定数量的抽印本(offprints),若作者要求额外的抽印本则需另外付费。优助医学专注医学学术，sci实验定制，数据统计，科研立项，行业深耕八年~下载Introduction for submission只要到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，点击Introduction查看或下载即可。通常投稿须知会有如下内容：(1) 读刊头(masthead statement，通常放在期刊前面的文题页上)，以了解刊名、简单的办刊宗旨、编辑委员会组成、编辑部成员、出版商及其联系地址等。(2) 浏览目录(table of contents)，确定该刊物是否发表你研究领域的文章及发表的比例有多大。(3) 注意栏目设置，确定拟投稿件的栏目。(4) 看拟投栏目文章的范例，了解撰写要求及格式。(5) 某些期刊刊登投稿和接收日期(submitted and accepted dates)，可据此计算论文发表周期。(6) 广告数量可间接判断期刊质量。因为广告公司都愿意将金钱投到质量高、影响大的期刊上。(7) 通过11或12月份出版的杂志最后几页上的“所有权、管理和发行声明”(statement of ownership，management，and circulation)查找期刊发行量。(8) 核查有无北美和欧洲以外国家作者撰写的文章。(9) 有些期刊还刊登报道计划，作者可依此拟订自己的投稿计划。准备稿件及其相关材料Preparation：Manu.doc、Tables.doc、Figures.tiff(jpg等)、Cover letter，有时还有Title page、Copyright agreement、Conflicts of interest等。网上投稿-Submit a manu先到每个杂志的首页，打开submit paper一栏，先以通讯作者的身份register一个账号，然后以author login身份登录。登录投稿系统后，点Start new submission(新投稿)即可以开始投稿，上面提到的几类投稿系统是比较常见的，先选文稿类型，然后填写标题，摘要，关键词，作者信息，文章细节信息等，根据各个系统的具体要求逐步来填写，打星号的是必填项，其他可以选择性的填写。比较特殊的是Nature Publishing group这个系统，如Scientific reports这个杂志，需要先上传文稿，然后再填写具体相关信息。如有不太清楚如何填写的内容，可以再看下稿约的内容。最后根据不同杂志的要求上次稿件。传完稿件后一般会有一个确认的过程，杂志社投稿系统会自动生成一个PDF文档，需要下载查看，这个文档前面是刚才填入系统的一些信息，后面是文章内容，因为PDF是投稿系统自动生成的，格式会与提交的Word文档略有不同，不用太在意，最终会以Word文档为准。如果内容上没有问题，点确认后就可以提交完成投稿了。在线投稿却需要我们注意：一、应注意查询拟投稿期刊的最新要求，以便在稿件的准备中尽早开始遵循期刊的习惯和格式。二、投稿时应严格遵循期刊的相关要求，按规定的程序填写或添加投稿信息，如投稿信、摘要、文件类型、辅助信息、图件、建议的审稿人等，以满足期刊的要求。三、Email地址必须准确，有些期刊要求主要作者和通信作者有相互独立的用户名和密码，并且主要是与通信作者进行投稿及投稿后的联系，这也是在投稿时需要注意的。四、除了Email和FTP投稿形式需要一次性投稿外，通过网页的投稿可以采取暂时保存的形式分多次完成投稿任务，在最终递交稿件前，投稿系统需要作者确认所有项目均已完成并且允许作者修改。通常情况下投稿完成以后就不允许作者对已投的稿件进行修改，除非编辑和出版商要求作者作某些修改。五、投稿成功以后，作者通常会收到一份来自编辑或系统的确认函，作者可根据确认函提供的稿件编号跟踪稿件状态及进行投稿后的联系（如要求加快稿件处理速度），可通过投稿系统规定的渠道或Email与编辑联络。六、当稿件需要修改时，编辑会通过邮件通知作者需要修改的细节，作者应该通过指定的方式递交修改稿（投稿系统，Email或FTP）。

有一定几率。转投很多时候是一种恰烂钱的做法。

一般有以下几种情况：

1、你的文章很好，但是不符合期刊的方向。拒稿信里说明了他们期刊不收录我这个方向的文章，但是他觉得文章本身挺好的就是存在一些语法上的瑕疵，于是帮我从编辑的角度手工润色了一遍附在拒稿信里，建议我去投另外一个期刊 （两个期刊属于不同协会，纯粹就是一同行前辈为你好）。

2、会在扶持新刊。编辑会把那些研究方向不那么新颖的manuscript拒稿，然后建议你去投一个刚出来一两年的新刊。

我之前投业内某顶刊被拒稿，编辑建议我转投的是一个不知名的新刊。我查了一下那个期刊的信息很少，是一个刚创刊不久的杂志。虽然挂在ACS旗下，但是既不属于SCI期刊也没有影响因子。这种文章在毕业算IF的时候是不计入的，最后没有投。

身边发过文章的同学一般是提前一到两年的时间开始准备，据说SCI审稿周期挺长的！被同学安利了常笑医学网，网站上有SCI期刊的审稿周期、录用率和出版周期等关键信息，希望对你有帮助！