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CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS，顶级期刊期刊名字 CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS期刊ISSN -2016最新影响因子 137.5是否OA开放访问 No通讯方式 WILEY-BLACKWELL PUBLISHING, INC, COMMERCE PLACE, 350 MAIN ST, MALDEN, USA, MA, 02148涉及的研究方向 医学-肿瘤学出版国家或地区 UNITED STATES出版周期 Bimonthly出版年份 1950年文章数 24
中国肿瘤临床与康复
中国医学科学院中国协和医科大学肿瘤研究所肿瘤医院出版的，全国性高级肿瘤临床医学期刊。杂志面向广大临床工作者，反映我国肿瘤临床的最新进展和成就，体现我国肿瘤临床的总体水平。本刊的目标和特色为科学的进步...
中国肿瘤生物治疗
积极宣传中国肿瘤生物治疗的政策和发展策略，及时介绍全球肿瘤生物治疗的最新研究动态。本刊栏目设有述评、院士论坛、专家论坛、研究快报、基础研究、临床研究、技术方法、学术争鸣、文献综述、专题讲座、科技动态...
现代肿瘤医学
刊物主要介绍当前肿瘤学领域的最新成果及国内外肿瘤诊疗技术的新进展，新动向；刊登肿瘤基础研究，临床诊断、治疗方面的成果以及有创新性，科学性的新方法、新发明、新经验，努力为肿瘤学术交流及学科发展服务。主...
《中华肿瘤杂志》《临床肿瘤学杂志》《中国癌症杂志》《中国肿瘤临床与康复》这几个期刊都是核心的，但是发表都比较难。其中《中国肿瘤临床与康复》相对来说要容易点，十几天就有回复是否录用，你可以投去看看。《中国肿瘤临床与康复》投稿Email：
文章是 Immune recognition of somatic mutations leading to complete durable regression in metastatic breast cancer 发表于 Nature Medicine (2018) 重点在实验设计环节，但是现在的大文章或多或少都引入多组学数据，本文也不例外，实验纳入的唯一一个病人既做了全外显子又做了转录组测序，还有单细胞测序。不过数据公开的是 PRJNA342632 for exome data and PRJNA243084 for RNA-seq data
近年来，肿瘤免疫疗法已成为继手术、放疗和化疗之后的第四种肿瘤治疗手段。
肿瘤免疫治疗 ，主要包括
其中以CTLA4、PD1/PDL1抑制剂为代表的 免疫检查点抑制剂 ，以其显著的临床疗效而备受瞩目。
而本文的研究属于肿瘤免疫治疗的过继性T细胞疗法（ACT）领域，之前以CART为主，最近出现了另外一种疗法——TIL（Tumor Infiltrating T cell，肿瘤浸润淋巴细胞），表现也十分惊艳，Rosenburg博士及其团队就是这一领域的代表。
肿瘤浸润性淋巴细胞（tumor infiltrating lymphocyte, TIL）指的是从肿瘤组织中分离出的浸润淋巴细胞。
1986年，Rosenberg研究组首先报道了TIL细胞。TIL细胞表型具有异质性。一般来说，在TIL中，绝大多数细胞是CD3阳性的。在不同肿瘤来源的TIL细胞中，CD4+ T细胞、CD8+ T细胞的比例有差异，但大多数情况下以CD8+T细胞为主。
不同患者不同肿瘤类型对免疫疗法的反应不可预测，是因为免疫成分的异质性以及肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在单个肿瘤内和患者之间的多样化表型。
并不是所有的肿瘤浸润T细胞都是针对肿瘤抗原的，并且发现检测CD39的表达可以简单的量化或分离Bystander 即“旁观者”T细胞。
早在2014年的时候Rosenburg博士的团队就将其一部分研究结果发表在Science期刊（Tran E et al, Science 2014）上，当时他们的做法是：把一名晚期胆管癌女患者的肺转移肿瘤 病灶 拿来做全基外显子测序，找到了26个非同义突变， 并为每一个突变构建了一段短基因，将这些短基因几个一组地串联成短基因串（Tandem Minigene, TMG） ，然后将这些短基因串转入抗原递呈细胞（指树突状细胞DC）并与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）共同培养，以查看患者的TIL中是否存在可以特异性识别肿瘤突变的T细胞。不出所料，这位患者的TIL可以识别肿瘤的一个突变。研究者将这个有识别功能的T细胞体外大量扩增后再回输给患者，患者肝部的转移灶长期稳定状态达1年以上。Rosenburg博士的团队通过这个研究，证明了晚期癌症患者的肿瘤组织中确实是存在可以对抗肿瘤突变的淋巴细胞的、即便是在晚期胆管癌这样凶险又难治的瘤种。
参考自：肿瘤资讯。
但是从实体瘤中收集浸润性T细胞确实比较有挑战性，而与之相比，抽取患者的外周血则容易得多 ，所以2016年Steve Rosenberg小组发表在《自然-医药》杂志上的文章《Prospective identification of neoantigen-specific lymphocytes in the peripheral blood of melanoma patients》即是从晚期恶性黑色素瘤患者的 外周免疫细胞 中可根据PD-1受体表达找到针对肿瘤变异新抗原的活性杀伤T细胞。这样找到的T细胞在体外增殖后和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）一样可以识别患者自身肿瘤。
但是恶性黑色素瘤是一种突变比较多的肿瘤，尽管外周血抗肿瘤细胞比例低，但是仍然能够分离出来；而其他突变较少的肿瘤在外周血中是否同样存在这样的T细胞就存疑了。
虽然作者本文只探索了一个病人，但是它上传了很多数据在，对这个病人测了：
也是常规的肿瘤外显子数据分析流程，其实就是GATK best-practices 流程加上 varscan2，再使用 ‘allele-specific copy-number analysis of tumors’ (ASCAT) 和Sequenza 来分析肿瘤纯度和倍性，然后得到的somatic 变异过滤如下：
其RNA-seq测序也是走的STAR比对加上GATK best-practices 流程来找变异。
最后使用 PyClone 进行克隆进化分析。
这里过滤后剩下 62 nonsynonymous somatic 变异位点
通过与前面文章类似的方法，构建TMG来挑选病人那些可以特异性识别这些突变的TIL细胞。本次使用使用了pulsed peptide pools (PPs 1–6) or transfected mRNAs (tandem minigenes (TMGs) 1–6)
得到的结果如图：
挑选那些高表达T cell receptor (TCR)-β variable (TRBV) region or high expression levels of 4-1BB (CD137, a marker of T cell activation)的T细胞做单细胞测序，找到了跟mutant (mut)-SLC3A2 or mutKIAA0368对接的 TRBV
然后TIL回输之后， FACS-sorted TRBV28+ cells showed specific recognition of PP6 and TMG6，如下图
又对应到了两个突变：
整个实验比较幸运，对这个病人来说，发现了 11 TCR clonotypes recognized the four neoantigens (SLC3A2, KIAA0368, CADPS2 and CTSB)
其实我看的不是很懂，可能就是明白其中的组学数据分析环节吧，而且作者单细胞测序也说的不清不楚的。
但是这个作者持之以恒的发大paper，应该是很牛吧。
（文章转自jimmy的2018年阅读文献笔记）
肿瘤免疫治疗是应用免疫学原理和方法，提高肿瘤细胞的免疫原性和对效应细胞杀伤的敏感性，激发和增强机体抗肿瘤免疫应答，并应用免疫细胞和效应分子输注宿主体内，协同机体免疫系统杀伤肿瘤、抑制肿瘤生长。1肿瘤免疫治疗近来备受关注，是肿瘤治疗领域的焦点。近几年，肿瘤免疫治疗的好消息不断，目前已在一些肿瘤类型如黑色素瘤，非小细胞肺癌等的治疗中展示出了强大的抗肿瘤活性，并已有肿瘤免疫治疗药物获得美国FDA（Food and Drug Administration, FDA）批准临床应用。肿瘤免疫治疗由于其卓越的疗效和创新性，在2013年被《科学》杂志评为年度最重要的科学突破。2肿瘤免疫治疗有望成为继手术，化疗，放疗，靶向治疗后肿瘤治疗领域的一场革新。
生物化学报，生物医学，科学通报（这个是SCI）。你投这些中文期刊还可以，其中科学通报要求英文，其他两个中文即可。
综述想投sci 得好好写了
一、英文杂志里面专注于肿瘤研究的杂志很多，国外的杂志可以从影响影子参考其权威程度，2018年肿瘤专业期刊的影响因子排名前10的杂志如下（影响因子越高，权威性越高）：1 CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS 影响因子是244.5852 NATURE REVIEWS CANCER 影响因子是42.7843 LANCET ONCOLOGY 影响因子是36.4184 JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY 影响因子是26.3035 Nature Reviews Clinical Oncology 影响因子是24.6536 Cancer Discovery 影响因子是24.3737 CANCER CELL 影响因子是22.8448 JAMA Oncology 影响因子是20.8719 ANNALS OF ONCOLOGY 影响因子是13.92610 JNCI-Journal of the National Cancer Institute 影响因子是11.238二、英文综合性杂志，例如《自然》、《科学》这样的多学科权威期刊，还有医学四大顶级期刊《新英格兰医学杂志》、《柳叶刀》、《JAMA》、《BMJ》也会发表肿瘤相关研究，其研究结果肯定也是很权威的。三、中文肿瘤研究杂志也有很好的，例如中华医学会系列的《中华肿瘤杂志》等。其它中华系列杂志也会发表肿瘤相关研究，例如《中华妇产科杂志》也会发表妇科肿瘤相关文章，也是比较专业的。
肿瘤学期刊推荐OncoTargets and Therapy，OncoTargets and Therapy 创刊于2008年，是一本非常年轻的期刊，由出版商Dove 发布，主编是美国堪萨斯大学医学院的副教授 Faris Farassati 博士，研究领域分别为Biotechnology & Applied Microbiology 和 Oncology，目前分别在同领域中排名56/156 和 119/244位，JCR Q2，中科院3区，2019年影响因子3.337. 1）影响因子：OncoTargets and Therapy 杂志的影响因子近年来一直在稳定增长，2015-2019年的SCI影响因子分别为2.272、2.612、2.656、3.046、3.337，增长趋势稳定。 2）自引率： OncoTargets and Therapy 在近几年的自引率，2019年5.1%，这个比例还是比较低的。 3）审稿周期：从提交到第一个决定需要22天，这个速度是比较快的。同时，官网给出的接收率为24%！ 4）版面费：根据作者所在位置的不同，收取不同的费用，中国是2500美元，约合人民币17000，彩色插图不收取额外费用。 回答参考资料
《中华肿瘤杂志》《临床肿瘤学杂志》《中国癌症杂志》《中国肿瘤临床与康复》这几个期刊都是核心的，但是发表都比较难。其中《中国肿瘤临床与康复》相对来说要容易点，十几天就有回复是否录用，你可以投去看看。《中国肿瘤临床与康复》投稿Email：