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你好，纯蛋白质组的文章较多的杂志，MCP，JPR，JOP， Proteomics，MCP比较高，余下这几个难度差不多。希望采纳哦。
sci需要上传数据url和doi:SCI期刊一般要求上传数据后会提供上传数据的后台，每本期刊上传论文原始数据的后台是不一样的，大家以投稿期刊所指定的后台为准。接下来学术顾问以在蛋白质组学杂志及其他非组学杂志上上专数据的经验，供大家参考：投稿主流的蛋白质组学杂志时，往往优先推荐的是ProteomeXchange(简称PX)存储平台。这一平台旗下还包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平台，研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传原始数据或通过旗下平台进行上传。提交数据要求：每一个提交的dataset都需要包括：Peptide / protein identification files肽段蛋白质鉴定文件，称为“RESULTS”。mass spectrometer output files质谱输出文件，称为“RAW”。既可以是仪器直接输出的raw文件，也可以是高度加工过的XML标准形式(mzXML或mzML)文件。Optionally other files：包括peaklist files文件(称为“PEAK”)，search engine output files文件(称为“SEARCH”，是Partial submissions提交时所必须的)，quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。
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一天。一般是上午投稿，下午就会审核，但期刊质量不高的，可能时间会很长甚至石沉大海。Cells杂志是由瑞士MDPI出版社发行的国际同行评审Open Access期刊，每月一期，ISSN号为2073-4409。JCR分区位于细胞生物学1区；中科院分区位于生物学2区、细胞生物学3区。该杂志接收以下领域的original article、protocol和review：转录组学，基因组学，蛋白质组学，代谢组学，糖组学，脂质组学，相互作用学，通量组学，生物组学等以及所有细胞相关的研究。
sci需要上传数据url和doi:SCI期刊一般要求上传数据后会提供上传数据的后台，每本期刊上传论文原始数据的后台是不一样的，大家以投稿期刊所指定的后台为准。接下来学术顾问以在蛋白质组学杂志及其他非组学杂志上上专数据的经验，供大家参考：投稿主流的蛋白质组学杂志时，往往优先推荐的是ProteomeXchange(简称PX)存储平台。这一平台旗下还包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平台，研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传原始数据或通过旗下平台进行上传。提交数据要求：每一个提交的dataset都需要包括：Peptide / protein identification files肽段蛋白质鉴定文件，称为“RESULTS”。mass spectrometer output files质谱输出文件，称为“RAW”。既可以是仪器直接输出的raw文件，也可以是高度加工过的XML标准形式(mzXML或mzML)文件。Optionally other files：包括peaklist files文件(称为“PEAK”)，search engine output files文件(称为“SEARCH”，是Partial submissions提交时所必须的)，quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。
中国科学院遗传研究所
收的。拓展资料：纯生信是指不用做实验就可以发表的生信文章，生信文章是指生物信息学类的文章。近年来越来越多的人对生物信息学感兴趣，因为它不需要任何实验就可以发 SCI，仅依靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文，一般纯生信或补充点相关实验大多是发1-5分文章。喜欢收录纯生信文章的SCI期刊有：Bioinformatics、BMC-Genomics、BMC-SYSTEMS BIOLOGY、Gene、Journal of Cellular and Molecular Medicine、Computational Biology and Chemistry等等。生物信息学是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。生物信息学是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。
一、氨基酸和生物资源 Amino Acids and Biotic Resources
本刊是我国唯一一种以生物资源为主题，氨基酸为特色的科技期刊。分为生物资源研究、保护与利用；农副资源研究与利用；生物技术及制品；氨基酸生产技术；氨基酸和生物资源与人类健康；分析检测技术；氨基酸应用；生物产业和生命科学工作者等8个栏目。在生命科学、资源科学、生物工程、饲料科学、食品科学、医药学、营养学等领域深受欢迎。本刊被国内许多文摘和数据库所收录。读者主要为科技工作者、大中专院校师生、技术人员和工人等。
二、基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）Genomics、Proteomics & Bioinformatics
Genomics, Proteomics & Bioinformatics (《基因组蛋白质组与生物信息学报》，简称GPB)创刊于2003年，是由中国科学院北京基因组研究所主办、科学出版社出版的国家级英文学术期刊，由杨焕明教授、于军教授担任主编，汪建教授、贺福初院士担任副主编。本刊主要刊载基因组学、蛋白质组学、生物信息学及其相关领域的研究进展、综述、研究论文、实验技术与方法、研究快讯等高质量的稿件，突出刊物的学术性、前沿性、指导性和实用性。本刊读者对象为基础医学、生命科学、农学、计算机科学领域的科研与教学人员、研究生等，以及数学、物理学领域对生物科学有兴趣的研究者。
三、生命科学 Chinese Bulletin of Life Sciences
本刊以评述、综述、研究简讯（动态）等形式报道国内外生命科学研究的发展趋势、学术动态和研究成果，重点报道生命科学领域的评述性或综述性文章和国家自然科学基金资助的生命科学有关的项目介绍、研究进展、管理经验和问题咨询，同时也报道该领域的研究动态、研究成果、科学家介绍、研究机构介绍和书评等内容。
四、生命科学研究 Life Science Research
本刊是中国以生命科学命名的唯一的全国综合性学术期刊。主要反映世界各国生命科学领域中的最新研究成果，所刊登的论文90%来源于中国国家自然科学基金、国家科技部重大项目基金以及省级科学基金。经过专家评审，论文达到国家先进水平及国内外先进水平的共占85%以上。《生命科学研究》严格执行 ISO8，ISO31，ISO1000，ISO5966等国际标准，遵守国际惯例，逐步实现编排格式国际标准化，1999年被湖南省评定为科技学术类一级期刊，2000年被评为全国CAJ-CD规范执行优秀奖。
五、中国生物工程杂志 China Biotechnology
本刊由中科院文献情报中心和国家科技部中国生物工程开发中心共同主办，是我国生物工程领域全国性学术团体、国家一级学会——中国生物工程学会会刊。《中国生物工程杂志》(月刊)内容涉及医药生物技术、农业生物技术、轻化工生物技术、环境生物技术、海洋生物技术等专业领域。设有学术论文、研究进展、研究报告、专题论述、技术与方法、评论、新闻报道、生物工程领域知识产权研究、市场与商情、会议消息、动态等栏目，还以杂志专集、增刊等的形式出版生物工程专题著述。本刊创刊于1976年，是我国最早创刊的中央级综合性生物工程专业刊物，编辑委员会由国内知名生物工程专家、管理部门领导组成，发行面覆盖全国各省、自治区、直辖市、香港、台湾及海外有关大学、研究机构、图书馆也有相当的订户，和海外建立有广泛的刊物交换联系并被国内外著名检索系统收录。
希望我的回答可以为你提供一些帮助O(∩_∩)O~
CellReportsMedicine｜CellReportsMedicine｜第一期LifeScienceMed >《LifeScienceMed》阅246转92020.06.21关注导语：Cell Reports Medicine杂志是Cell旗下的子刊，主要聚焦于与医学密切相关的转化研究及临床研究，2020年4月21日是这本杂志的首次刊发。第一期的主要内容包括：CAR-NK治疗，1篇。脂肪代谢功能，1篇。肥胖/糖尿病：1篇蛋白基因组学：1篇肿瘤耐药：1篇类器官：1篇临床药物：1篇打开APP查看高清大图Apr 21, 2020；Volume 1 Issue 1封面连接人类生命：寓意Cell Reports Medicine这本杂志聚焦于基础转化研究和临床研究，并相互启发，从而影响人类健康与疾病。CAR-NK治疗文章简介：滤泡辅助T细胞Tfh与自身免疫和T细胞恶性肿瘤密切相关，但是目前临床上没有特异性靶向Tfh来治疗这些疾病的方法。然而，因为Tfh通常高表达PD-1，所以这篇文章的作者构建了PD-L1-CAR-NK用来特异性靶向Tfh，体外实验和动物实验都证明该PD-L1-CAR-NK有明显治疗效果。脂肪代谢功能文章简介：心力衰竭是全球范围内的重要致死病因，急需新的治疗理念。而心力衰竭发生发展过程中可以诱导脂肪组织、心脏及多种器官发生脂肪分解，且越来越多的证据表明脂肪分解，尤其是甘油三酯酶ATGL的活性，在心脏病理生理过程中有重要功能。这篇综述总结了脂肪分解对正常心肌功能和心力衰竭的重要作用，并通过讨论临床前研究来说明非心肌及心肌脂肪代谢调节对心肌的影响。最后指出ATGL的药物抑制可能成为心力衰竭的潜在治疗方法。肥胖/糖尿病文章简介：这是一份临床报告，关于MC4R突变诱发的肥胖及二型糖尿病在GLP-1受体激动剂治疗下的治疗效果。蛋白基因组学文章简介：这篇文章在功能层面对HGSC展开分析。通过分析正常组织与HGSC的蛋白基因组及磷酸蛋白组，揭示了不同同源重组修复（HRD）状态背景下HGSC和正常组织差异的通路。并验证了前期研究中HGSC的关键特征，如存活相关特征、组蛋白乙酰化作为HRD的marker等。此外，磷酸蛋白质组学数据提示增殖诱导的复制压力可能促进HGSC中特征性的染色
cellreportsmedicine属于子刊吗cell reports是Cell Press出版社（Elsevier的子集团）2011年创建，2012年1月发表第一期的一本开放获取期刊。cell reports是三大名刊CNS中《Cell》的子刊，是Cell出版集团旗下2011年创建的开放获取期刊。《Cell》杂志创刊于1976年，以发表具有重要意义的原创性科研报告为主，现已成为世界自然科学研究领域最著名的期刊之一，除此之外，Cell出版社目前还陆续发行了十几种姊妹刊，在各自专业领域里均占据着举足轻重的地位。
《微生物学》《古生物学报》《病毒》 忘了。。。
一、氨基酸和生物资源 Amino Acids and Biotic Resources
本刊是我国唯一一种以生物资源为主题，氨基酸为特色的科技期刊。分为生物资源研究、保护与利用；农副资源研究与利用；生物技术及制品；氨基酸生产技术；氨基酸和生物资源与人类健康；分析检测技术；氨基酸应用；生物产业和生命科学工作者等8个栏目。在生命科学、资源科学、生物工程、饲料科学、食品科学、医药学、营养学等领域深受欢迎。本刊被国内许多文摘和数据库所收录。读者主要为科技工作者、大中专院校师生、技术人员和工人等。
二、基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）Genomics、Proteomics & Bioinformatics
Genomics, Proteomics & Bioinformatics (《基因组蛋白质组与生物信息学报》，简称GPB)创刊于2003年，是由中国科学院北京基因组研究所主办、科学出版社出版的国家级英文学术期刊，由杨焕明教授、于军教授担任主编，汪建教授、贺福初院士担任副主编。本刊主要刊载基因组学、蛋白质组学、生物信息学及其相关领域的研究进展、综述、研究论文、实验技术与方法、研究快讯等高质量的稿件，突出刊物的学术性、前沿性、指导性和实用性。本刊读者对象为基础医学、生命科学、农学、计算机科学领域的科研与教学人员、研究生等，以及数学、物理学领域对生物科学有兴趣的研究者。
三、生命科学 Chinese Bulletin of Life Sciences
本刊以评述、综述、研究简讯（动态）等形式报道国内外生命科学研究的发展趋势、学术动态和研究成果，重点报道生命科学领域的评述性或综述性文章和国家自然科学基金资助的生命科学有关的项目介绍、研究进展、管理经验和问题咨询，同时也报道该领域的研究动态、研究成果、科学家介绍、研究机构介绍和书评等内容。
四、生命科学研究 Life Science Research
本刊是中国以生命科学命名的唯一的全国综合性学术期刊。主要反映世界各国生命科学领域中的最新研究成果，所刊登的论文90%来源于中国国家自然科学基金、国家科技部重大项目基金以及省级科学基金。经过专家评审，论文达到国家先进水平及国内外先进水平的共占85%以上。《生命科学研究》严格执行 ISO8，ISO31，ISO1000，ISO5966等国际标准，遵守国际惯例，逐步实现编排格式国际标准化，1999年被湖南省评定为科技学术类一级期刊，2000年被评为全国CAJ-CD规范执行优秀奖。
五、中国生物工程杂志 China Biotechnology
本刊由中科院文献情报中心和国家科技部中国生物工程开发中心共同主办，是我国生物工程领域全国性学术团体、国家一级学会——中国生物工程学会会刊。《中国生物工程杂志》(月刊)内容涉及医药生物技术、农业生物技术、轻化工生物技术、环境生物技术、海洋生物技术等专业领域。设有学术论文、研究进展、研究报告、专题论述、技术与方法、评论、新闻报道、生物工程领域知识产权研究、市场与商情、会议消息、动态等栏目，还以杂志专集、增刊等的形式出版生物工程专题著述。本刊创刊于1976年，是我国最早创刊的中央级综合性生物工程专业刊物，编辑委员会由国内知名生物工程专家、管理部门领导组成，发行面覆盖全国各省、自治区、直辖市、香港、台湾及海外有关大学、研究机构、图书馆也有相当的订户，和海外建立有广泛的刊物交换联系并被国内外著名检索系统收录。
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之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整理了。因为笔记链接只有微信稿，担心后期会失效，所以这里只是简单地拷贝过来，以供复习之用。
1. 蛋白质组学研究方法概述（上） 1. 蛋白质组学研究方法概述（下） 2. 蛋白质组学样品前处理（1） 2. 蛋白质组学样品前处理（2） 2. 蛋白质组学样品前处理（3） 2. 蛋白质组学样品前处理（4） 3. 蛋白质谱的原理及使用（1） 3. 蛋白质谱的原理及使用（2） 3. 蛋白质谱的原理及使用（3） 3. 蛋白质谱的原理及使用（4） 4. 蛋白质组学数据分析基础（1） 4. 蛋白质组学数据分析基础（2） 4. 蛋白质组学数据分析基础（3）
库鑫 博士，2007年毕业于华中科技大学同济医学院，获学士学位。同年9月被保送至中科院上海药物研究所并于2010年取得硕士学位。2010年10月至2014年6月在德国慕尼黑工业大学（Technische Universität München）生物分析与蛋白质组学研究所（Prof. Bernhard Kuster）攻读博士学位，专业方向为基于串联质谱的蛋白质组学在肿瘤药物研究中的应用。库鑫在博士期间发展了基于定量质谱的化学蛋白组学方法用于近生理条件下激酶小分子药物脱靶效应的研究，相关结果发表于J Prot Res, J Prot等杂志上。现任职于上海交通大学系统生物医学研究院，研究方向：肿瘤相关生物标志物的发现和蛋白质糖基化修饰的研究。
刘晓慧 博士，高级工程师，复旦大学化学系/生物医学研究院 。 蛋白质组学与系统生物学实验室，2003年毕业于湖南师范大学 获理学学士学位，2006年毕业于湖南师范大学 获生物化学与分子生物学硕士学位，2014年毕业于复旦大学，获化学生物学博士学位。2006年至今，工作于复旦大学化学系，从事基于生物质谱的蛋白质和多肽定量方法的应用和开发，熟悉iTRAQ,MRM,MRM-HR,SWATH等相关技术，参与发表相关论文30余篇。
李溱 博士，副教授。中国农业大学生物学院，植物生理学与生物化学国家重点实验室，中国农业大学“985”功能基因组中心生物质谱实验室。李博士1999年毕业于北京师范大学，获得理学学士学位，2007年毕业于美国德克萨斯州Texas A&M大学，获得博士学位。2008年-2009年在University of Illinois at Urbana-Champaign从事博士后研究，2011年至今，就职于中国农业大学生物学院，负责生物质谱实验室日常运行，对外提供蛋白质组学和代谢组学技术服务，开展基于高分辨质谱技术的植物代谢组学和蛋白质组学研究工作。
廖日晶 博士，副研究员。2006.9-2011.7于中科院上海有机化学研究所硕博连读，研究方向为天然产物抗生素的生物合成机制，2011.8-2015.5于诺华（中国）生物医学研究所从事博士后研究，研究方向为运用生物质谱技术开发组蛋白后修饰的新型分析方法学。2015年6月至今任中科院上海临床研究中心副研究员，从事生物质谱技术在基础以及临床科研方面的运用和开发新型分析方法学的研究。在攻读博士与博士后期间，以第一作者身份在美国化学会志（JACS IF: 13.0）、分析化学（Analytical Chemistry IF: 5.9）、化学和生物学（Chemistry & Biology IF: 6.6)等重要刊物上发表多篇论文。
沈诚频 博士，2005年毕业于复旦大学化学系，获得理学学士学位；同年保送至复旦大学生物医学研究院攻读博士学位，师从复旦大学生物医学研究院常务副院长杨芃原教授，2011年获得理学博士学位，攻读博士学位期间，作为访问学者于2009年-2011年前往美国麻省理工大学生物工程系交流学习。主要开展的工作包括：人肝蛋白质组学，蛋白质组学信息学，糖蛋白质组学。于2011年作为应用科学家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息学部，并于2013年聘为公司高级应用科学家及生物信息学部主管，主要负责蛋白质组学及生物通路分析软件和方法的技术支持及方案咨询。
唐家澍 博士，2006年毕业于南京大学理科强化部，生物化学专业，获得学士学位。2013年毕业于中科院上海生化所，师从曾嵘研究员，主要从事蛋白质组学技术和应用研究。随后在中科院上海生科院系统生物学重点实验室进行了为期两年的博士后训练，主要从事系统生物学和基于分子生物学的功能研究。从2016年1月开始，在赛默飞世尔科技色谱质谱事业部担任应用工程师，主要擅长磷酸化蛋白质组学技术，定量蛋白质组学技术以及质谱数据的生物统计学和生物信息学分析。
吴泽明 赛默飞质谱代谢组学业务发展经理，2012年毕业于中科院大连化物所，同年加入Thermo,先后任Chemist、Application Scientist与北区技术负责人等职。近10年来一直从事和密切介入基于质谱技术的代谢组学、脂质组学相关研究，在PNAS、MOL BIOSYST等杂志发表论文多篇。现专注致力于质谱与各种分离技术在Metabolomics/Lipidomics及其在疾病、生物功能与食品组学等方向的应用方法开发、技术支持和科学项目合作。
张伟 博士，赛默飞转化医学业务发展经理，在Chem. Comm., Anal. Chem., J. Proteome Res., Proteomics, J.Proteomics等知名杂志上发表论文14篇，其中第一作者10篇。2012年毕业于复旦大学生物医学研究院，获博士学位；2012年加入赛默飞公司，从事生物质谱与蛋白质组学领域的研究、技术开发、市场开拓工作。
周岳 毕业于中国科学院生物物理研究所，致力于蛋白质组学，生物制药的应用开发，技术支持和科学研究工作。在生物质谱蛋白定性分析，翻译后修饰以及蛋白定量方面有丰富的经验，参与完成多篇高水平文章的质谱工作。在赛默飞世尔科技担任质谱应用工程师期间，优化了QE系列产品，fusion系列产品在蛋白质组学应用中的质谱参数，并在Orbitrap用户中进行推广。建立了基于QE,Fusion的DIA数据采集以及数据分析流程，实现了7500个蛋白的DIA定量分析。
期刊：Cell Reports；影响因子：8.109 发表单位：约翰霍普金斯大学等 高级浆液性卵巢癌（HGSC）是导致大多数与卵巢癌相关的死亡的最常见和致命的卵巢癌类型，了解卵巢癌发生、发展和治疗敏感性的分子机制是进一步提高患者生存率的关键步骤。先前已有大规模的组学研究中对肿瘤组织进行了广泛的分析，包括基因组、转录组、蛋白组以及表观修饰等，然而对于蛋白质翻译修饰而言，除磷酸化外，尚未在大规模蛋白质组学研究中研究其他蛋白质修饰。糖基化在癌症发展过程中起着至关重要的作用，例如细胞间粘附、细胞生长、配体-受体结合和肿瘤转移。与其他蛋白质修饰相比，糖蛋白的分析由于糖蛋白结构的巨大复杂性和异质性而受到限制。糖蛋白组学技术的最新进展已使复杂糖蛋白的全面分析成为可能。 2020年10月发表在《Cell Reports》的一项研究中，利用蛋白质组学和N-链接糖基化蛋白质组学技术，系统地分析了83例HGSC患者肿瘤组织及23例健康输卵管组织标本。研究提供了HGSC完整的蛋白组学和糖蛋白组学特性，发现肿瘤中的糖蛋白在多个水平上受到调节，包括糖蛋白丰度、确定的特定糖位处糖基化的总体程度以及糖位处糖基化的类型，并揭示了以前从未研究过的蛋白质糖基化在卵巢癌中的潜在功能。 由于一系列修饰，许多基因产物表现出极大的结构异质性。这些修饰不是直接编码在基因组模板中，但往往影响蛋白质的功能。蛋白质糖基化在蛋白质正常功能中起着至关重要的作用。但是，与其他蛋白质修饰（例如磷酸化）相比，糖蛋白的分析具有挑战性。本研究对83个前瞻性收集的高级浆液性卵巢癌（HGSC）和23个非肿瘤组织进行了蛋白质组学和糖蛋白组学的综合分析，揭示了肿瘤特异性糖基化以及与三个肿瘤簇相关的不同糖基化，并鉴定了与糖基化改变相关的糖基化酶。 83个卵巢癌和23个相关非肿瘤组织的蛋白质组学和糖蛋白组学； 糖基化与3个肿瘤簇相关； 糖蛋白和糖位的肿瘤特异性变化显而易见； 确定负责糖基化改变的酶。 收集了83例未经治疗的HGSC肿瘤和23例非肿瘤组织，用于定量蛋白质组学和N-连接糖蛋白组分析。总共鉴定出8144种蛋白质，其中1690个含N-连接糖基的肽。根据已鉴定的N联聚糖的单糖组成，定义了三种聚糖类型：低聚甘露糖/高甘露糖（HM），含有两个N-乙酰基己糖胺（N）和己糖（H）而没有另外的岩藻糖（F）或唾液酸（S）的聚糖；唾液酸化聚糖（Sia），代表任何含有S的聚糖；以及岩藻糖基化聚糖（Fuc），代表任何已鉴定的含有F的聚糖。 为了研究HGSC的癌症异质性，作者使用糖蛋白组学数据进行聚类分析，鉴定了3种糖肽簇（IGP1-3）。通过计算了IGP簇与临床表型的相关性，IGP3与肿瘤细胞数量呈负相关，与网膜的解剖部位呈负相关。功能分析显示，IGP1富含溶酶体，IGP2中富含磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt信号通路、粘着斑和细胞外基质（ECM）-受体相互作用，IGP3富含补体和凝血级联。结果还显示了与IGP簇相关的聚糖，包括IGP1中的HM聚糖，IGP2中的HM和Fuc聚糖，IGP3中的Fuc和Sia聚糖。 先前研究已报道，IGP肿瘤簇与分化、免疫反应、间充质和增生等4种亚型有关。作者进一步探索本研究中IGP肿瘤簇与肿瘤亚型的关系，发现免疫反应性亚型的特征蛋白在IGP簇1中升高，间充质的特征蛋白在IGP2中降低而在IGP3中升高，这表明IGP1与免疫反应性亚型有关，而IGP3与间充质亚型有关。通过评估基质细胞和免疫细胞对聚类结果的影响，IGP1簇似乎不受肿瘤纯度或基质评分的影响，IGP2具有相对较高的肿瘤纯度和较低的基质和免疫评分，IGP3具有较低的肿瘤纯度和较高的基质和免疫评分。 蛋白糖基化水平的主成分分析（PCA）显示，肿瘤和非肿瘤样本存在明显界限。与非肿瘤样品相比，在肿瘤中48个糖肽显著上调，而94个糖肽显著下调。为了寻找对卵巢癌诊断的可能有用的差异糖蛋白，作者使用受试者工作特性曲线评估了糖肽特征，显示HYOU1、FKBP10、PSAP和PPT1能够对肿瘤和非肿瘤组织进行良好分类。功能分析显示，溶酶体是肿瘤样品中显著上调的糖肽富集的通路，而补体和凝血级联通路、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、局灶性在肿瘤样品中被下调糖肽富集。比较肿瘤样品和非肿瘤样品之间糖肽的相对丰度，观察到带有HM型聚糖的糖肽在肿瘤中具有更高丰度，而含有Fuc和Sia的糖肽在肿瘤中丰度低。含HM、Fuc或Sia的糖肽涉及的途径表明，溶酶体途径是含HM的糖肽中最富集的途径，Euc糖肽富集ECM-受体相互作用，Sia糖肽富集凝血级联反应。 比较肿瘤和非肿瘤样品中蛋白糖基化和蛋白表达，糖基化位点和糖蛋白在肿瘤中显示出不同的调节水平，糖蛋白可能受糖基化占有率以及整体蛋白表达的调控。尽管含糖基肽的大多数差异丰度变化仍与相应的整体蛋白表达正相关，但某些糖蛋白糖基的丰度变化可能显示出与其全局水平不同的表达模式。例如，卵巢癌的生物标志物之一MCU16，在HGSC和健康输卵管中蛋白表达量相近，但其两个糖修饰位点MUC16_12272和MCU16_12586的糖基化修饰水平则在HGSC中明显升高，这表明简单地测量蛋白质丰度和随后的基于蛋白质的聚类可能不足以全面了解肿瘤生物学。与非肿瘤相比，肿瘤中糖肽的丰度变化不仅受每个糖位处的糖基化反应程度的调节，也受到修饰糖位的聚糖的影响。含HM聚糖的糖肽在肿瘤中大多过表达，而含其他类型含聚糖的糖肽的丰度变化则各不相同，并观察到在相同糖位上糖基化的异质性。 为了研究聚糖表达的调节，作者将糖肽数据集中每个肿瘤和非肿瘤样品中糖肽的丰度与从蛋白质组学数据集中确定和量化的糖基化酶的蛋白质丰度进行了关联，发现具有HM聚糖糖基化的糖肽与糖苷酶2亚基β（PRKCSH）的表达呈正相关。同时，在所有已识别的糖基化酶中只有PRKCSH被发现在肿瘤中显著上调，经HM聚糖修饰的糖肽在肿瘤样品中增加。 为了确定HM修饰对糖蛋白的潜在作用，作者分析了部分糖基化生物合成途径以合成具有关键糖基化酶功能的HM。肿瘤细胞中PRKCSH表达的增加可能导致具有HM糖基化的糖蛋白升高，从而阻止了进一步详细的复杂碳水化合物合成。HM聚糖修饰的这种增加对于为肿瘤生长大量合成的糖蛋白可能至关重要，对癌细胞中被HM修饰的糖蛋白网络的研究可能有助于鉴定快速细胞生长所需的糖蛋白。通过蛋白网络分析，作者发现肿瘤中上调的HM糖蛋白质参与了一个主要与溶酶体、胶原代谢过程和内膜系统有关的网络。总之，通过分析由HM聚糖修饰的糖肽，该研究确定了糖蛋白是癌症发展所需的潜在靶标。 在这项研究中，综合的多组学分析，包括HGSC的蛋白质组学和糖蛋白组学分析，证明了糖基化与卵巢癌的联系。通过应用多组学数据在肿瘤和非肿瘤之间的差异表达，鉴定了几种潜在的肿瘤特异性蛋白，糖蛋白和聚糖。进一步的研究表明，肿瘤中糖蛋白表达的差异可以表现为糖位处糖基化程度的差异以及糖位上聚糖的类型。肿瘤的糖基化生物合成途径不同于非肿瘤，由于PRKCSH的上调，N-连接的糖蛋白在肿瘤中可以携带更多的HM聚糖，这可能是PRKCSH调节肿瘤中有效糖蛋白产生、抗环境压力和溶酶体过度活化的常见机制。总之，HGSC肿瘤样品的综合蛋白质组学和糖蛋白质组学测量提供了宝贵的公共资源，将糖蛋白与其糖基化程度、聚糖修饰和糖基化酶联系起来的糖蛋白组学数据将改善未来对卵巢癌分子基础的了解。