发布时间：
在之前推送的 《聊一聊10X genomics的技术发展史》 、 《单细胞ATAC和空间转录组的原理原来是这样》 中，我们聊完了10X公司至今的发展历程。如今这么火热的10X genomics，都能发怎样的文章， 适用于怎样的研究呢？我们一起来看看吧。 10x genomics至今（2020年5月）发文特点 1. 概况 前面我们提到10X 单细胞技术的发展历史，以及它在同类技术中的优势。以下是2017年以来到2020年5月，每个季度10x genomics技术发表论文的数量，基本处于加速增长的趋势，并且正在渗透到很多原来单细胞技术没有涉及的研究领域。 接下来我们看看10x genomics的产品目前主要涉及哪些研究领域。因为10X genomics是单细胞领域目前市场占有量最高的技术，从10X genomics发文的特点也基本可以看出整个领域发展的情况。 图1 10X genomics技术每个季度发文章的数量 2. 单细胞转录组 截至2020年5月，一共发文728篇，果然是最最热门的方向，荣登10x genomics各个产品之首。 从研究方向看上，发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向，这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外，作为一个新兴的领域，10X 单细胞转录组检测到细胞多，数据庞大，信息复杂，对数据分析带来诸多困难，因此算法类的文章（Computational method）也高达76篇。对非生物信息背景的老师来说，如果选择外包公司进行相关研究，选择一家专业性强，售后好的公司就显得尤为重要。 从物种上看，小鼠和人牢牢占据主流。毕竟人类医学研究还是生物领域的最大热门，小鼠也是头号模式动物。其他“飞禽走兽”已经慢慢都有涉及，但比较少的是植物（这里只有两例拟南芥的文章）。主要原因在我们下文也会提起——植物因为细胞壁的存在，制备单细胞悬液的难度更大，从而限制了大规模应用。不过这些困难也已经慢慢在摸索中被克服，目前已经有若干客户在基迪奥成功制备了植物原生质体的单细胞悬液，正进行后续分析中。 从组织类型上看，研究内容几乎涵盖了动物体内大部分组织器官，尤其在脑、血液、实体瘤、肺等四类样本发文的数量都已经超过50篇。所以，后续在人、小鼠领域没有任何实验设计，仅仅对此类已被大量研究的热门组织直接进行测序是发不了好文章的。所以，对已被大量文献报道的热门组织开展研究，个性化的实验设计尤为重要，这部分内容在之后会展开论述。当然，对于冷门的组织或者没有文献报道过的物种（例如大部分植物），只要成功测到数据，任何结果都是创新，则可以较少考虑复杂的实验设计问题。 在已发表的文献上看，截至2020年，10X单细胞转录组的文章依然很大比例发表在高分的主流期刊上。但这样的新技术红利不会一直持续下去，所以对于关注新技术的老师，还是早关注，早启动，早发文章才能保证有好的产出。 图2 10x单细胞转录组文章涉及的领域方向 （注意，分类上会有重复，比如研究方向涉及两个，所以细分之和会超过总数） 3. 10x 免疫组库（VDJ-seq） 截至2020年5月，一共发文56篇。这是仅次于10X RNA-seq的热点方向，因为很多关心免疫细胞的老师会进行10X RNA-seq的时候，配对进行scVDJ-seq。但目前10X scVDJ-seq标准化试剂盒只针对人和小鼠，其他物种的用户如果想做只能自己去设计定制探针系统（显然难度比较大），这限制了其他动物利用该技术开展研究。10X scVDJ-seq因为通常需要先分类淋巴细胞（T/B细胞）然后进行检测，目前最多是对血液开展研究，其次是研究肿瘤浸润的淋巴细胞，其他组织则目前研究报道还比较少，不少空白还留着大家去补充。 图3 10x单细胞免疫组文章涉及的领域方向 4. 空间转录组(ST-seq) 截至2020年5月，一共发文19篇。从发表文章上看，居然排名第一的是Scientific Report，实在太“辣眼睛”了：这么好的技术，暴殄天物啊。不过不用激动，这个技术其实直到2019年才被10X genomics公司收购，当年年底优化升级后推出。再此之前，这个技术所属的瑞典公司Spatial Tranomics一直不温不火的，发文章大部分也是一些瑞典的研究机构自己在玩。 我推测（没有仔细调研过）这个技术就是瑞典研究机构自己开发的技术，然后搞了商业化公司Spatial Tranomics。由于是自己的技术，成本很低，发文章就不挑剔，随心所欲。 所以，文章要么是CNS(或者高水平的nature biotechnology, nature plant等这个高水平的子刊），要么时不时在Scientific Report水一把。不过随着空间转录技术升级后2020年全面推出，“10X ST-seq+10X RNA-seq”的套路肯定又会爆出一批高水平的文章。 图4 10x单细胞ATAC-seq文章涉及的领域方向 5. 10X ATAC-seq 截至2020年5月，一共发文12篇文章，数量还不多。而且，其中有近一半（5篇）是涉及生物信息分析方法探索的文章。这是由于对单细胞ATAC-seq这种信息庞大，噪音复杂的数据，应该如何分析还有很多值得探索的地方。 图5 10x单细胞ATAC-seq文章涉及的领域方向 从以上介绍，你可能已经发现，10X单细胞相关的转录调控组学技术目前主要围绕模式生物开展。那么10x单细胞技术是否可以研究非模式物种呢？ 10X 单细胞技术可以检测哪些RNA以及应用于哪些物种 1. 10X单细胞技术是否需要参考基因组 以比较代表性的10X RNA-seq、VDJ-seq、ATAC-seq和ST-seq(空间转录组)来说。VDJ-seq受限于试剂只针对人和小鼠开发，因此其他物种目前无法开展商业化的服务。ATAC-seq作为检测基因组开放性的技术，其检测的区域大部分为非编码区，因此参考基因组不但必须要有，而且参考基因组的质量对ATAC-seq的影响非常大。 而对于RNA-seq或者ST-seq，本质上就是转录组，研究的目标分子是带ployA尾巴的RNA。因此，并非必须要有参考基因，只要有质量足够好的参考转录本就可以了。下来，我们重点剖析下10X RNA-seq和ST-seq的应用需求。 2. 10X RNA-seq/ST-seq可以检测哪些类型的RNA 从上文介绍，我们可以知道10X RNA-seq和ST-seq（空间转录组）依赖于围绕ployA结构开展扩增。那么我们分析一下10X RNA-seq/ST-seq可以检测哪些RNA。 （1）mRNA 由于真核生物mRNA都有ployA结构，所以理论上mRNA就是10X RNA-seq/ST-seq主要的检测目标。当然，由于只是扩增mRNA 3‘端或者5‘端的一小段用于定量，所以并不能能用于分析可变剪切。 （2）lncRNA 高等生物的LncRNA只有一部分有ployA结构（另外一部分自然没有），因此10X RNA-seq/ST-seq只能检测这些有ployA结构的lncRNA。另外，由于lncRNA表达量普遍毕竟低，而10X RNA-seq/ST-seq这类大规模单细胞/准单细胞测序的技术，对低丰度mRNA分子的检测能力比较弱，因此结果中lncRNA的数量将比较少。 （3）其他RNA 近年来研究大热的环状RNA由于没有ployA结构，因此不在10X RNA-seq/ST-seq的检测范围内。同样的，其他类型的小RNA，例如miRNA，也是10X RNA-seq/ST-seq无法检测的。 3. 10X RNA-seq/ST-seq可以用于哪些物种研究 10X RNA-seq/ST-seq质上就是转录组测序。某个物种是否可以用10X RNA-seq/ST-seq开展转录组研究，需要考虑两个方面的问题： （1）实验层面的问题 对于10X RNA-seq来说，主要考虑该物种是否可以制备单细胞或单细胞核悬液？大部分高等动物/植物的样本理论上都满足这个要求。而对于10X ST-seq主要要考虑该物种是否可以制作切片，以及切片中的组织是否可以被顺利解离释放RNA。对某些植物来说，在无法制作单细胞悬液的情况下，制作切片进行空间转录组测序或许是更可行的研究切入方式。这些技术的具体的实验方法，我们在后续章节讨论。 另外，细菌的细胞太小，且没有ployA结构，自然不适合10X genomics的检测。 （2）分析层面的问题 同常规RNA-seq一样，10X RNA-seq/ST-seq需要将测序数据比对到作为参考的基因组，才能实现对基因的定量。那么参考基因组是影响分析结果的主要问题。10X RNA-seq/ST-seq由于只对转录本的3‘端或者5‘端进行测序，然后通过比对参考基因组实现对RNA的定量。那么，这要求用于作为参考的基因组要有较高的质量。因为如果参考基因组组装质量差，基因注释不完整，那么会影响测序结果的比对以及基因定量。 基于参考基因组，我们可以分为3种情况： 1）参考基因组质量很高 比如，人类、小鼠、拟南芥、水稻等，参考基因组质量高，基因组注释都优化了很多版本了，开展10X RNA-seq/ST-seq分析自然没有问题了。 2）参考基因组质量值得怀疑 这10年来，基于二代测序组装技术的发展，很多非模式生物的参考基因组已经被发表。但实际上由于预算或急着发表等诸多因素，这些已经发表的基因组质量参差不齐。比如，很多基因组在注释的时候，只有CDS区注释，而缺乏5‘UTR或者3‘UTR区。而10X RNA-seq/ST-seq检测的是RNA的5’端或者3‘端序列，其实大部分就是5’UTR或者3‘UTR序列。如果参考基因组没有将UTR区域注释出来，自然就会影响测序结果的比对和定量。 所以，对哪些组装组质量较差的物种，如果比对率异常（比对在基因区的数据偏少），可以考虑人为对基因组注释文件的5’UTR区或者3‘UTR区进行延伸，这样可能会改善比对和定量的结果。另外，如果预算许可，可以考虑在实验设计中加入一些常规转录组或者3代全长转录组，用于优化参考基因组的注释（不过，10X RNA-seq/ST-seq这么贵的技术都用上了，好像也不会在乎多测几个常规转录组了吧）。 3）没有参考基因组 没有参考基因组当然没法做比对和定量，也就无法开展10X RNA-seq/ST-seq分析。对于没有参考基因组的物种，从而组装一个基因组费用比较高且周期比较长。对于无参考基因组的物种，如果老师很想进行10X RNA-seq/ST-seq研究，那么也可以考虑对转录组数据进行拼接，构建一个转录本参考用于10X RNA-seq/ST-seq数据的比对和定量。 但如果采用转录组de novo拼接构建转录组，一定要注意3个问题： a）一定要使用三代测序进行转录组拼接而非二代测序 基于常规的二代测序结果的 de novo 拼接获得的转录本大部分是不完整的，大概率缺失UTR区的序列，所以基于常规二代测序拼接的 de novo 转录组参考序列集并不适合用于作为10X RNA-seq/ST-seq的参考库。唯一合适的方法应该是基于三代全长转录组测序技术进行 de novo 拼接，去获得完整的转录本全长序列，才适合作为10X RNA-seq/ST-seq的参考库。 b）三代转录组较低的基因检出率需要数据量做保障 我们做过的大量有参考基因组物种三代转录组测序数据表明，三代全长转录组对基因的检出率平均在40%（即基因组如果有2万个基因，但三代全长转录组平均只能检出8000个基因）。这主要原因三代全长转录组只有获得mRNA全长，被算一个有效检出的完整转录本。但在全部数据里，全长转录本所占的比例并不高，尤其对低丰度基因的转录本漏检较多。 为了保证三代全长转录组能够较多检测低丰度的转录本，以保证 de novo 拼接的转录组参考集涵盖更多的基因，可以考虑适当加大测序的数据量（现在三代测序也比较便宜了）。 c） de novo 参考转录组冗余度的影响 de novo 从头拼接的结果有一个比较麻烦的问题是序列冗余度比较大，即同一个基因的多个可变剪切同时被检测和拼接出来。这会导致10X genomics数据进行比对时，多重比对（即一条测序的reads会比对上多个转录本）比例比较大。而多重比对的reads在10X RNA-seq/ST-seq定量的时候，默认要被丢弃。 所以，对于 de novo 拼接来源的转录本需要适当进行去冗余处理，从而减少多重比对的影响，提高数据量的有效率。在无参考转录组 de novo 拼接方面，基迪奥有非常丰富的项目经验。在已有的案例中，我们已经证明了无参考转录组 de novo 拼接结果在进行适当优化后，可以作为10X RNA-seq/ST-seq的参考。 参考文献 [1] Svensson V, Vento-Tormo R, Teichmann S A. Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the past decade[J]. Nature protocols, 2018, 13(4): 599. [2] Rosenberg A B, Roco C M, Muscat R A, et al. Single-cell profiling of the developing mouse brain and spinal cord with split-pool barcoding[J]. Science, 2018, 360(6385): 176-182. [3] Macosko EZ, Basu A, Satija R, Nemesh J et al. Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets. Cell 2015 May 21;161(5):1202-1214 [4] CytoSeq: Fan H. C., Fu G. K. and Fodor S. P. (2015) Expression profiling. Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry. Science 347: 1258367 [5] Birey F, Andersen J, Makinson C D, et al. Assembly of functionally integrated human forebrain spheroids[J]. Nature, 2017, 545(7652): 54-59. [6]单细胞在线课堂： 转自 风很大的10x genomics到底能发怎样的文章？_研究 (sohu.com)
需要。 该期刊收录于SCIE中，18年文章量为133篇，以双月刊的形式出版。审稿周期较快，约1-3个月，自引率较低，为8.4%，版面费较低，每篇统一收取300美元。国人发文占比高达41%，接受率高达62%左右。接收论著的自由来稿，综述仅接受邀稿。特别提出的是GENES & GENOMICS为着急上线的作者提供快速通道，文章接收后，缴纳200美金费用，就可以加速优先出版。
朋友你好，如果投稿更有针对性，命中率会更高一些。这就关系到，你是哪里的？干什么的？写的稿件是什么体裁？什么内容？如果说投稿的话，最好投当地的报刊、网络或者是你从事的职业报刊发表，要投哪个媒体首先要研究哪个媒体，看它需要什么内容、什么体裁、什么格式的稿件，“对症下药”，这样会更轻松一些、方便一些，命中率会更高一些。如果你能够告诉我你的具体情况（干什么工作，哪里的，写的小说的大致内容等），我可以给你一些建议。我1993年开始在部队时开始发表各类文章，包括：报告文学、新闻、诗歌、散文、小说、评论等体裁的，到目前发表的大约5000篇左右吧，有40多篇获奖。另外：投稿时，第一要有信心，第二要投对报刊媒体，这两点非常重要。祝你成功！
期刊发论文多少钱正常，因为要看她发了什么文，犯了什么罪，这个国家有条件的，该怎么发就怎么发？
期刊发论文多少钱正常发表一篇论文要花费500-3000元，省级期刊如果是代发的话价格一般是一千左右。也有的刊物只需要几百块。国家级的期刊价格一般在一千块以上，也有的特别好的期刊价格是几千块。如果是核心期刊的话，价格最起码是好几万。发表论文的时候一定不能一味的图便宜，因为有可能那个便宜的期刊根本没用，不能为你的事业做出任
发表一篇论文的费用，通常是由期刊级别、文章的字符数、是否加急发表、论文收录数据库等因素所决定的。下面根据以往的一些经验给大家分享一下发表一篇省级期刊的费用是多少以及有哪些注意事项，供大家参考。一、期刊级别不同的期刊级别，比如学报、省级期刊、核心期刊等不同的级别，所需要支付的费用是不同的。相对来说，省级和国家级刊物的价格要低一些，通常在800-2000元左右；而核心期刊发表费用要贵一些，一般在1000-6000元左右。二、文章的字符数近几年随着中宣部对出版行业的整顿，各大数据库对文章版面的要求也越来越严格。比如知网、万方、维普的期刊基本都要求三版起发，因此要求的字符数增加了，版面也会随着增加，那么版面费的收费也就更贵了。三、是否加急发表由于某些作者的前期准备时间紧张或本身经验不足等原因，导致论文投稿到录用发表时间间隔比较短。这时候就需要通过加急发表的方式，来帮助自己在相关规定的时间内，顺利拿到样刊。通常来说，加急安排越着急的论文，加急费用就会越高。但要值得注意的是，大多数期刊是无法加急发表的，所以作者们还是需要提早准备。
这个要根据作者的专业、投稿的期刊等级、论文的水平、要求的周期等等很多因素确定，因为的作者们来自各行各业，适合他们的期刊也不一样，论文字数也不一样，所以版面费也会有区别的。比如普刊肯定是相对便宜的，有的一千多也可以发，核心期刊就会贵一些，一两万也很正常，我们常发SCI也不便宜，几千美元也有，折合人民币也要几万，另外这个并不是越贵越好，主要还是看作者的个人情况和具体需求。
普通期刊，又称普刊，主要是省级期刊和国家级期刊，会根据刊物等级、上网情况、发行周期等不同，来收取几百元到几千元的费用，一般是在800-2000之间。其中，国家级期刊发表论文要比省级期刊更高一些。国内核心期刊，包括科技核心、北大核心、南大核心等，根据发表的难度不同，收费标准差异也比较大，基本上都在万元以上，其中，科技核心收费最低，差不多都是1万元起步。北大核心次之，收费多是2万元起步，南大核心最高，大概是3万元起步。国外核心期刊，主要是SCI和EI，根据专业不同，收费上有差异，都在几万元左右，甚至更高。一般来说，比南大核心，EI收费会略低一些，SCI收费会更高一些。
发论文不一定要花钱。如果作者的水平比较高，时间比较充裕，完全可以尝试自己投稿，有些期刊不仅不收版面费，还会给作者稿费，不过这样的期刊要求也会比较高，审稿周期也比较长，作者要有心理准备。
期刊发论文多少钱正常，因为要看她发了什么文，犯了什么罪，这个国家有条件的，该怎么发就怎么发？
发表一篇论文的费用，通常是由期刊级别、文章的字符数、是否加急发表、论文收录数据库等因素所决定的。下面根据以往的一些经验给大家分享一下发表一篇省级期刊的费用是多少以及有哪些注意事项，供大家参考。一、期刊级别不同的期刊级别，比如学报、省级期刊、核心期刊等不同的级别，所需要支付的费用是不同的。相对来说，省级和国家级刊物的价格要低一些，通常在800-2000元左右；而核心期刊发表费用要贵一些，一般在1000-6000元左右。二、文章的字符数近几年随着中宣部对出版行业的整顿，各大数据库对文章版面的要求也越来越严格。比如知网、万方、维普的期刊基本都要求三版起发，因此要求的字符数增加了，版面也会随着增加，那么版面费的收费也就更贵了。三、是否加急发表由于某些作者的前期准备时间紧张或本身经验不足等原因，导致论文投稿到录用发表时间间隔比较短。这时候就需要通过加急发表的方式，来帮助自己在相关规定的时间内，顺利拿到样刊。通常来说，加急安排越着急的论文，加急费用就会越高。但要值得注意的是，大多数期刊是无法加急发表的，所以作者们还是需要提早准备。
期刊发论文多少钱正常发表一篇论文要花费500-3000元，省级期刊如果是代发的话价格一般是一千左右。也有的刊物只需要几百块。国家级的期刊价格一般在一千块以上，也有的特别好的期刊价格是几千块。如果是核心期刊的话，价格最起码是好几万。发表论文的时候一定不能一味的图便宜，因为有可能那个便宜的期刊根本没用，不能为你的事业做出任
一般是没有的了，要成功发表还得出钱呢，要是去早发表这个网投的话就还好，不会像其他那么贵。
一般来说论文的投稿是没有稿费的，并且你如果像知名的杂志进行投稿的话，还要交上一部分的费用。
论文投稿的话这边要看你的一个稿费，或者说是你投稿的那一家公司的一个情况，他们这边给你跟你商量的一个是一个怎么样子的出他们那边如果决定给您初稿的话，那这边应该是会给你一定的稿费的。
现在学术期刊有不收费的，还给稿费的，但大部分都是收费的。学术期刊发行少，一般只有收版面费才可以维持运营。根据我的了解，不收版面费用给稿费的期刊，一般学术性都比较高，也比较专业。稿件通过的难度大些，审稿时间也忒长了，1个月到12个月不等。收费的刊物只有一个好处就是回复能快些。一般半个月左右。如果是评职称或研究生毕业，我建议选择一些期刊的采编中心来投稿。审稿快，也省事。他们一般都知道刊物能安排什么时间出刊，随便咨询。不像杂志社，多问一句就不耐烦了。10月份评高级职称的话，现在投稿来得及。现在的教育期刊一般都安排在7月份左右。现在发论文的多，一般半个月左右会截稿一期刊。有时候1星期就截稿。——九九职称网（）
sci论文是只发表在高水平国际SCI期刊上的论文。发表的sci论文数量、影响因子和高水平sci论文的数量是衡量科研人员、科研机构的重要评价指标。那么（泰杰生物）发表一篇SCI论文需要多少钱呢？SCI论文发表过程中需要收费的项目主要包括：版面费、SCI论文润色费用、纸质论文印刷费用、图件制作费用等。但是这些费用的收取都不是必须的，是根据您的选择来收取的。也就是说发表一篇SCI论文完全可以不花钱。SCI论文版面费是SCI论文发表过程中可能需要支付的最主要费用，它是近年来随着sci论文期刊的流行发展起来的。期刊是指读者可以免费下载论文的期刊，期刊的版面费由作者支付，这样可以提高论文的浏览量和引用量。SCI论文润色费是SCI论文发表过程中可能需要支付的另外一种费用。如果您的文章存在语言问题，被SCI期刊编辑或者审稿专家要求进行英文母语润色，则会需要支付SCI论文润色费。SCI论文润色的收费情况可以参考另外一篇文章《润色一篇sci文章大概多少钱？润色SCI论文是怎么收费的？》。一般润色一篇SCI论文需要收费1500元左右一次，如果您采取更高等级的服务费用会更多。部分SCI期刊也提供纸质版的SCI论文，以便于作者收藏和分享给自己的作品。如果您需要购买纸质版的SCI论文，则需要支付纸质论文印刷费用，一般约20美元左右一本。此外，如果您的SCI论文被选取被封面论文，则有可能需要制作一张精美的封面图。如果您找第三方公司来制作封面图的话则需要支付图件制作费，一般为3000到5000元一个图。综上所述，发表一篇SCI论文的费用最低是免费，最高约2万元人民币。
如果不投OA期刊，也就是一个润色的费用，几千就能搞定了，如果投OA期刊，一般都是有版面费的，版面费一般在1000-3000刀，再加润色费。当然了，如果没时间翻译，还是中文稿，那还要加上翻译费，不过有翻译+润色一步到位的，会比单独翻译，然后润色要便宜点。
如果不投OA期刊，也就是一个sci润色的费用，几千就能搞定了，如果投OA期刊，一般都是有版面费的，版面费一般在1000-3000刀，再加润色费。
很多作者会产生这样的疑问，关于价格问题，要看作者所投的期刊是什么，看期刊影响因子多少而决定，因此，价格并没有完全一样，但也无太大差距，一般SCI论文的发表价格是比较高的，上万元也是比较常见的，也正是因此，SCI论文的发表难度是相当大的，不仅论文的标准要求苛刻，价格也是一个大问题
sci论文发表价格是变动的，sci期刊影响因子也是每年更新的，一篇满足发表标准的论文能够顺利发表本来就不是件容易的事情，大家不要想着去节省版面费，版面费和文章的质量并没有太大的关系，但是和作者的论文字数和图表是有关系的，想要节省费用，可以尽量少使用图表，少占用版面，这样也可以少花一些冤枉钱。