本科的毕业论文不会放在档案里的。一般本科毕业论文的最终审核和学位发放的相关表格会整理在学生的人事档案中，当时本身的论文不会进入人事档案，毕业院校会保留一份纸质版的毕业论文，同时将电子版上传至论文库进行保存和审核。
毕业设计归档由相应院(系)负责。1、本科学生毕业论文(设计)归档文件由院(系)负责整理和保管。保管期限为四年。2、优秀毕业论文在保管期满后，移交学校档案馆保存。
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