生命科学报道

抽象的价值——数学与当代生命科学吴家睿 20世纪中期，随着蛋白质空间结构的解析和DNA双螺旋的发现，形成了以遗传信息载体核酸和生命功能执行者蛋白质为主要研究对象的分子生物学时代。分子生物学的诞生使传统的生物学研究转变为现代实验科学。但是，在生命科学领域的实验科学与其它实验科学如实验物理学相比，更多地是注重经验，而非抽象的理论或概念。此外，这些生物学家们大多关注定性的研究，以发现新基因或新蛋白质为主要目标，对于定量的研究，如分子动力学过程等没有给予足够的重视。尽管如此，现代生命科学在20世纪的下半叶还是取得了丰盛的成果。正如美国科学院院长分子生物学家阿尔伯特(B. Albert)所说，“在一个基因克隆占主要地位的时代，当今许多优秀的科学家在不具备任何定量研究的能力下仍然取得了巨大的成绩”。但是，随着后基因组时代的到来，生物学研究者的定量研究能力和知识已不再是可有可无的了。 大势所趋英国生物学家保罗•纳斯(Paul Nurse) 因细胞周期方面的卓越研究成为了2001年度诺贝尔生理学或医学奖的得主。他曾在一篇回顾20世纪细胞周期研究的综述文章中以这样的文字结束：“我们需要进入一个更为抽象的陌生世界，一个不同于我们日常所想象的细胞活动的、能根据数学有效地进行分析的世界。” 也许基于同样的考虑，2000年10月美国国家科学基金会（NSF）的主任科勒威尔(R. Colwell)在向国会提交的报告中，称数学是当前所有新兴学科和研究领域的基础，要求下一年度对数学的资助要增加3倍以上，达到1.21亿元美金。在这些增加的预算中，有很大的一部分被用来支持数学与其它学科的交叉研究，尤其是数学与生物学的交叉研究项目。尽管数学一直在现代生命科学中扮演着一定的角色，如数量遗传学、生物数学等。但真正体会到数学重要性的还是20世纪90年代生物学家。基因组学是这种趋势的主要催化剂。随着DNA序列测定技术的快速发展，20世纪90年代后期每年测定的DNA碱基序列以惊人的速度迅速增长。以美国的基因数据库（GenBank）为例，1997年拥有的碱基序列为1x109，次年就翻了一番，为2x109；到2000年GenBank已拥有近8x109个碱基序列。同样，在蛋白质组研究和转录组研究等快速推进的过程中，各种数据也在迅猛的增加。据估计，现在生物数据量可以达到每年1015字节。如何管理这些“海量”数据，以及如何从它们中提取有用的知识成为了对当前生物学家、数学家、计算机专家等的巨大挑战。由此引出了一门新兴学科：生物信息学(Bioinformatics)。此外，对细胞和神经等复杂系统和网络的研究导致了数学生物学(Mathematical Biology)的诞生。美国国家科学基金委员会为此专门启动了一项“定量的环境与整合生物学”的项目，以鼓励生物学家把数学应用到生物学研究中去。几乎在同一个时间，美国国立卫生研究院也设立了一项“计算生物学”的重大项目。 理解生命的新工具：模型上面的论述也许会造成这样一种印象，数学在现代生命科学中的应用主要是在“海量”数据的处理方面。可以这样说，今天的确是有许多生物学家是从“计算”的角度来看待数学对生命科学的作用。然而，对于理解生命现象来说，计算是远远不够的。当我们把通过基因芯片获得的成千上万的实验数据喂进一台计算机，让计算机根据一定的运行程序吐出一堆堆的结论时，我们是否可以认为，我们已经理解了所要研究的生物学问题？不仅如此，我们也许还需要警惕，不要让计算机代替我们的思考。对于今天的生命科学工作者，数学的价值应该体现在“模型化”(Modelling)方面。通过模型的构建，那些看上去杂乱无章的实验数据将被整理成有序可循的数学问题；通过模型的构建，所要研究的问题的本质将被清晰地抽象出来；通过模型的构建，研究者们的实验不再是一种随意的探索，而是通过“假设驱动”（Hypothesis-driven approach）的理性实验，就如同物理学家们的工作一样。上个世纪的实验生物学家把生命视为一个线性的系统，力图以一种简单的因果关系来解释生命活动。通常在那些寻找新基因的研究者的内心深处，大多拥有一个“基因决定论”的愿望：一旦找到了某一种基因，就能解答一个生物学问题。癌症有“癌基因”，长寿有“长寿基因”，聪明有“聪明基因”，甚至犯罪都是由一种“犯罪基因”所造成。但是，几十年的研究轨迹，划出的却是一幅幅越来越复杂的图案。以人类发现的第一个肿瘤抑制基因p53来说，自1979年发现至今，已有近2万5千篇文章涉及到它；直接与p53相互作用的蛋白质多达数十种，新的还在发现之中。现在人们看到的p53已经是一个相当复杂的调控网络。显然，没有数学模型的帮助，要理解和分析p53的功能将不是一件容易的事。不久前，发现p53的生物学家之一莱文尔(A. J. Levine)和数学家一起，建立了一个解释p53调控线路的数学模型[1]。数学不仅能帮助我们从已有的生物学实验和数据中抽象出模型和进行解释，它还可以用于设计和建造生物学模型，也许这些生物学模型在自然的状态下是不存在的。在这种意义上说，基于数学模型和假设进行的生物学实验将更接近我们所熟知的物理学和化学实验，更多的依赖于抽象和理性，不再是一门经验科学。新世纪伊始，数学指导实验已成为了现实。不久前，美国的科学家在《自然》（Nature）杂志上报道了他们人工设计的生物模型。普林斯顿大学科学家设计了一个自然界不存在的控制基因表达的网络。这个网络可以周期性的调控大肠杆菌内一个外源基因的表达[2]。在同一期杂志上，波士顿大学的生物学家也报告了他们相类似的工作[3]。这两个工作的共同特点是，首先应用某种微分方程（两个实验室采用了不同的微分方程）进行推导和设计，然后再根据其设计去进行生物科学实验，如构造基因表达质粒，进行检测基因表达情况等。这些科学家认为：“这种‘网络的理性设计’可以导致新型的细胞工程和促进人们对自然界存在的调控网络的理解。”[2] “万物皆数也”数学常常被人视为工具。它的确也是非常有用的工具。但是，只要是作为工具，就具有可替换性。“条条道路通罗马”。工具就是道路，可以选择途径A，也可以选择途径B，只要能达到目的地就行。当然，有的可能是捷径，有的可能是弯路。但它们毕竟都不是唯一的。就如同过去的生命科学研究，没有数学也取得了不错的成绩。数学的应用显然会对现在和今后的生物学研究有帮助，但生物学家不用数学行不行呢？人类对自然和生命的关注，通常体现在两个方面的问题：构成世间万物的本质是什么以及如何去认识和探寻这种本质。前一类问题是属于本体论，后一类问题则属于认识论。如果采用这样假设：生命的本质最终是体现在数学规律的构成上。那么，没有数学显然我们就不能真正和彻底地揭示出生命的本质。DNA和蛋白质是两类最重要的生物大分子。它们通常都是由众多的基本元件（碱基、氨基酸）相互联结而成的长链分子。但是，它们的空间形状并非是一条平直的线条，而是一个规则的“螺旋管”。尽管在20世纪中叶人们就发现了DNA双螺旋和蛋白质α螺旋结构，但至今为止，人们还是难以解释，为什么大自然要选择“螺旋形”作为这些生物大分子的结构基础。不久前，美国和意大利的一组科学家，利用离散几何的方法研究了致密线条的“最大包装”(Optimal Packing)问题，得到的答案是，在一个体积一定的容器里，能够容纳的最长的线条的形状是螺旋形 [4]。研究者们意识到，“天然形成的蛋白质正是这样的几何形状”[4]。显然由此我们能够窥见生命选择了螺旋作为其空间结构基础的数学原因：在最小空间内容纳最长的分子。凡是熟悉分子生物学和细胞生物学的人都知道，生物大分子的包装是生命的一个必要过程。作为遗传物质载体的DNA，其线性长度远远大于容纳它的细胞核的直径。例如构成一条人染色体的DNA的长度是其细胞核的数千倍。因此通常都要对DNA链进行多次的折叠和包扎，使长约5厘米的DNA双螺旋链变成大约5微米的致密的染色体。由此我们可以认为，生命遵循“最大包装”的数学原理来构造自己的生物大分子。细胞是生命的基本组成单元和功能单元。而细胞分裂（又称为细胞增殖）是细胞最基本和最重要的活动。完成一次细胞分裂的活动称为细胞周期。不同物种的细胞周期的时间长短是不一样的，有着严格的调控。那么，是什么构成了细胞周期的“时钟”？最近的研究表明，对于酵母细胞而言，一种细胞周期调控蛋白的磷酸化程度有可能被用作细胞周期运行的“时钟”。这种被称为Sicl的蛋白质上有9个位置可以被蛋白激酶CDK进行磷酸化。当它被加上第1个磷酸基因至第5个磷酸基团的时候，其分子的行为没有出现变化。但是，一旦被加上第6个磷酸基团时，它就可以和一种称为Cdc4的蛋白发生相互作用，然后被蛋白酶降解，从而导致细胞进入DNA合成期（S期），最后完成细胞分裂。研究者详尽而深入的工作揭示出，Sicl蛋白的每一次磷酸化都有助于与Cdc4的相互作用，但只有到第6次或6次以上，其结合力才达到与Cdc4稳固的结合。此外，如果给Sicl蛋白人为装上一段外源氨基酸肽段，一次磷酸化就能使Sicl与Cdc4结合并导致其降解，这时Sicl控制细胞周期时间的功能就会丧失[5]。这个研究成果很典型地揭示了细胞是如何通过数量的控制来实现其生命活动。古希腊著名的数学家毕达哥拉斯(Pythagoras)曾给后人留下过这样一个观点：“万物皆数也”。如果他的观点是正确的，作为大自然的杰作——生命，一定也是按照数学方式设计而成的。因此，数学不仅仅能够提升生命科学研究，使生命科学成为抽象的和定量的科学，而且是揭示生命奥秘的必由之路

1.海豚的行为模式与人类说话有相似之处人类说话时越常用的词就越短，英国和西班牙研究人员最近发现，这种“简短原则”也适用于一些动物，并观察到海豚在水面上的行为也体现出相似特点。英国阿伯丁大学的研究人员及其西班牙同行在新一期美国《复杂性》（Complexity）杂志上报告了这项发现。他们观察了海豚在水面上的行为，并将各种不同的行为模式分解为1到4个不等的基本元素。如“探头侦察”这一模式，包含了“头”、“在水中停下”和“伸头”3个元素；“侧跳”这一模式则含有“跳”和“侧身”2个元素；“弯身下潜”的模式只含有“拱背”1个元素。研究人员发现，在超过30种的行为模式中，海豚用得最多的是那些只含有1个元素的模式，而含有4个元素的模式用得很少。研究人员说，语言学家早就发现了人类倾向于使用更简单的词汇的现象，而此次研究首次提供了动物行为也有相似特点的证据。这也说明人类语言是建立在普适自然原理的基础之上。2.我国科学家首次证明iPS细胞全能性由中科院动物所和上海交大医学院科学家共同完成国际权威科学杂志《自然》（Nature）7月23日在线发表中国科学院动物研究所研究员周琪领导的研究组和上海交通大学医学院教授曾凡一领导的研究组共同完成的一项研究成果，我国科学家首次利用iPS细胞（诱导性多能干细胞），通过四倍体囊胚注射得到存活并具有繁殖能力的小鼠，从而在世界上第一次证明了iPS细胞的全能性。iPS细胞全称为诱导性多能干细胞，是由体细胞诱导而成的干细胞，具有和胚胎干细胞类似的发育多潜能性。2006年7月，日本科学家首次宣布发现了将小鼠皮肤细胞转化为多能干细胞的方法；2007年11月，美国和日本科学家将人类细胞诱导为iPS细胞，被《科学》（Science）杂志评为2008年世界十大科技进展之首。iPS细胞在生物和医学领域具有广阔的应用前景，有望成为实施再生医学和细胞治疗的重要细胞来源。iPS的研究突飞猛进，但是iPS细胞是否真正拥有与胚胎干细胞一样的全能性？是否能够真正与胚胎干细胞媲美呢？四倍体囊胚注射方法是目前国际上验证细胞是否具有全能性的“黄金标准”。这一方法是将胚胎干细胞注射进四倍体的小鼠早期胚胎，这种胚胎没有进一步发育能力，仅提供营养环境的胚胎，然后再移植入代孕母鼠体内，胚胎干细胞可以发育成正常的小鼠。但此前的研究发现，iPS细胞不能像胚胎干细胞一样通过四倍体囊胚注射发育成活体小鼠，iPS细胞注射后形成的小鼠胎儿在怀孕早期至晚期全部死亡，这些结果表明iPS细胞尚不具有全能性。周琪等制备了37株iPS细胞，利用其中6株iPS细胞系注射了1500多个四倍体胚胎，最终3株iPS细胞系获得了共计27个活体小鼠，经多种分子生物学技术鉴定，证实该小鼠确实从iPS细胞发育而成，有些小鼠现已发育成熟并繁殖了后代。这是世界上第一次获得完全由iPS细胞制备的活体小鼠，有力地证明了iPS细胞具有真正的全能性。这项工作为进一步研究iPS技术在干细胞、发育生物学和再生医学领域的应用提供了技术平台，将iPS细胞研究推进到了一个新的高度，成为中国科学家在这一国际热点研究领域所作出的一项重要贡献。

基因筛选无癌宝宝

中科院评选的2009生物科技新闻(2010-01-03 02:05:57)标签：“无癌”婴儿 中药 艾滋病疫苗 杂谈 1.基因筛选“无癌”婴儿诞生 1月9日，一个名叫“天使”(Angel)的小女孩来到人世。她的诞生，除了给自己的父母带来欣喜和宽慰之外，也同时在医学界掀起了轩然大波。这是因为，她还有另外一个更为人熟知和公认的称呼——“无癌”宝宝，这样的身份注定她既是人类生育医学的里程碑，也是一个人类生育伦理的挑战者。 但孩子的父亲相信，这是上天赐予的最好礼物，因为她的降临终结了自己家族的噩梦：他的外祖母、母亲和姐姐先后患上了乳腺癌，她们体内都有一个变异的BRCA1基因，这个基因可让女性罹患乳癌或卵巢癌的几率达到50%到80%，而他本人也是这种变异基因的携带者。由于担心“我有可能把致癌基因遗传给孩子”，这个不幸家庭不得已向伦敦大学学院附属医院求助。 希望维系在一种被称作“胚胎植入前诊断技术”(PGD)的医学手段上。这项也被称为“第三代试管婴儿”的技术一言以蔽之，就是选择健康基因，放弃变异基因，那些具有遗传自父系的变异BRCA1基因以及其他致病基因的胚胎被摈弃，一家人如愿以偿，得到一个“无癌”宝宝，逃离了病魔的阴影。 事实上，“无癌”宝宝并不是第一个PGD试管婴儿。从1989年英国科学家发明该技术以来，在生育前针对某种遗传性疾病进行PGD筛选就成为常见做法，至今已有千余个健康宝宝出世。但此次胚胎筛选引发的争论焦点在于，此前PGD技术只用于筛选几种极为有限的100%遗传的家族病，还没有对只有50%到80%患病几率的癌症基因进行筛选的先例，将仅仅只是有可能患上乳腺癌的胚胎排除，显失公平。 很多人担忧，这种首开先河的做法会不会让今后胚胎筛选的底线逐渐放低，在生育前对孩子的相貌、智力、寿命等进行最佳基因组合，从而打开技术滥用的潘多拉之盒？现在，各类“设计婴儿”的技术层出不穷，人造子宫、人造精子和卵子等相关实验司空见惯，那么，当越来越多的非疾病生理特征相关基因被发现，当一个“定制婴儿”易如反掌的时代到来，人类将何去何从？2.甲流全球肆虐，中药发挥独特防治优势 这是21世纪第一次流感大流行，也是40多年来全世界面临的第一次全球疫情。 4月的墨西哥，紧急实施的封城行动与人人自危的白色口罩，重现2002年春夏之际因SARS引起的惊恐画面。病人的血液样本显示，人类世界出现了一种新型流感病毒——甲型H1N1。拜全球化所赐，新病毒迅速波及5大洲20多个国家。6月11日，世界卫生组织决定，将甲流警戒级别提升至最高级别6级。 另一场时间竞赛也早已经悄然展开，全球4个实验室争分夺秒加紧研制相关疫苗。5月6日，加拿大宣布完成了对3个甲型H1N1流感病毒样本的基因测序工作；5月底，墨西哥专家掌握了病毒的染色体序列；7月22日，应对疫苗在澳大利亚和中国分别开始临床试验；10月，各国民众相继开始接种甲流疫苗。全球卫生体系成功完成了一次通力合作。 而且，中药在甲流防治过程中也发挥了重要作用。我国首个与达菲对照进行循证医学研究的药物连花清瘟胶囊已被证实具有确切疗效，其对甲流病毒转阴率与达菲相当，退热时间优于达菲，缓解咳嗽、肌肉酸痛、乏力、头痛等症状均明显优于达菲，安全性高，而价格仅为达菲的1/8，在降低防治成本方面极有优势，目前已列入国家医保目录。 但这远远不是最终的胜利。世卫组织的最新疫情通报说，截至12月20日，甲型H1N1流感在全球已造成至少11516人死亡。近两个月来，多国都出现了甲流病毒变异病例和耐药性病例，并且猪、猫和狗等与人类密切接触的动物感染甲流的病例也先后发生，病毒基因变异或与其他病毒重组成为最大的担忧，而跨物种间的病毒交叉感染则可能使疫情进一步扩大。 从SARS到禽流感，再到甲型H1N1流感，乃至12月在荷兰最新暴发并已致2300多人感染、6人死亡的Q热病(羊流感)，短短几年里，警钟一遍遍敲响。环境污染、养殖业盲目扩张、滥用抗生素，使以往只在动物身上传播的病毒演变得越来越强大，而最终作茧自缚，自食其果的是人类自己。3.艾滋病疫苗初现免疫效果 两种独立使用均无效果的疫苗，“双剑合璧”之后，竟然给长达20余年的艾滋病治疗领域带来了历史性的突破：世界上第一种具有一定免疫效果的艾滋病疫苗诞生了。 美国和泰国研究人员描述了这两种疫苗协同作战的策略，其一负责刺激免疫系统，使其做好攻击艾滋病病毒的准备；其二则担当“助攻手”，负责增强免疫反应。9月24日，研究人员宣布，1.6万名志愿者组成的世界最大的艾滋病疫苗试验人群历时6年的试验结果显示，新型“联合疫苗”可使人体感染艾滋病病毒的风险降低31%。这是科学界首次获得具体证据证明，研发艾滋病疫苗是可行的。 而就在一年前，一种因在猴子试验中获得明显成功而被认为最有希望的艾滋病疫苗人体试验宣告无果而终，被医学界称为“灾难性的失败”。新型疫苗的突出表现，无疑向处于阴霾之中的艾滋病防疫投射了一丝亮光。一时之间，“分水岭”、“里程碑”、“免疫效果从无到有的跨越”等众多溢美之词充斥着报章。 然而，31%这个数字固然令人振奋，但绝对无法让人就此安心。 有效疫苗应该至少能将感染风险降低50%，但新型疫苗的免疫效果远未达到可以大规模进入临床应用的标准。另外，新型疫苗的有效免疫期有多久？针对不同的艾滋病病毒，疫苗是否具有相同效果？这些问题都还没有答案。艾滋病防治工作也并没有因此打开一个全新的局面，疫苗研制依然任重而道远。 果然，最新的打击在12月14日出现。来自“第五届非洲艾滋病疫苗项目论坛”的消息称，另一项由非洲多国参与、针对一种艾滋病防护制剂的大规模试验宣告失败。 毫无疑问，艾滋病病毒复杂的变异性预示着人类还将同这一终极顽症进行漫长对抗。但是，新型疫苗的有限效果仍然为研发工作指明了一个方向，在这条路上的点滴进展，都是在一步步接近成功。