1995年，曲阜师范大学学报在国家教委科技司组织的评比中获全国高等学校优秀学报三等奖。1996年，在山东省科技期刊评估中被评为良好期刊。1999年，在教育部组织的评比中，曲阜师范大学学报编辑部学报又获得全国优秀高校自然科学学报三等奖，教育部以教技[1999]1号文件予以公布并注明：该项奖励可等同于教育部科技进步奖。近几年来，曲阜师范大学学报编辑部理科重点学科教师在曲阜师范大学学报编辑部学报上刊发的论文有40余篇被列入获奖论文系列。其中省部级科技进步奖20篇，省教委科技进步奖20余篇，使该校学报成为在国内外学术界有一定影响的重要期刊，在科技期刊组成的百花园中放射着异彩。自1989年中国科技信息所对国内、国际论文进行统计与分析以来，编辑部每年都被列入国内重要期刊加以统计与分析；几年来，该刊常年被美国《数学评论（MR）》、德国《数学文摘（Zbl Math）》、美国《现代数学出版物（CMP）》等国外著名数学检索刊物和《中国数学文摘》及其与互联网联通的《中国数学文献数据库》、《中国物理文摘》及其《中国物理学文献数据库》、《中国无机分析化学文摘》、《中国学术期刊（光盘版）》等大型国内检索系统所收录；1999年1月起，编辑部加入中国科技信息所万方数据网络中心制作的“万方数据（China Info）系统科技期刊群”，1999年10月，曲阜师范大学学报又加入中国知识基础设施(CNKI)中的中国期刊网，从而使学报得以印刷版、光盘版、网络版等多种形式与读者见面，努力扩大该校学报的影响，使学报的引文频次和影响因子不断扩大。据1998年中国科技信息所提供的《中国科技期刊引证报告》，该校学报按影响因子排序，在全国综合类学术期刊中居第46位，山东省第1位，1997年被引频次为50次。
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