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最近我的同学发表的一篇盐旱综述的文章，中科院生物类Top期刊（IF=5.924）International Journal of Molecular Sciences（IJMS）题为“Candidate Genes and Pathways in Rice Co-Responding to Drought and Salt Identified by gcHap Network”（ ）的研究性综述论文 在这里分享给大家。

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逆境的种类和逆境对植物的伤害 逆境指对植物生长和生存不利的各种环境因素的总和，又称为胁迫。逆境的种类包括 非生物胁迫（物理胁迫、化学胁迫）和生物胁迫 。逆境的种类很多，但都引起细胞脱水，生物膜破坏，各种代谢无序进行。逆境导致植物代谢失调主要表现在引起植物的水分胁迫；光合作用下降，同化产物供应减少；呼吸速率大起大落，呼吸代谢途径发生变化，PPP途径所占比例增强。在各种逆境下，植物体内的物质分解大于物质合成，水解酶活性高于合成酶活性，大量大分子物质被降解。

植物对逆境的适应和交叉适应 植物通过 避逆性和耐逆性 两种方式来抵抗逆境。植物对逆境的适应有形态结构和生理代谢两方面。形态适应有以根系发达、叶小以适应干旱条件；有扩大根部通气组织以适应淹水条件；有生长停止，进入休眠，以迎接冬季低温来临等。生理适应主要以形成逆境蛋白、增加渗透调节物质和脱落酸含量的方式，减少质膜系统的破坏，提高细胞对各种逆境的抵抗能力。

植物对不良环境间的相互适应作用称为交叉适应（交叉忍耐），植物交叉适应的作用物质可能是ABA。

植物抗逆性的获得与信号传导 植物通过细胞 感受 逆境信号、 传导 逆境刺激、 激活 一系列分子途径并调控相关基因表达和生理反应等三个阶段适应逆境，在逆境中获得抗逆性。在逆境下植物体内存在系统性传递信息的信号物，参与逆境信号转导的主要信号分子有 Ca2+、蛋白激酶、pH、ABA、ROS和NO 等。

旱害与植物抗旱性 干旱分为大气干旱、土壤干旱和生理干旱。干旱使细胞过度脱水、膜破坏，正常生理生化代谢受阻、细胞受到机械性损伤。抗旱植物一般有增加吸水、减少失水的形态特征及保水能力强，代谢稳定等生理特征。脯氨酸、干旱诱导蛋白可以提高植物抗旱性。

盐害与植物抗盐性 盐害对植物的主要危害是渗透胁迫、离子失调及引起生理代谢紊乱。根据植物抗盐能力的大小，分为盐生植物和甜土植物两大类。植物通过避盐及耐盐两种方式适应盐胁迫。渗调蛋白有利于降低细胞的渗透势和防止细胞脱水，提高植物对盐胁迫的抗性。植物体内的盐胁迫信号途径包括渗透胁迫信号转导途径和盐过敏感调控途径（SOS途径）。

单体型 ：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做连锁不平衡（linkage disequilibrium ， LD），同一染色体上的这一情况即为单体型。

简而言之，单体型就是指一段连锁的核酸序列。在单体型网络图中，不同的单体型就是用序列中的变异位点来区分。因此一般用来构建单体型的材料为：线粒体基因组、X/Y染色体，叶绿体基因组、或者是基因组上一段强连锁的区段。

干旱和盐害是制约水稻产量的重要非生物胁迫，相关功能基因的研究始终是领域内的热点。然而，由于抗逆性状的复杂性及影响因素的多样性，针对盐旱共响应的多胁迫作用机制仍不明确，如何有效利用抗逆功能基因组学的研究成果进行设计育种，也是后基因组时代水稻育种的关键问题。

该文章在系统介绍水稻盐旱机制的同时，结合转录组分析筛选到1748个盐旱共响应基因，主要富集在植物激素信号传导、内质网蛋白调控，MAPK等重要通路，进而对其中的核心基因进行功能单倍型网络分析，构建了“gcHap-network pathway”的盐旱共响应机制框架图。同时整理了近900份耐盐抗旱水稻品种，分析发现在重要亲本中大多包含上述核心基因及有利单倍型，为将来进一步进行系统验证和分子设计育种提供了重要参考。

收录病毒组研究的期刊简介 病毒为生物圈最为丰富的生物实体，具有感染细菌、古菌和真核生物的能力。人体病毒包含存在于人体内的所有真核的和原核的病毒。人体不同部位形成不同的微环境，病毒的种类也随之改变。年龄、饮食以及微生物种类组成都是影响病毒组构成的因素。另外在环境中例如海水，地质沉积物或土壤，病毒组至少是微生物组丰度的十倍，每毫升海水约含107病毒，每克土壤约含109病毒颗粒。病毒涵盖了一个非常大的未被探索的遗传多样性，并对其宿主的基因组可塑性扮演着重要的角色。此外，它们还对微生物种群的变化发挥重要作用。近年来，高通量测序在环境和人体病毒的研究中越来越受欢迎，这为扩展我们对病毒多样性及其功能特性的认识提供了可能。随着宏病毒组研究的不断深入，专业期刊的种类也逐渐丰富，以下对部分病毒相关专业性期刊进行总结和介绍，希望对各位老师的科研投稿有所帮助。 1.  Journal of Virology 此杂志主要偏重于发表病毒学领域基础机制性的研究工作，包括病毒结构及组装、病毒基因组复制及基因表达调控、病毒基因多样性及进化、病毒与细胞之间相互作用、病毒感染的细胞反应、病毒致病机理及免疫和疫苗及抗病毒药物研发等方面。其文章类型主要包括Original Articles、Minireviews、Commentaries和Lettersto the Editor。该杂志审稿速度比较快，一般在3个星期左右；但其接受率偏低，大约为30%。Journal of Virology按文章接受后排版的页面来收费，可选择非OA，ASM正式会员90美元/页，其他学者180美元/页； 选择OA，ASM正式会员2500美元，其他学者3500美元； 论文补充材料，ASM正式会员230美元，其他学者355美元。 详细投稿要求： 2. CURR OPIN VIROL 《Current Opinion in Virology》是一本新的系统综述期刊，旨在为专家提供独特的教育平台，以跟上病毒学领域不断增长的信息量。每年将由6期组成，涵盖以下11个部分，每个部分每年进行一次审查： 病毒侵入 环境病毒学 病毒结构与功能 新兴病毒 病毒发病机理 疫苗 病毒基因组学 病毒进化 抗病毒和抗药性 动物病毒学 植物病毒学 详细投稿要求： 3. Virology Journal 《Virology Journal》是开放的，同行评议的期刊，其中涉及病毒学各个方面的文章，包括对动物，植物和微生物病毒的研究。该期刊欢迎基础研究以及新型诊断工具，疫苗和抗病毒疗法的临床前和临床研究。《病毒学杂志》的编辑政策是发布所有经同行评审者评价为对科学文献进行连贯和合理补充的研究，并较少强调兴趣水平或可感知的影响。 《病毒学杂志》将刊登有关人类，动物，植物，昆虫，细菌和真菌病毒的文章。该期刊还将发表有关用疫苗和抗病毒剂控制和预防病毒感染的分子方面以及使用病毒作为基因治疗载体的文章，以及有关其他因子（如病毒）的研究的文章。预期使用的方法和技术将涵盖许多学科，包括分子遗传学，分子生物学，生物化学，生物物理学，结构生物学，细胞生物学，免疫学，形态学，遗传学和发病机制。 详细投稿要求： 4. ARCHIVES OF VIROLOGY 《ARCHIVES OF VIROLOGY》发表有关病毒，类病毒制剂以及人类，动物，植物，昆虫和细菌的病毒感染的所有研究分支的原始著作。涵盖范围最广的主题，从新发现病毒的初始描述到病毒结构组成和遗传学的研究，再到病毒与宿主细胞，宿主生物和宿主种群相互作用的研究。与使用分子生物学分子遗传学以及现代免疫学和流行病学方法的研究一样，多学科研究尤其受到欢迎。例如，鼓励研究个体宿主中病毒感染的分子发病机理，病理生理学和遗传学，以及研究人群中病毒感染的分子流行病学。还鼓励进行涉及应用研究的研究，例如诊断技术开发，单克隆抗体专家组开发，疫苗开发和抗病毒药物开发。但是，此类研究通常在特定应用的情况下或由于它们遵循许多病毒学家感兴趣的一般原理而更好地呈现。在任何情况下，研究工作的质量，其意义和独创性都将决定可接受性。 详细投稿要求： 5. ANNU REV VIROL/Annual Review of Virology 《Annual Review of Virology》接收我们对动物、植物、细菌、古生菌、真菌和原生动物病毒的理解方面的令人兴奋的进展。综述强调了在基本病毒学、病毒疾病机制、病毒宿主相互作用、病毒感染的细胞和免疫反应方面的新观点和新方向，并加强了病毒作为细胞功能独特强大探针的地位。 详细投稿要求： 6. VIRUS GENES 《VIRUS GENES》涵盖的研究领域如下: 病毒基因，基因产物和功能分析，病毒基因功能调控，病毒感染的细胞生物学研究 真核，原核和古细菌，类病毒以及非常规和新型传染因子编码的基因和基因家族的功能研究 所有病毒属和科的系统发育和进化数据 病毒-宿主相互作用的系统生物学 用于基因组，转录组和宏基因组学研究的复杂传染性样品的下一代测序 病毒基因在抗病毒药物影响特定病毒或宿主基因功能的研究中的作用 详细投稿要求： 7. VIRUS RES 《VIRUS RESEARCH》为病毒学基础研究的原始论文提供了一种快速发表的途径。鼓励对有关病毒结构，复制，发病机理和进化的新发展做出贡献。这些报告包括描述病毒形态，病毒结构成分的功能和抗原分析，病毒基因组结构和表达，病毒复制过程分析，与抗病毒干预有关的病毒进化，病毒对其宿主细胞的影响的报告尤其是免疫系统，以及病毒感染的发病机理，包括癌基因的激活和转导。该期刊还发表有关当前关注主题的评论文章，针对已定义主题的特殊问题以及不定期的书评和会议报告。 详细投稿要求见： 8. VIRUSES-BASEL 《VIRUSES-BASE》是一开放获取期刊，为研究病毒提供了高级论坛。它出版评论，定期的研究论文，通讯，会议报告和简短记录。目标是发表对病毒学界具有重大影响的论文。鼓励科学家尽可能详细地发表他们的实验和理论结果。必须提供完整的实验细节，以便可以再现结果。对论文的长度没有限制。期刊还鼓励就病毒学界感兴趣的话题及时发表评论和评论。 论文要么在公开期刊上发表，要么在专门针对该领域感兴趣的特定主题的专刊上发表。期刊接受不属于“特殊问题”的评论文章建议。不能在主文章上发布的大型电子文件，软件，电影等，可以作为补充材料发布。 学科领域   病毒，病毒，病毒体，病毒学，病毒学，病毒，病毒感染，病毒学家 病毒分类 病毒样制剂，类病毒，病毒 噬菌体 疫苗，病毒免疫学 抗病毒药物，抗病毒治疗，抗病毒药物开发 病毒起源，病毒进化 病毒结构，基因组 病毒动力学，病毒感染的数学和模拟模型 详细投稿要求见：