本科论文查重查的是论文的摘要、正文和结尾等文字部分。很多网站都可以做论文查重，但是学校一般只认可权威的知网查重。知网查重的算法一般会检测论文的目录，可以分章检测。一篇论文它的组成是由封面、目录、前言、正文、参考文献、附录、页眉页脚等几个部分。知网本科论文主要查重包括摘要、正文内容、参考文献，并且摘要和参考文献可以不查，总结来说知网查重主要是查重正文的部分其他的部分可以不查重。
每个学校对于本科毕业论文的查重率的要求不一样，普遍来说，一般大学对于学生的毕业论文重复率的要求是在10%~15%左右，严格一些的可能会要求控制在10%以下。
知网查重系统中，若是检测出的重复率在30%以内那么算作合格，不过有些学校也会有自己的一套合格标准，例如去年有所学校就是按照20%的重复率来作为论文合格标准的；若是在30%到50%这个范围之内那么算作抄袭，而高于50%的则算作严重抄袭。
本科毕业论文查重复率，不能高于百分之十。本科毕业论文，必须是你自己亲自研究的成果，可以参考别人的观点、数据、事例，但是绝对不能照抄照搬，只能批判性地运用，形成自己的观点，有自己的创造性、创新性。重复率不能高于百分之十以上才行。
本科毕业论文查重率一般在30%以下是算合格的,具体的规定是根据学校来看的,学校的要求不同合格率也就不同本科毕业论文查重可以用paperright论文查重的,查重准确率要比知网的还高
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