专利使用权协议的注意事项有：1、必须明确约定实施许可的形式，是普通、排他还是独占。2、在订立专利实施许可合同时应该明确约定专利实施许可的范围，包括专利实施方式的限制；制造专利产品数量或使用专利方法次数的限制；实施期限和地域的限制。3、明确专利权终止或被宣告无效的法律责任。根据我国法律规定，发明专利权的有效期限是申请之日起20年，实用新型和外观专利的有效期限是申请之日起10年。4、审查专利实施许可合同的有效性。此处应当注意的是：是否被授予专利权；转让方是否为合法的专利权人；是否有共有权人，是否取得共有权人的同意；专利权的缴费问题。5、注意约定转让方的一些特定义务。比如，提供实施专利技术的有关资料和必要的技术指导；承担对专利权的完整性的担保义务；承担如实向受让方说明订立合同前专利实施的情况等。6、特别注意约定“验收标准和方式”。专利实施许可合同履行过程中，当事人常会因合同标的——技术成果是否成熟、先进、可靠、适用而发生纠纷。7、专利实施许可合同要备案。根据《专利法实施细则》第15条第2款的规定，专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。8、注意“不争议条款”是无效条款。“不争议条款”又称“不得反控条款”，是指在专利实施许可合同中，规定被许可方不得对许可合同中所涉及专利权的合法性提出质疑，即被许可方不得在合同有效期内对合同中涉及的专利权直接或者间接地向专利复审委员会提出无效宣告请求
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