在我国一直存在专利无效程序本质问题的争论,这些争论一直裹挟在复审委员会是否应该是专利无效行政诉讼的被告以及民事诉讼是否有能力就专利有效性作出判断的理论纠葛和制度安排的争议中而止步不前。对此,有学者明确主张专利无效纠纷实际是民事纠纷性质,知识产权的私权属性是民事纠纷定性的基础。这样的性质界定,一方面希望为民事侵权程序一次性解决专利效力及侵权纠纷提供依据,另一方面也可以为复审委员会退出专利无效纠纷行政诉讼的合法性提供解释。而相反观点则认为专利授权审查是行政行为,这一属性决定了专利权纠纷“不仅仅是请求人与专利人之间的纠纷”,而且,专利复审委员会所具有的技术优势是不可替代的。这类观点基于传统行政诉讼理念之上行政权与司法权的职能分工理念。换言之,行政诉讼就是“民告官”,专利行政机关的性质不变,当然也只能是复审委来做专利无效纠纷行政诉讼的被告。最高人民法院的解释也强调了行政诉讼只能就复审委具体行政行为的合法性进行审查,即使有效性判断错误也不能直接改判。但客观上来说,专利复审委员会以当事人身份参加诉讼削弱了真正的当事人的诉讼地位。由此,行政诉讼性质与行政机关做被告之间的必然的联系似乎成为问题无解的原因。但通过考察美日两国各项制度变化的过程,我们可以看到这些变化均从各个侧面反映了认清专利权无效程序的本质是解决问题的关键。