读者对论文各部分的关注是有所不同的，最先也是最多的是摘要或概述。其次极可能是结论，然后是方法。而最为忽视的似乎是前言与讨论部分。这些次序实际上也应该是写作时的重点所在。尤其是，论文要先获得审稿人的首肯，然后才可能被其他科研人员阅读。因此在构思论文时，应先预想一下审稿人的阅读感受。以下是文章各部分的一些关键。如果一篇稿件被一个审稿人接受，却被另一审稿人拒绝时，它通常不会被录用。对稿件的一个负面评价，即使有些过分苛刻，仍然能使编辑产生足够的怀疑来拒绝它。特别是当投稿量大，质量要求高的情况下，这是极其显然的。有些时候，如果感到评审意见不公，编辑也会否决审稿人的意见。例如，当编辑觉得审稿不够严格时，他们会拒绝一篇评价良好的论文。如果确信对稿件的某些评价不正确，可以就此与编辑辩论，编辑会接受合理的意见。在某些特殊情况下，当审稿人与作者之间存在矛盾或竞争时，也可要求不将某个科学家列入审稿人，编辑通常会接受这个要求。稿件在审稿后通常被分为接受、需修改、及退稿几种情况。而修改又分为一般性修改与重大修改两种。由于出版的压力，许多期刊现在一般不接受需作重大修改的稿件，可见文章发表的标准与门槛不断在提高。
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