论文查重是会包括毕业论文的摘要部分的，但是并不会包括参考文献部分，因为参考文献都是引用了别人的题目，重复率肯定是比较高的。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
知网、万方、维普、paperpp这类主流的查重系统都会检测摘要目录和致谢部分的，如果你们学校对检测内容没有做要求，建议还是放进去一起检测吧，这样得出来的重复率才是最准确的。
做标记的地方应该就不算了吧。
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