正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
最后就是硕士论文中的封面、扉页、声明和目录部分一般都是不参与查重的，而摘要和关键词一般需要查重。
做标记的地方应该就不算了吧。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
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