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据中国科学技术信息研究所公布的核心期刊引文数据统计结果，2009年《药学学报》总被引频次：2981，影响因子：970。自1998～2005年来连续8年荣获中国科协“择优支持基础和高科技学术期刊”专项资助。2006~2010年荣获中国科协精品科技期刊工程项目资助。 该刊发表的论文具有创新性和前沿性，并具有中国药学特色。论文的学术价值较高，有的达到或领先于国际水平。据不完全统计，近年发表的论文获国际、国家、省、部级奖的比例达10%；基金项目（自然科学基金、国家863、973、十五攻关以及省、部级和国外基金等）的论文达67%。这些基金论文的发表，展示了我国药学研究的最新成果，促进了学术交流，对我国药学事业的发展起到了促进作用。
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