1901年8月8日,钟惠澜出生于葡萄牙属地东帝汶叻利岛。因其父死于中毒性痢疾,所以发奋学习,决心以医术治病救人。1916年毕业于广东梅州市梅县区广益中学。1921年被保送上海沪江大学理学院医预系学习。1922年考入北京协和医学院学习。1927年利用暑假去广东汕头对该地区进行流行病调查,发现了四种能传播疟疾的媒介按蚊,其中微小按蚊在世界上属首次发现 。1929年毕业于北京协和医学院,并获美国纽约州立大学医学博士学位;入协和医院内科任住院医师。1934至1935年访问美国、英国、比利时、法国、意大利、埃及、印度等国的热带医学研究机构,并参加德国汉堡热带医学与卫生学院的研究工作。1940年任协和医学院内科襄教授。1941年太平洋战争爆发后,北平协和医院被迫关闭钟惠澜不得不离开协和医院而开业行医。1942年5月,经人介绍,率领一批原协和医院的医护人员进入北平中央医院,出任内科主任,以后又升任医监。他团结广大医护人员与教会势力与日伪势力进行坚决的斗争,使该医院不为这两种势力所控制。1945年8月抗日战争胜利后,钟惠澜接任医院院长,并将医院改名为中和医院,以表示此医院系中国协和同仁所办。1946年至1948年钟惠澜又兼任北平大学医学院附属医院内科主任教授,对学生及住院医师要求十分严格,为中国培养了大批医务技术骨干。以后他辞去内科主任职务,但兼任内科教授。1948年协和医院复校后,钟惠澜也兼任协和医院内科教授。中华人民共和国成立后,钟惠澜等把中和医院上交人民政府卫生部,医院改名为中央人民医院。1950年任北京中央人民医院院长兼内科主任。他积极参加中华医学会的各项活动,主持《中华医学杂志》英文版的编辑工作,兼任总编辑。以后他又兼任《中华内科杂志》的总编辑。1951年钟惠澜当选为中华医学会副会长,以后又兼任内科学会主任委员。他还积极参加中华医学会北京分会的工作,为提高开业医生和在职医务人员的医疗技术水平而作出重要的贡献。1952年美军发动细菌战,钟惠澜受命担任中央防疫委员会反细菌战科技研究组副组长,并任调查细菌战的国际科学委员会的专家联络员。他随委员们冒着生命危险到朝鲜战场和中国东北进行实地调查,他们以大量事实和证据揭露了美国进行细菌战的罪行,钟惠澜在这方面的功绩受到中国政府的表彰和嘉奖。1954至1987年任第二届全国政治协商会议常务委员。1956年钟惠澜前往云南省楚雄地区进行调查,首次发现滇西血吸虫病的高发病区,此病在当地一直被误诊为疟疾、肝肿大综合征等症,这次的发现对云南血吸虫病的防治具有重要的意义。1956年当选为中国科学院生物地学部委员(院士)。1957年北京苏联红十字会医院移交给中国,并改名为中苏友谊医院(以后改名为友谊医院),周恩来总理指名钟惠澜出任院长。1957年在政协会议上多次强调人口过快增长对国民经济的危害,以及开展计划生育的重要性。可惜这些意见没有能得到应有的重视,他反而受到了不应有的批判。在中国共产党的十一届三中全会以后,他的意见才得到了肯定,他被聘为中国人口学会的顾问。1966~1976年“文化大革命”期间,钟惠澜受到迫害,“隔离审查”直到1969年才解除隔离,并允许他在内科门诊参加医疗工作。1962年他了解到日本横川教授应用硫双二氯酚治疗肺吸虫病实验动物及病人有良好的疗效后,他一面设法引进该药,同时也通过化工部与重庆制药厂合作试制该药成功。以后他又带领助手去河南、四川、云南、湖南、黑龙江、山西、海南岛等地进行调查,查明了新的流行区,并发现8个肺吸虫新虫种,其中5种对人有致病性。他也发现了新的第一中间宿主3种拟钉螺。1978年创立中国第一所研究热带病的科研机构——北京热带医学研究所并任所长。1980年任世界卫生组织肺吸虫病、肝吸虫病及利什曼病合作中心主任。1982年当选为美国热带医学与卫生学会名誉会员。1987年2月6日因心肌梗死和十二指肠球部溃疡出血逝世于北京。