1879年(光绪五年)9月14日(公历10月28日)生于浙江镇海澥浦余严村。1884年(光绪十年)六岁 春,入塾读书。1901年(光绪27年)23岁 就读南浔浔溪公学。时校长为杜亚泉,名誉校长为蔡元培。1903年(光绪29年)25岁 至上海任澄衷学堂教员。1904年(光绪30年)26岁 主办镇北贵驷桥宝善学堂。1905年(光绪31年)27岁 由镇海鲲池书院公费派赴日本留学。1908年(光绪34年)30岁 入大阪医科大学预科习医。成普通物理学讲义。由上海文明书局出版。1910年(宣统二年)32岁 课余撰成物理学教科书。仍交上海文明书局出版。1911年(宣统三年)33岁 10月,武汉革命军事起。11月,乃随留日医学生组织之赤十字社归国作救护工作,先至上海,旋即随革命军入南京。12月,受豫晋秦陇红十字会之托,赴陕西,做救护工作。1912年(中华民国元年)34岁 七月,任北京师范学校学监。1913年(中华民国二年)35岁 春,再赴日本大阪医大继续求学。1916年(中华民国五年)38岁 夏,大阪医科卒业。七月,归国任公立上海医院医务长。1917年(中华民国六年)39岁 灵素商兑出版。冬,辞公立上海医院医务长职。1918年(中华民国七年)40岁 在上海开业。同时任上海商务印书馆编辑。1925年(中华民国14年)47岁 八月,被任中日文化事业委员会上海分会委员。10月,赴日本,出席远东热带病学会。在大会上演讲《中国结核病历史的研究》,指出瘰疬与肺痨同原之说,唐时崔氏别录已有明确记载,早于欧洲林匿克氏者1,200余年。11月,组织上海市医师公会,被推为第一任会长。1926年(中华民国15年)48岁 11月,任南京中央卫生委员委员。1927年(中华民国16年)49岁 二月,出席中央卫生委员会会议,在会上提出二项建议:(1)急须设法增加全国医师人数以利卫生行政之进展案。(2)废止旧医以扫除医事卫生之障碍案。1928年(中华民国17年)50岁 二月,创办社会医报,并自任为主任。三月,任大学院译名统一委员会委员,及医学校学制与课程编制委员会委员。四月,任大学院审查科学图书委员会委员。八月,任内政部卫生专业委员会委员。11月,搜罗历年所作有关医学文字,编为余氏医述,后改名为医学革命论集。]1929年(中华民国18年)51岁,在汪精卫支持下,提出“废医存药”废止中医案。1931年(中华民国20年)53岁 著皇汉医学批评,先后在社会医保按期发表,至此,作单刊本出版。1932年(中华民国21年)54岁 任东南医学院校董会校董,兼任校董主席。1933年(中华民国22年)55岁 七月,余氏医述二集编成。1934年(中华民国23年)56岁 三月,任教育部医学教育委员会顾问。任中华医学杂志编辑主任。方言病诂(后易名方言病疏)脱稿。1940年(中华民国29年)62岁 11月1日尔雅病诂(后易尔雅病疏)脱稿。1941年(中华民国30年)63岁 12月15日,说文解字病诂(后易名说文解字病疏)脱稿。1942年(中华民国31年)64岁 2月9日,广雅病疏脱稿。1943年(中华民国32年)65岁 二月,十三经病疏脱稿。1944年(中华民国33年)66岁 秋,任中国医药研究所所长。1947年(中华民国36年)69岁 一月初着手作《古代疾病名候疏义索引》。1948年(中华民国37年)70岁 医史杂志出刊先生七十岁生日纪念论文专号。1949年 71岁 全国解放。10月1日中华人民共和国成立。先生益努力阅读马列一类之书。从无线电广播中学习俄文。1950年 72岁 五月,任全国第一届卫生会议筹备委员会华东分会委员。先生被聘为全国第一届卫生会议特邀代表。1951年 73岁 任华东医务生活期刊编辑委员会。上海市人民政府文化教育委员会委员。上海市土产交流大会筹备委员会中医专门委员会专门委员。中央人民政府卫生部教材编审委员会委员。上海市各界人民代表会议协商委员会委员。中央卫生部中华人民共和国药典编纂委员会特邀委员。中华自然科学专门会联合会委员。上海市科学普及协会委员。上海市人民政府卫生局中医进修委员会委员。中华医学会理事。1952年 74岁 任上海市卫生局成药审查委员会。上海市国医训练所学术讲座讲师。1953年 75岁 一月一日,任上海市新成区第四联合诊所所长。9月30日病。1954年 76岁 一月三日(农历11月29日)晨9时35分,病逝同济医院。享年75岁。遗命将遗体交医学院作病理解剖。六日上午奠祭,下午火葬