基因皇后陈晓宁事件方舟子发表公开信,美籍华人科学家陈晓宁在美国的多年的科学成果在美国当地用3000到4000美元就可以买到。方舟子在接受央视采访时称,这个事件没有对陈晓宁有任何的影响,只是她和投资方没有洽谈好而已。“核酸保健品”事件2000年,方舟子称:经过调查,他发现上世纪80年代初“核酸营养”在美国已经被认定为商业。清华大学常智杰副教授事件2003年,方舟子指清华大学生物科学与技术系常智杰副教授捏造论文一事,两人通过E-MAIL一来一往,针锋相对。常智杰认为方舟子据此推断他“捏造论文”和“由此谋取清华副教授教职”,是“一派胡言”。南京大学朱涵事件2004年,方舟子发表文章指出,南京大学物理系本科生朱涵在大三、大四两年期间发表的八篇SCI论文,有造假嫌疑。