民法典规定专利权质押合同的生效时间是:自质押合同办理登记时生效。《中华人民共和国民法典》第四百四十四条对此有明确规定,以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的,质权自办理出质登记时设立。【法律依据】《中华人民共和国民法典》第四百四十四条以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的,质权自办理出质登记时设立。知识产权中的财产权出质后,出质人不得转让或者许可他人使用,但是出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款,应当向质权人提前清偿债务或者提存。