本刊1959年创刊，属不定期刊物，1988年经中共云南省委宣传部及云南省新闻出版局批准向国外公开发行，双月刊，1995年经国家科委批准，因主办单位由昆明工学院改名为昆明理工大学，该学报也由昆明工学院学报更名为昆明理工大学学报。
单位不同，分类就不同。昆明理工大学把昆明理工大学学报(自然版)列为中文核心期刊B类。
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