《应用生态学报》已成为国内外有影响力的中国生态学刊物,入选“中国期刊方阵”(双效期刊)、“中国科技核心期刊”、“中文核心期刊”,被《中国科学引文数据库》(CSCD,核心期刊)、《中国科技论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国学术期刊综合评价数据库》(CAJCED)、《万方数据库》、《中国期刊全文数据库》(GJFD)、《中国学术期刊全文数据库》、《中文科技期刊文摘数据库》、美国《生物学文摘》(BA)、《化学文摘》(CA)、英国《生态学文摘》(EA)、日本《科学技术文献速报》(CBST)和俄罗斯《文摘杂志》(AJ)等国内外十多家权威检索系统和数据库收录。曾获全国优秀科技期刊三等奖(1992年),中国科学院优秀期刊二等奖(1992、1996、2000年)及百种中国杰出学术期刊(2004年)称号。《应用生态学报》2009年影响因子和总被引频次分别居国内生物学类期刊第3名和第2名