参考文献并不在被查重范围内，所以不会影响查重，除非引用格式错误。交叉引用是利用书目的编号插入正文作为索引，需要先生成尾注。所以说交叉引用和尾注本来的就不冲突。不同插入方式的区别只在索引和书目如何关联，而查重只看内容。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
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