邹钟琳在昆虫生态学的研究上造诣颇深。1932年回国后,坚持用昆虫生态学的理论,解决生产中的问题。他在江苏昆虫局兼任技术部主任期间,深入江苏、华北蝗区调查,对中国飞蝗分布与气候地理的关系;东亚飞蝗变型现象以及飞蝗发生状况与防治效果等进行了深入的研究,发现东亚飞蝗因种群密度不同而发生变型现象,其种群密度与蝗区的生态特点有密切的关系,并根据这些规律提出了蝗害的预防方法。为当时国内消灭蝗害作出了重要贡献。其中《中国迁移蝗之变型现象及其在国内之分布区域》获得1941—1942年度高等教育学术三等奖。50年代,邹钟琳主持全国重点课题“小地老虎的研究”。他从生物学、生态学的观点,对小地老虎生物学特性及其发生规律进行了深入的研究,取得了显著的成果,最后汇集成《小地蚕论文集》出版。许多成果在生产上发挥积极的作用,有的还拍成科教片,在全国进行宣传。邹钟琳在实践中积累了丰富的经验和深厚的理论知识,掌握国内主要农业昆虫发生的一般规律,经常提出带有方向性的研究课题。60年代初,他就在教研组内提出要着重研究昆虫的种群及其数量的变动规律,及作物抗虫性的研究和应用,经过20多年努力,教研组在这两项研究上取得了重大成果,其中稻纵卷叶螟和稻褐飞虱的迁飞规律已基本摸清,曾获得江苏省、农业部和国家级科技成果奖。实践证明邹钟琳指出的这个研究方向,是符合国内外昆虫学发展趋势的。1980年我国第一本《昆虫生态学》出版。这是邹钟琳数十年昆虫生态研究工作的结晶。为了写好这本专著,他还不断地阅读国内外最新的专著和期刊,从全国各地搜集大量的实际资料和补做一些观察实验。如为了弄清枫蚕在南京的生活史及其习性,他便在自己的卧室里养起枫蚕来。把家里大大小小的篮子用来当笼子,把纱窗与玻璃窗之间的空隙也利用起来。开始,枫蚕怎么也不交配。他经过多方面找原因,终于发现雌虫与雄虫不交配是由于光照太强的关系,于是他把窗子遮得暗暗的,如是枫蚕交配成功。邹钟琳把这些有价值的资料都充实到了《昆虫生态学》中。因此这本专著内容丰富、生动,出版后深受同行的好评。