脚注和参考文献是不重合的，参考文献不用解释，就是参考过的或者直接引用的文献，做出标注，一般写于文章末尾，脚注一般写于每一页的最后，脚注主要运用于对数字或者某句话或者某个词语的详细解释，主要是文中无法说清某个词语，或详细解释某个词语影响文章阅读的情况下，要脚注说明。例如，学而时习之，不亦说乎，脚注就是对这句话的解释，学到了知识或本领，并有时间有机会去不断地实践它，不也是件快乐的事，参考文献就是论语学而。
据学术堂了解，论文的参考文献引用的是别人的论文观点和成果，而脚注更多是自己对于这个名词或者概念的详细说明，用于向对于此类课题还不了解的人进行解释。不同之处在于参考文献引用肯定是别人论文的成果或者内容，无非是直接或者间接的，脚注更多的是作者自己的解释。
标注了脚注或者尾注的地方还需要在参考文献
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