会的。系统默认你投出去的文章（即使是自己发表的文章）有重复。解决的办法很简单，就是你投文章和提交毕业论文查重的时间重叠在一起，或者查重先进行，这样你发表的文章，就不影响了。
最好是写完再查重，因为写论文字数很多，这意味着论文必须逻辑强、前后联系强，论文才能通过导师的审核。你写一部分就查重，重复率高就要改论文，这样很容易就把你最初的构想给打乱，所以建议你论文写完再查重。
论文的引用部分是算重复的，就是我们的文献综述部分大部分都是引用前人的一些观点，那么如果这些观点，你直接复制，黏贴，复制，黏贴，堆积在那里，重复率是特别特别高的，所以你要用自己的话，或者以自己的理解对他们进行归纳总结，这样子的情况下，重复率会降低很多很多。千万不要直接大大片的复制黏贴，那这样子可能会出现一片红，就是重复率特别高。
自己的两篇小论文重复应该是不可以的，只能是选其其中一篇。
当然可以啦，但是建议多写一些再查重，这样会节约一些精力和时间。毕竟论文字数要求多，格式单一，但只要是按照自己的想法写出来的、并无抄袭，那么我想重复的概率应该也很小呦。
不会影响查重，只要没在网上公开
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