专利独家许可协议的办理方式:许可双方就专利独家许可等相关事项达成协商一致,然后订立书面实施许可合同。最后,双方共同前往专利部门进行登记备案。并且在约定独家许可应当是许可人本人也不能使用这项专利的。【法律依据】2021年6月1日生效的《中华人民共和国专利法》第十二条任何单位或者个人实施他人专利的,应当与专利权人订立实施许可合同,向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。第十三条发明专利申请公布后,申请人可以要求实施其发明的单位或者个人支付适当的费用。第十四条专利申请权或者专利权的共有人对权利的行使有约定的,从其约定。没有约定的,共有人可以单独实施或者以普通许可方式许可他人实施该专利;许可他人实施该专利的,收取的使用费应当在共有人之间分配。除前款规定的情形外,行使共有的专利申请权或者专利权应当取得全体共有人的同意。