多年来，中东研究所形成了“研究现状与研究历史相结合，以研究当代中东问题为主，从历史角度审视当代问题”的方针。中东所的主要研究方向为中东文明史、当代中东政治与国际关系、宗教史和南亚研究，在中东史研究领域居国内领先水平。2001-2006年，研究所共争取到国家级科研课题8项，包括国家社科基金项目5 项、教育部项目3项，省社科规划项目、省教育厅项目9 项。其中，“当代中东问题与我国战略对策研究”为2004年度的国家社科基金重大项目，也是本年度西部争取到的唯一国家社科基金重大项目。
研究所以中东历史研究为主，与现状研究相结合，为国内中东研究领域最早的博士点（1986年）。现为省重点学科，设有世界史博士点和博士后科研流动站，以及四个硕士点：世界史，专门史（宗教史），国际关系学，宗教学。研究所下设四个研究室，即中东历史研究室、中东经济研究室、中东宗教文化研究室和中东国际关系研究室。1999年，研究所列入教育部211工程立项。
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