1、文本不同:脚注或尾注由两个互相链接的部分组成,注释引用标记和与其对应的注释文本,在注释中能够使用任意长度的文本,并像处理任意其他文本一样设置注释文本格式。参考文献是来说明正文内容的来源。2、位置不同:脚注一般位于页面的底部,可以作为文档某处内容的注释。而尾注一般位于文档的末尾,列出引文的出处等。参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目,集中列表于文末。3、适用不同:脚注是解释正文中某一个词和句,不便于在正文中解释,怕影响正文的连续性,而在页脚上面插入解释。是引用的一种,只出此刻当页,而不会出此刻此节的每一页。尾注与题注的形式差不多,一般用于这句话或者段落了,出自何处。在全文尾部给予说明,与正文资料相差很远,参考文献是论文内容上的划分。