早期从事运动稳定性及最优控制的研究,其中有新型的有限时间区间稳定性。在自动控制领域取得一系列系统性理论成果,解决过武器研制中的重要关键问题。参加“红箭-73”反坦克导弹的研制,解决了控制系统的关键问题,解决了因控制指令交叉耦合而不能中靶的关键问题,取得突出实效,获1978年全国科学大会“做出重大贡献的先进工作者”奖,1993年冶金部“在冶金军工创业和发展中,做出突出贡献”奖。对于微分对策理论,建立了一整套关于定量与定性两类基本问题的新理论和方法,形成新体系。提出并论证了定性微分对策的极值性质,提出了定性极大值原理,并与一系列应用结合。获1987年国家自然科学三等奖,国家教委科技进步一等奖。主从对策理论是其扩展研究,提出惩罚量等新概念及定量计算。在20世纪90年代提出并开辟一全新方向,即复杂控制系统对称性和相似性结构与控制规律的研究。得到系统的规律,即这类结构可使系统降维、分解、化简,并得到简化的控制规律。对非线性系统及组合大系统已取得系统性的结果并获1995年国家教委科技进步一等奖。1997年当选为中国科学院院士。在国内外先后发表论文200余篇、专著2部。代表作有:《有限时间区上的运动稳定性》、《轨线受限的最优控制问题》、《一种解定性微分对策及确定能控区边界的新方法》、《定性极值原理的某些应用》、《空战中角色二重性问题》、《集合覆盖法》等论文40余篇。著有《微分对策》一书。他的《微分对策及定性极值原理研究》获中国国家教育委员会科学技术进步一等奖及国家自然科学三等奖。在国内外重要期刊和国际会议上发表论文300余篇,出版专著1部,主编书1部。1986年创办了《控制与决策》学术期刊并出任主编。1983年张嗣瀛出任《中国大百科全书〈自动控制与系统工程卷〉》编委兼控制理论分支主编。1989年又创办了全国性的“中国控制与决策学术年会”,任会议文集主编 。2005年他与中国科学院院士戴汝为一起,创办了《复杂系统与复杂性科学》学术期刊并共同担任主编。张嗣瀛院士曾任国务院学位委员会第二届学科评议组成员,国家自然科学基金委员会学科评审组成员,中国自动化学会常务理事,以及《信息与控制》副主编,《自动化学报》等4个学报的编委。1986年他主持了国际自动控制联合会(IFCA)的“建模、决策与对策(MDG)国际学术会议”,并任国家组织委员会主席。 主要学术成就为:提出了定性极大值原理,建立了一整套关于定量与定性两类基本问题的新理论和方法,形成新体系,并给出一系列应用,获1987年国家自然科学三等奖和国家教委科技进步一等奖。主从对策理论是其扩展研究,也取得系统研究成果,获1992年国家教委科技进步二等奖 。90年代提出并开辟一个全新研究方向,即复杂控制系统对称性和相似性结构与控制规律的研究,对非线性系统及组合大系统已取得系统性的结果,获1995年国家教委科技进步一等奖。1993年获冶金部“在冶金军工创业和发展中,做出突出贡献”奖。