论文查重的是整篇论文不止是论文的正文。论文审核不通过的原因有很多种，比如你的查重重复率太高，写的论文正文与标题关系不大等等
后者呗，重复率都能检测出来，例如维普通达论文检测拥有权威对比资源库的同时，还具备独特的自建库服务，也就是说把论文中参考过的文章上传到检测系统，形成一个自己的数据库，可以更精准的反射出自己的论文与所参考的文章相比，重复率高不高，这是维普独有的优势。
具体看每个高校的论文查重要求与标准
论文查重各学校要求不一样，有的是论文全部都查，有的不查封面、声明、授权、目录、注释、参考文献。论文审核不通过原因有很多，论文查重率高、文章写作上存在明显问题或错误（格式、结构、逻辑、语言有问题）、文章没创新、论文主题与投刊物不匹配等。
当然是全部查重，第一些因为总的次数少但，要保证文献没有重合
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