《湿地科学》于2004年,与中国期刊网(CNKI)和科学技术部西南信息中心(重庆维普)、万方数字化期刊群等国内主要的学术期刊数据库进行合作实现全文上网,并同时被CNKI中国知识基础设施工程中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)、CNKI中国知识基础设施工程中国期刊全文数据库(CJFD)、中文科技期刊数据库(SWIC)收录和《中国核心期刊(遴选)数据库》收录。2007年2月,《湿地科学》被中科院文献情报中心的“中国科学引文数据库来源期刊”(即CSCD)收录,并于同年6月被收录为“中国科技论文统计源期刊(CSTPCD)”。 2006年,中国科学技术信息研究所开始对《湿地科学》的数据(2005年)进行统计分析。《湿地科学》2005年的影响影子为,2006年为,2007年为,至2008年,《湿地科学》的影响因子已经升至。目前收录《湿地科学》的国外检索机构包括剑桥科学文摘(CSA)和美国当代地理出版社(CGP)。