可以放的，查重系统会识别参考文献，参考文献不参与查重。其他格式内容也是不参与查重的。论文查重有的内容不查，有的内容查重，具体如下：不查的内容包括：封面，授权声明，原创声明，目录，脚注，尾注，参考文献。查重的内容包括：中英文摘要，绪论，引言，综述，正文，致谢，附录。不查不代表不会查重，如果排版格式不规范，导致系统不能识别查重内容，不该查重的会被查重，这样查重结果就不准了。注意排版格式要规范正确。
其实只要参考文献格式正确，那么通常情况下这部分是不会参与到论文查重率中。因为我们把论文上传检测系统进行查重时，系统会自动识别这部分排除掉不计算重复率。那么我们在进行查重前一定要仔细检查格式而且把全部的论文文档一并上传到查重系统进行检测，这样出来的重复率结果更加精准。
看你用什么系统来查重了，如果用知网查重来检测的话建议不要删除参考文献，不过只要格式对的话知网查重也不会去查重参考文献的。
论文查重需要把参考文献放进去吗？它可以反映真正的科学依据，表明这篇论文是科学准确的。可以体现严肃科学的态度，让读者知道自己的观点和成果是别人的观点和成果，一目了然。表示对前人科学成果的尊重，明确指出资料来源，使自己和他人的检索变得容易。论文应坚持科学严谨的态度。如果文章有引用前人的劳动成果，应按顺序表现在参考文献部分。
正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
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