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祖先重建（或特征映射）是指从个体或种群的测量特征推断其共同祖先的特征，它是系统发育、个体、种群或物种与祖先进化关系的重建和研究的重要应用。 在演化生物学的研究中，祖先重建可以用来重建数百万年前生活的生物的不同类型的祖先特征状态。这些状态包括 遗传序列 （祖先序列重建）、 蛋白质的氨基酸序列 、 基因组组成 、 生物表型 以及 祖先种群或物种的地理范围 （祖先范围重建）。由于现代遗传序列本质上是古代序列的变异，因此进入古代序列可能会发现其他变异和可能由这些序列产生的生物体。除了遗传序列外，生物学家可能会试图追踪一个性状到另一个性状的演化历史，例如，鳍向四肢的转变。

祖先重建常常依赖于一个足够真实的演化统计模型来准确地推断祖先状态，这些模型利用 已经通过系统发育等方法获得的遗传信息 来确定演化历史以及发生演化事件的时间。然而，无论模型多么接近实际的演化历史，准确重建祖先状态的能力都会随着该祖先与其后代之间的演化时间的增加而减弱。 祖先重建的方法主要有三种：最大简约法（maximum parsimony）、最大似然法（maximum likelihood）以及贝叶斯法（bayesian）。 其中，最大简约法认为所有演化事件的可能性相同；而最大似然法认为某些类别演化事件具有不同的可能性；贝叶斯推断则将事件的条件概率与系统发育树的可能性以及与该发育树相关联的不确定性的数量联系起来。

最大简约法主要提供快速和简单的方法来推断祖先的状态，然而，由于演化过程过于简单化（例如，没有考虑分支长度和演化时间），简约法的准确性有限。最大似然法是基于性状演化的概率模型。在各种条件下，利用理论论证和模拟研究，最大似然方法的性能优于简约法。 仿真结果表明，由于考虑了进化时间和分支长度，即使是最简单的模型也能产生比简约更精确的结果，并且对系统发育的不确定性具有稳健性。 贝叶斯方法是利用马尔科夫链蒙特卡洛方法（MCMC）来推断祖先特征状态、系统发育树和模型参数的联合后验分布，这涉及到描述序列演化的复杂概率模型、分子钟、人口统计学以及研究特征的演化。 由于贝叶斯方法具有丰富的选择性以及灵活性而备受欢迎，例如著名的系统发育分析软件BEAST。 然而，MCMC具有较高的计算成本，对于大数据集，无法实现所有树、参数和性状分布的联合推理。

许多模型已经发展起来用以估计从现生后代到祖先的离散和连续型性状的演变。这些模型假设一个性状通过时间的演化可以被建模为一个随机过程。

a. 连续型性状（如，体重、脑重等） 连续型性状演化模型被用来理解许多有趣的演化现象，包括：性状演化的速率，性状演化的模式，这些性状如何随着时间或谱系之间的变化以及理解导致这种变化的生物和非生物因素。

布朗运动模型（Brownian Motion models），最简单的连续性状演化模型假定性状在布朗运动模型下演化。在此模型下，沿分支预期的性状变化量为零，性状变化的方差与时间和速率参数成正比。它可以估算某性状整体的演化速率、检测演化速度随时间的变化、检测不同谱系进化速率的变化、检测与状态相关的演化速率以及检测性状相关性演化（如，性状X与性状Y在演化中是否具有相关性）。 Ornstein-Uhlenbeck 模型主要估计演化最优值以及演化最优的变化检测。

b. 离散型性状（如，花的颜色、形状） 对于这种性状，通常是马尔科夫链模型（Markov chain）-马尔可夫链是描述一系列可能事件的随机模型，其中每个事件的概率仅取决于在前一事件中达到的状态，在连续时间内，它被称为马尔可夫过程。

有许多软件包可以执行祖先状态重建，一般来说，这些软件包是通过相关领域的科学家的努力开发和维护的，并在免费软件许可下发布。下表展示了一些比较经典的软件工具：

最近有两款软件分别发布于MBE期刊（ PastML ）与BMC evolutionary biology期刊（ pastview ），网页版的优点就是使用方便、容易出图。一般只需要准备一颗系统发育树以及对应的性状矩阵文件，即可快速完成祖先状态的重建。

在上述中，我已经列举了许多软件，接下来主要是选择R包 phytools 来进行演示如何重构祖先状态。

参考文献：

成龙真名:房仕龙成龙的本名其实不是"陈港生",而是"房仕龙"!成龙在曼谷和影迷聚餐时,首度坦承了自己的身世,而他80...门,从成龙掉牙、幽默感到拍片计画,但最后一个"你的本名?"的问题,却让成龙愣了一下,但他还是乐意地答:"我姓房."

成龙的本名其实不是“陈港生”，而是“房仕龙”！成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，而他80多岁高龄的老父也在现场。大哥的回应也间接说明，前几年中国传出一房姓男子自称是“龙哥”的新闻似乎不是凭空捏造。 影迷的问题五花八门，从成龙掉牙、幽默感到拍片计画，但最后一个“你的本名？”的问题，却让成龙愣了一下，但他还是乐意地答：“我姓房。” 成龙是华人演艺圈备受尊敬的大哥，直到香港导演张婉婷的纪录片《龙的深处：失落的拼图》揭露成龙不为人知的身世，大家才知道，原来，威风八面的成龙原名房仕龙，由于父亲身份的原因，不得已改姓陈。于是，成龙才有了那个乡土气息极浓的名字———陈港生。出道伊始，成龙把艺名改做陈元龙，后来改做成龙，寓意深远的名字给成龙不断创造事业高峰。

成龙真名:房仕龙、陈港生 成龙的本名其实不是“陈港生”，而是“房仕龙”！成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，而他80多岁高龄的老父也在现场。大哥的回应也间接说明，前几年中国传出一房姓男子自称是“龙哥”的新闻似乎不是凭空捏造。 影迷的问题五花八门，从成龙掉牙、幽默感到拍片计画，但最后一个“你的本名？”的问题，却让成龙愣了一下，但他还是乐意地答：“我姓房。” 成龙真名：房仕龙、陈港生 成龙是华人演艺圈备受尊敬的大哥，直到香港导演张婉婷的纪录片《龙的深处：失落的拼图》揭露成龙不为人知的身世，大家才知道，原来，威风八面的成龙原名房仕龙，由于父亲身份的原因，不得已改姓陈。于是，成龙才有了那个乡土气息极浓的名字———陈港生。出道伊始，成龙把艺名改做陈元龙，后来改做成龙，寓意深远的名字给成龙不断创造事业高峰。成龙的家庭与身世，是成龙本人及传媒记者、广大成龙迷都十分关心的问题。之所以说成龙本人都十分关心，是因为很多事连成龙本人都搞不清楚。 2001年7月初，向来孝顺的成龙，得知居于澳洲的龙妈妈患病，立即起程前往澳洲探望。 极尽孝义的成龙，在当地购下近万英尺的豪华大宅给父母居住。 2002年2月20日，成龙在曼谷和影迷聚餐时，首度坦承了自己的身世，他承认了自己的本名其实不是"陈港生"，而是"房仕龙"！而他80多岁高龄的老父也在现场。 大哥的回应也间接说明，前几年山西传出一房姓男子自称是"龙哥"的新闻似乎不是空穴来风。之前山西曾传出一名房姓男子自称是成龙大哥的新闻，成龙当时仅说，上一代的事，他不想过问。不过，成龙这次坦承姓房，没有回避。 父亲四处漂泊，刻苦持家，成龙的成长日子也吃了不少苦，龙父曾想让顽皮的成龙跟着他当厨师，没想到他跟了3个月，一个荷包蛋还煎不好。成龙后来跟于占元师傅学艺，踏进电影圈，从此改变他的一生。 年近半百，身世应该让自己洞悉并向影迷有所交待。因此，成龙约请张婉婷和罗启锐联合制作了一部成龙自传式纪录片《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》，此片从1999年开始工作，静悄悄地进行。 2002年，张婉婷一直在进行有关成龙身世的纪录片《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》的后期剪接工作，该片被定为2003年柏林电影节纪录片单元的开幕片。 《龙的足迹：成龙和他失落的家庭》这部纪录片前后拍摄完成花了近3年时间，最早是成龙打电话问张婉婷："我爸准备告诉我身世，你有没兴趣来拍一下？"张婉婷从没拍过纪录片，之前与成龙是关系不错的朋友，合作拍过《七小福》，成龙因此想到她。于是她跟着成龙去了澳洲、安徽、香港等许多地方拍他的家并采访了与他有关的人。拍完后，张婉婷去北京拍她的《北京乐与路》，同时找人从各地调集来一些历史资料作为采访的补充，就这样她凭着拍《宋家王朝》的感觉按故事片的结构拍了一部关于成龙身世的纪录片。 "成龙看完还挺满意，他觉得这部片不仅是写他一人的身世，更代表了许多中国家庭的故事，侧面反映了中国近代史，所以这次送去柏林参展，之后也还会陆续去其他一些影展。"对于这部纪录片中反映了多少关于成龙不为人知的身世呢，张婉婷笑着说，"到时你看了就知道了，比如说他以为自己是独生子，他以为自己姓陈，他眼中父母的身世……原来都不是想像中那样。他在片中与大家平时见到的'大哥'形象也完全不同，他就像个小孩一样，有很多有趣的东西。" 这部由成龙担任制片人的新片，和任何一部成龙电影都全然不同，这是一部关于成龙和他父母的纪录片。在2003年年初的柏林电影节上，这部感人至深的纪录片进行了它的全球首映。美国《时代》周刊专门对该片进行了褒评。 如果把《龙的足迹》看成一部励志片，那么这部关于成龙故事的纪录片甚至可以和亚伯拉罕·林肯的传记片或《哈利·波特》相媲美。影片真实讲述了一个出生在香港穷苦人家的男孩，如何小小年纪被送进戏班子学艺，在严厉的师傅的鞭子下度过了艰辛而坎坷的青少年时期。长大后，这个男孩把从戏班学艺经历中学到的一身好功夫和坚忍不拔的精神，运用到了电影拍摄工作中，逐渐成为李小龙的接班人，并最终成为他自己--一位国际巨星，迄今在世的最著名的亚洲影星--成龙。 如果从影片讲述的成龙父母的历史来看，《龙的足迹》又像一部扣人心弦的故事片，它具备一切引人入胜的元素：枪炮、毒品、凶杀和浪漫爱情。片中还有一位朴实无华的明星--成龙的父亲查尔斯·房，一位饱经风霜、风趣世故、精力充沛的80多岁老人。影片里的整个故事就是由他讲述的。 1915年，龙爸爸出生于山东，本名叫房道龙（音译），小时候也是一个非常顽皮捣蛋的孩子，不知道成龙好动的性格是不是遗传了父亲的因子。长大后，龙爸爸加入了国民党军队。后来，天生不安分的他因为一次枪支走火事故被革除了军职。于是，龙爸爸在南京改行做起了亚麻布买卖，生意相当不错，直到日军侵入中国。龙爸爸被日本人抓进了监狱，经受了非人的折磨。万幸的是，后来他被一位亲戚救了出来。当龙爸爸的双亲在一次日军飞机的空袭中丧生后，龙爸爸逃出了南京来到重庆，幸运地躲过了那场惨绝人寰的南京大屠杀。在漫长的战乱岁月里，龙爸爸也吃过枪子儿，在他的左腿和头上至今还留有伤痕。他的儿子成龙后来在拍电影的过程中也留下了累累伤痕，人们常说成龙是"铁人"，殊不知，龙爸爸是更硬的金属做的人。 在安徽，龙爸爸遇见了他的第一任妻子，并生养了两个儿子，即成龙的同父异母哥哥。后来，这位妻子在被病魔缠身3年后去世了。不久，龙爸爸被调任芜湖工作。那时，他也许没有想到自己和这两个亲生儿子一别竟是40年。在芜湖，龙爸爸遇见了他的第二任妻子，即成龙的亲生母亲莉莉·陈，他们的相遇颇具戏剧性。那时，龙爸爸还在军队服役。一天，当他在水边巡逻的时候，看见一名妇女在兜售鸦片，本来应该逮捕她的，龙爸爸却放走了她。她就是莉莉，当时她的丈夫被日本人的炸弹炸死了，留下了两个女儿。不久以后，龙爸爸和莉莉及其女儿组成了一个新的家庭。1949年后，他们来到了香港，把龙妈妈与前夫所生的两个女儿留在了大陆。 直到上世纪80年代，龙爸爸才和他与前妻所生的两个儿子在山东重新团聚。当时，龙爸爸和龙妈妈所生的儿子已经成了香港顶尖的电影明星，但是他几年前才刚刚知道自己的本名不叫"成龙"，而是"房仕龙"。房祖名在新浪聊天时也有提到。成龙的爸爸是做特务的~~~~~~房祖名 ： 对。我的祖籍是山东人，我祖宗比较出名，传到我爷爷那一代，因为我爷爷在内地要！！！做特务！！！，所以要隐姓埋名，名字很多，房很容易认出来，就改姓陈，我爸爸到四十几才知道自己姓房，房龙就很难听，人也不会接受，就不改，我还年轻就改了房祖名。”

提升热电材料ZT值的方法一般有两种，一为提高其功率因子(S2σ)，或降低其热传导系数(κ)。影响功率因子的物理机制包括散射参数、能态密度、载子移动度及费米能级等四项。前三项一般被认为是材料的本质性质，只能依靠更好更纯的样品来改进，而实验上能控制功率因子的物理量为通过改变掺杂浓度来调整费米能级以达到最大的S2σ值。固体材料热传导系数(κ)包括了晶格热传导系数(κL)及电子热传导系数(κe)，即κ=κL+κe。热电材料之热传导大部份是通过晶格来传导。晶格热传导系数(κL)正比于样品定容比热(CV)、声速及平均自由程度等三个物理量。同样，前二个物理量是材料的本质，无法改变。而平均自由程则随材料中杂质或晶界的多寡而改变，纳米结构的块材之特征在于具有纳米层级或具有部份纳米层级的微结构，当晶粒大小减小到纳米尺寸时就会产生新的界面，此界面上的局部原子排列为短程有序，有异于一般均质晶体的长程有序状态或是玻璃物质的无序状态，因此材料的性质不再仅仅由晶格上原子间的作用来决定，而必须考虑界面的贡献。

Whall和Parker首先提出二维多层膜结构。因量子井效应对热电材料传输性质的影响，多属于半导体的热电材料，若经MBE（分子束外延）或CVD（化学气相沉积）长成多层膜(或称超晶格)的结构后，其能带结构会因量子效应而使材料能隙加大，再加上膜与膜的界面亦会影响到样品的热传导系数，故将热电材料薄膜化后可预期会大幅改变其ZT值。例如,Koga研究团队理论预测在室温下Si()/Ge()的超晶格结构(于基座)，其ZT值要比Si块材大70倍。

除了二维的多层膜/超晶格结构外,一维的量子线结构也开始慢慢受到注意，研究者欲通过一维量子线更强的量子局限化效应来进一步提升热电材料之ZT值。例如，将熔融的热电材料Bi、Sb及Bi2Te3经高压注入多孔隙材料如阳极氧化铝或云母，可形成直径约8nm，长度约10m的纳米线。目这些纳米量子线阵列的量测都还在起步的阶段。上述的二维或一维纳米结构都因有基座或多孔隙材料的存在而使热电材料热传导系数的测量或实际应用产生相当的困难。

热电材料的两种应用方式。对不起，这道题我不会。他人来帮忙吗？

姓名: 成龙 英文：Jackie Chan 本名：陈港生、房仕龙 艺名：陈元龙 出生：香港 籍贯：山东临淄生日：1954年4月7日 生肖：马 星座：白羊座 血型：AB 百米成绩： 身高: 体重: 63公斤 嗜好：汽车，缓步跑 最喜欢明星：没有特别喜欢 最喜欢食物：鱼翅 最认可的动作女星：杨紫琼 最喜欢演员：查理卓别林 周同攀 最喜欢颜色：白、杏 婚姻：已婚，有一子 公司：滚石唱片, 嘉禾电影 英文自传：《我是成龙》 和影片自传《成龙-我的特技》任职2008奥运会形象大使 导演会的主席 武师公会的永远名誉会长 演艺人协会的副主席 摄影师学会副会长 灯光师工会的名誉会长成名作品《蛇形刁手》、《醉拳》，其中功夫喜剧《醉拳》获第卅四届亚太影展的最具启发性喜剧影片特别奖。 获奖作品：《警察故事》获香港金像奖最佳故事片奖《A计划》荣获当年最佳武术指导《超级警察》《重案组》荣获金马奖最佳男主角《新警察故事》荣获2005中国金鸡奖最佳男主角