1、概念不同
中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。受科技部委托，权威性名列国内首位。
中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，目前受到了学术界的广泛认同。从影响力来讲，其等级属同类划分中较权威的一种，是除南大核心、中国科学引文数据库（cscd）以外学术影响力最权威的一种。
2、评选方法不同
根据来源期刊的引文数据，进行规范化处理，计算各种期刊总被引频次、影响因子、即年指标、被引半衰期、论文地区分布数、基金论文数和自引总引比等项科技期刊评价指标，并按照期刊的所属学科、影响因子、总被引频次和期刊字顺分别进行排序。
核心期刊定量评价，采用了被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影响因子、被国内外重要检索工具收录、基金论文比、Web下载量等9个评价指标，选作评价指标统计源的数据库及文摘刊物达60余种，统计文献量达221177余万篇次（2006至2008年），涉及期刊14400余种。
3、领域不同
《中文核心期刊目录总览》由北京大学图书馆和北京高校图书馆期刊工作研究会主持。包括各个学科领域。
中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域。
中文核心期刊目录
《中文核心期刊目录总览》由中国知网、中国学术期刊网和北京大学图书馆期刊工作研究会联合发布中文核心期刊目录。
1992年推出《中文核心期刊目录总览》，1996年推出《中文核心期刊目录总览（第二版）》，2000年推出《中文核心期刊目录总览（第三版）》，2004年推出《中文核心期刊目录总览（第四版）》，2008年推出《中文核心期刊目录总览（第五版）》 。
注：从第六版开始，《中文核心期刊目录总览》改为3年一版，第六版为2011年12月版，2012年3-4月推出发行。
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