一、概念不同
注释，是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。
参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。
征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
二、分类不同
注释：中国古代分得较细，分别称之为注、释、传、笺、疏、章句等。
包含的内容很广。
诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。
有脚注、篇末注、夹注等形式。
古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。
现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。
不管采用何种方式，全书注文的编排一般要求统一，以便于读者查考。
文献类型：专著[M]，论文集[C]，报纸文章[N]，期刊文章[J]，学位论文[D]，报告[R]，标准[S]，专利[P]，论文集中的析出文献[A]。
电子文献类型：数据库[DB]，计算机[CP]，电子公告[EB]，
电子文献的载体类型：互联网[OL]，光盘[CD]，磁带[MT]，磁盘[DK]。
三、来源不同
注释在现代学术作品中一般分内容解释和来源解释两种。
前者多指对文章或书籍中某一部分词句作进一步说明，但为了防止冗杂而把它放在段落之外（文末或页边）。
后者一般是为了保障原作者的著作权，注明某此语句、词语、观点的来源，以便读者的查证，另一方面也是为了尊重他人的知识产权和劳动。
参考文献的著录来源是被著录的文献本身。
专著、连续出版物等可依次按题名页、封面、刊头等著录。
缩微制品、录音制品等非书资料可依据题名帧、片头、容器上的标签、附件等著录。
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