生物信息学与新冠论文

生物信息学我有来头

去年年底，和一个已经辞职去学校教书的原同事聊天，聊起了她去年参加的高级职称评审的事情。她说她参评的工程类高级职称，如果通过了，将得到和学校副教授一般的待遇，可惜没过。 问其原因，论文太少而且发文的刊物级别不高，她感叹说：“如果有一篇SCI就好了！” 我说高工不需要太高的刊物级别的，有的同事在区内的省级刊物发一篇就把副高得了。她说到了高校后标准就不一样了，至少要一篇EI才行，并且把她们学校的论文奖励标准发给我看了，一看震惊了，发表一篇SCI论文按不同级别奖励8000-20000，我的天哪？高校真是太有钱了！ 这SCI是什么东西，值得高校老师和学生们不遗余力的去苦苦追求。查了一下资料才知道SCI论文是指被SCI（Scientific Citation Index，《科学引文索引》）收录的期刊所刊登的论文。这种论文被大部分科研机构、高校等单位引入作为职称晋升和学位评定的标准。比如博士毕业就必须发表过SCI论文，要评教授更是硬指标。 这就导致很多高校的教师和学生不得不将很多精力浪费在于SCI论文的撰写与发表上。而且SCI论文都必须用外文撰写，又使得他们不得不不得不分出一部分精力用在外语上，挤占很多应该真正用在科研上的时间。 据了解一般SCI论文的版面费在1000-1500美元左右，换算成人民币的话就是7000-10000人民币左右，但是也有少数期刊的版面费非常高，达到15000元以上。早上在今日头条上还看到一篇文章说我国每年花在SCI论文发表上的费用都够造一艘航母了，这还真不是危言耸听啊！ 其实这些SCI论文对于大多数中国人来说就是阳春白雪，没有多少人能够用得上，即使看到了也看不懂，在国内的科技工作者想看看不到，想用用不了。比如我在工作中也会参考一些外文资料，但顶多就接触过一些美国SAE论文而已，那是相当于EI水平，SCI几乎没遇到过。 想想这次疫情，关于新冠病毒的论文大都首发在国外的SCI检索刊物上。如果不是2020 年 1 月 21 日，南开大学副教授高山在中文核心期刊《生物信息学》上发表关于《武汉 2019 病毒序列的生物信息学分析》一文被复旦大学张永振教授的指控，大部分国人都不知道这个病毒早被发现而且已经早就开展研究了。 而且国内专家在国外刊物发表论文的指出在去年12月中旬即存在人传人的现象。假如这些文章都在国内发表，是否能早些引起广泛关注，早做控制，是否能避免更多的悲剧。 国家教育部，科技部估计已经痛中思痛了吧！终于认识到了当前科研评价中存在SCI论文相关指标片面、过度、扭曲使用等现象。要求规范各类评价工作中SCI论文相关指标的使用了。 近日，教育部、科技部印发《关于规范高等学校SCI论文相关指标使用 树立正确评价导向的若干意见》（以下简称《意见》），对破除论文“SCI至上”提出明确要求。《意见》要求，要规范SCI论文相关指标使用。改进学科和学校评估，在评估中要突出创新质量和贡献，审慎选用量化指标。优化职称（职务）评聘办法，不把SCI论文相关指标作为职称（职务）评聘的直接依据，以及作为人员聘用的前置条件。这条对于我的那位从企业过去学校的同事应该是一大利好吧！至少不用去跟其他老师比拼英语了。 该《意见》还要求扭转考核奖励功利化倾向，学校不宜设置对院系和个人的论文指标要求，取消直接依据SCI论文相关指标对个人和院系的奖励。文首那份奖励表中的SCI发文奖金如果用到国内核心期刊发文奖励上是不是更容易激励国内高校教师学生的高水平论文发表，促进国内学术水平的进步，我们拭目以待。 该《意见》还对科学设置学位授予质量标准有了新要求：学校不宜将发表SCI论文数量和影响因子等指标作为学生毕业和学位授予的限制性条件。我一直想读个工程博士，但一直受制于英语水平不高，怕发不了SCI论文毕不了业，这样一来，唯一的障碍扫清了，今年该考虑了，要不然就老了。

弄清楚新冠病毒源头和传播途径，对于当前打赢全球疫情防控阻击战至关重要，对于防止同类疾病再次发生意义重大。新冠肺炎疫情发生以来，国内外科学界以前所未有的速度开展病毒溯源等相关研究工作，取得了阶段性成果和一定共识，为早日找到新冠病毒源头、有针对性地做好防控工作，奠定了科学基础。在研究过程中，科学界以事实为依据，站在科学规律的角度，对将病毒源头问题政治化、污名化、意识形态化的种种谬论，予以旗帜鲜明的驳斥。“病毒溯源本身是科学问题”病毒溯源是一个严肃的科学问题，同时也是一个复杂的科学难题。溯源的目的是为了从源头上切断病毒传播链、打好疫情防控全球战“疫”、防止病毒卷土重来，而非指责、“甩锅”。当前，国际上一些别有用心的人撇开科学研究与人类认识的规律性，恶意炒作病毒来源问题，抛出所谓的“人为论”、“隐瞒论”以及“道歉论”、“赔偿论”，给病毒溯源问题打上了鲜明的政治和意识形态烙印，甚至进行种族主义攻击，严重扭曲和毒化了病毒溯源本身的科学价值和意义。世界上许多科学家纷纷站出来澄清事实、讲述道理、驳斥谬论。病毒溯源“对传染病防治意义重大”。中东呼吸综合征冠状病毒的最早发现者、埃及病毒学家阿里·穆罕默德·扎基博士认为，人类对病毒的认识还远远不够，回击谣言最有力的武器是进一步的科学思考与求证。日本国立长崎大学病毒学家北里海雄说，病毒溯源、寻找中间宿主、研究病毒进入人群的传播途径，对于彻底切断病毒传播，意义十分重大。《柳叶刀》总编理查德·霍顿指出，我们确实要了解这种病毒的起源，知道它来自于哪里，了解它的传播过程，进而减少传播到人类的风险。中国科学院院士、中科院上海生命科学研究院研究员赵国屏表示，病毒溯源“对传染病防治意义重大。找到病毒源头，理解病原是如何发展成为对人类致病的病毒，才能回答病毒会不会反复出现，也就是大家关心的是否会卷土重来的问题”。追踪病毒的起源是一个非常具有挑战性的科学问题。国际病毒史学家协会的阿德里亚娜·埃吉博士和凡·巴克尔博士表示，追踪病毒突变需要对病毒的所有遗传物质——基因组进行排序，需要通过研究从成千上万的患者身上提取的病毒遗传物质，从中寻找疫情暴发的历史线索。美国微生物科学院院士、马里兰大学病毒学家赵玉琪博士指出，病毒溯源研究是一个科学难题，且具有很大的不确定性。科学家需要经过流行病学调查、基因组分析、宿主（中间宿主和自然宿主）筛查认定、野外取样、病毒分离株同源性研究以及最终的生物信息学分析认证等多个环节，才能追踪到病毒的源头。中国科学院微生物研究所研究员施一说，病毒溯源本身是科学问题。从病毒溯源科学研究全过程来看，这是一项科学难题，需要较长时间，需要各国科学家深入研究。