中国农业科学院直属的研究所之一，位于辽宁省兴城市。其前身兴城园艺试验场始建于1934年。1958年3月29日在与原华北农业科学研究所果树研究室合并的基础上建所，直属于中国农业科学院。1970年冬下放陕西，与陕西省果树研究所合并。1978年迁回辽宁省兴城市，与1973年成立的中国农业科学院兴城果树试验站合并，恢复原建制，仍名为中国农业科学院果树研究所。第一任所长张存实。
本所按中国农业科学院确定的任务，以仁果类果树为主要研究对象，面向全国，着重研究解决苹果、梨生产中重大科技问题，同时有重点地开展应用基础研究，大力加强开发研究。主要进行了苹果、梨种质资源的收集、保存和主要性状鉴定评价研究；苹果、梨、葡萄、西瓜新品种选育及优质丰产关键技术研究；苹果、梨营养生理、光合生理、贮藏生理及产地节能贮藏技术研究；苹果、梨主要病虫害综合防治技术及果树病毒病种类及脱毒技术研究；生物技术及电子计算机在果树上应用技术研究；国内外果树科技情报资料的收集分析、果树发展战略宏观研究。还承担组织、协调全国果树科研工作，如拟订科技规划、国家果树种质圃的规划布局、召集全国果树科技会议等项工作。
1990年该所有科技人员139人，其中高级研究人员31名。全所设有品种资源、生理贮藏、栽培、植保、情报资料5个研究室。有2个试验农场，总面积为141公顷，国家果树种质资源圃苹果、梨圃建在本所，保存苹果、梨、山楂种质资源共约1600份。综合实验室有大型仪器13台（件）。实验温室350平方米。图书馆藏书2万余册，订阅专业外文期刊71种，中文期刊138种，收集保存中文资料（内部文献）205800余份。
1980～1990年，向国外派出访问学者、进修人员及合作研究人员共28人次。先后与美国农业部贝茨维尔农业研究中心果树研究室、波兰果树研究所、保加利亚果树研究所开展国际合作研究。1986年开始承担培养硕士研究生任务。
建所以来共取得科研成果106项（次），其中获奖成果58项，含国家级奖3项，省部级奖15项。获国家级奖的项目是：梨新品种早酥、锦丰（全国科技大会奖，1978年）；苹果树腐烂病发生规律和防治技术（国家科学技术进步三等奖，1988年）；红香蕉苹果产地贮藏系列技术研究（国家科学技术进步三等奖，1989年）。
编辑出版果树专业期刊有《中国果树》（季刊）、《中国果树科技文摘》（年集）。组织国内著名果树专家编著了《中国果树栽培学》（第一版）、《中国果树病虫志》、参加主编《中国果树栽培学》（第二版）。由本所科技人员编著的专著主要有《东北的梨》、中国果树志第三卷《梨树志》、《苹果主要品种彩色图谱》、《梨主要品种彩色图谱》、《葡萄品种》、《梨树品种》、《苹果修剪技术》、《果树营养诊断》、《苹果、梨、葡萄病虫害防治》、《苹果园病虫综合治理》等。此外还编写、出版了苹果、梨、葡萄、西瓜等树种普及性技术丛书。
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