亚林所拥有一支结构合理、学术水平较高的科研队伍。至2007年3月底,全所在职职工总数154人,围绕科技创新体系的五大学科领域、十八个研究方向,聘用非营利编制人员84人,其中具有研究生学历人员50人,正高级职称人员15人,副高级职称人员24人;国家级和部省级有突出贡献中青年专家3人;中国林科院首席科学家2人,首席(资深专家)12人。有博士生导师6人,可招收生态学、林木遗传育种专业的博士研究生;硕士生导师24人,可招收植物学、林木遗传、森林培育、生态学、森林保护学等专业的硕士研究生,目前在读研究生80余人。现设森林生态、森林资源管理与可持续经营、林木抗逆育种、林木遗传改良、竹林培育、经济林培育、分子生物学与分子遗传、林木种质资源、竹类植物遗传育种、树木生理、植物组织与细胞工程、微生物工程、森林保护、城市林业、园林植物培育、林副产品深加工与生化工程16个研究组。中国林学会竹子分会、中国林学会林业情报专业委员会华东区科技信息委员会挂靠本所。