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请问你是如何删除的？可能是删除方法不正确
考虑是不是用了修订模式，如果是修订模式接受对文档的所有修订再更新一下endnote插入文献可以恢复。
word中点Endnote X4工具栏，选择 Edit & Manage Citations，再选择对应的文献，点Remove就可以了
直接就删了，不用管的。或者将删除段落的参考文献标题用delete键删掉，再删段落
考虑是不是用了修订模式，如果是修订模式接受对文档的所有修订再更新一下endnote插入文献可以恢复。
我刚也遇到这个问题，已经解决了：随便选中一个文章中的引用，在word工具栏的endnote栏里面的edit&manage citations里面删除，选择remove sitation，这篇引用可以被正确删除，说明endnote恢复正常了，之前错乱的序号已经恢复；go to endnote，把你刚删除的需要的引文再用正确的方法加回来即可。
选中需要删除的文献，点右上角的删除就可以了。如果想要批量清空文献参考，那么选中需要批量删除的文献后，点击右上角的删除选项即可，在清空文献参考时要注意是否删除正确。对于专题中的文献，可以筛选，排序，批量选中，进行移动，复制，删除，批量引用。可以在文献列表中，对单篇文献进行标注重要程度，查看文献的题录信息，生成引用，可以自动记录上次学习时间。
格式有问题。首先从你这个弹出来的提示来看是你的参考文献格式有问题，你用Numbered这个格式在你的endnote中并不存在，所以你可以尝试换一个参考文献格式，比如nature然后再删除参考文献。还有就是endnote删除参考文献不能直接用backspace删除，需要在word中的endnote工具栏中删除。
选中要删除的文献，直接拖到trash垃圾箱就行！
1、打开Endnote软件，依次点击edit，选择其下的preferences。2、在弹出的Endnote preferences对话框中，选择第四个Duplicates（重复），在对话框的右边，就可以设置标准了，一般以作者、姓名以及题目相同就会判定为重复，勾选前三项，并且选择ignore spacing and punctnapunctna3、设置好后，将Atuomatically discard duplicates前面的勾在勾上，点击确定，这样在下次导入PDF文档时，如果出现重复文档，Endnote就会自动的去除重复的文档
在正文引用序号后点击，然后点击Edit & Manage Citation按钮，然后点edit reference后面下拉三角形的remove就行
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