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可以通过修改导出参考文献的output style来实现这个目的。例如ACS style的参考文献输出格式就是上标为数字。选中合适的style之后，再点击insert键即可插入参考文献了。如果参考文献已经插入好了，直接在word工具栏中选择更改style即可。望采纳，谢谢！
edit——outputstyles——editACS——citations——template——直接在citation下的BibliographyNumber前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名。Endnote由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson ResearchSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位于美国康涅狄格州的Stanford。Endnote利用Z50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。Connection Files的设置可以自己创建或修改。EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF),HTML,XML，和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。
参考文献编号EditLibraryReference进行修改。具体步骤如下1、打开【文档】。2、选中【参考文献编号】。3、点击【EditLibraryReference】。4、将标题改为小写，点击【File】将其保存。endnote是由ThomsonCorporation下属的ThomsonResearchSoft开发的软件。EndNote是SCI（ThomsonScientific公司）的官方软件，支持国际期刊的参考文献格式有3776种，写作模板几百种，涵盖各个领域的杂志。
你用Word 页面上的缩进就可以调了啊
word中的endnote标签中调。见图。注意，要把相关的style中的hang有效开关打开。见图。
edit——outputstyles——editACS——citations——template——直接在citation下的BibliographyNumber前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名。Endnote由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson ResearchSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位于美国康涅狄格州的Stanford。Endnote利用Z50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。Connection Files的设置可以自己创建或修改。EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF),HTML,XML，和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。
这是output style的问题。如果用IEEE的output style，自动就是【1】的类型。如果你要自己设定，可以edit--output style--edit"你要设定的style",在打开来的窗口中，citation---templates中修改即可
在Word2010中，用EndNoteX6插入参考文献时，如何使正文内的文献编号自动变成上标形式？如使下图中的3个文献编号变成上标，而不需要在Word中一个一个单独进行调整。上图中所用样式为“Numbered Copy”。切换到EndNote X6的界面，进入Edit菜单下的Output Styles，点击Edit Numbered Copy。左侧点击Cittations下的Templates，右侧可以看到Citation的内容为[Bibliography Number]。选中[Bibliography Number]，点击上方的“A1”按钮，将其更改为上标模式。点击右上角的关闭按钮退出Style的编辑模式，会弹出对话框提示是否保存更改。点击“是”保存更改。最后切换到Word2010的界面。进入EndNote X6的菜单，随便换一个Style，然后再换回成Numbered Copy。
你改style就行了。比如ieee的style就是 正常的数字[1]
参考文献加标注一般是在引用文字的末尾点击插入）引用——脚注和尾注，选择尾注就可以了，参考文献应该属于尾注，在菜单里选“插入---引用----脚注和尾注”，脚注是在文章的某一页下面的注解，而尾注就是在文章最后了，打开后就可以选编码，即角码。可以自己设定类型、格式。双击编码就可以在文章和参考文献间转换。在英文输入法状态下输入[1],选中[1]按ctrl+shift++号键把光标放在引用参考文献的地方，在菜单栏上选“插入｜脚注和尾注”，弹出的对话框中选择“尾注”，点击“选项”按钮修改编号格式为阿拉伯数字，位置为“文档结尾”，确定后Word就在光标的地方插入了参考文献的编号，并自动跳到文档尾部相应编号处请你键入参考文献的说明，在这里按参考文献著录表的格式添加相应文献。参考文献标注要求用中括号把编号括起来，至今我也没找到让Word自动加中括号的方法，需要手动添加中括号。 在文档中需要多次引用同一文献时，在第一次引用此文献时需要制作尾注，再次引用此文献时点“插入｜交叉引用”，“引用类型”选“尾注”，引用内容为“尾注编号（带格式）”，然后选择相应的文献，插入即可。 不要以为已经搞定了，我们离成功还差一步。论文格式要求参考文献在正文之后，参考文献后还有发表论文情况说明、附录和致谢，而Word的尾注要么在文档的结尾，要么在“节”的结尾，这两种都不符合我们的要求。 解决的方法似乎有点笨拙。首先删除尾注文本中所有的编号（我们不需要它，因为它的格式不对），然后选中所有尾注文本（参考文献说明文本），点“插入｜书签”，命名为“参考文献文本”，添加到书签中。这样就把所有的参考文献文本做成了书签。在正文后新建一页，标题为“参考文献”，并设置好格式。光标移到标题下，选“插入｜交叉引用”，“引用类型”为“书签”，点“参考文献文本”后插入，这样就把参考文献文本复制了一份。选中刚刚插入的文本，按格式要求修改字体字号等，并用项目编号进行自动编号。 到这里，我们离完美还差一点点。打印文档时，尾注页同样会打印出来，而这几页是我们不需要的。当然，可以通过设置打印页码范围的方法不打印最后几页。这里有另外一种方法，如果你想多学一点东西，请接着往下看。选中所有的尾注文本，点“格式｜字体”，改为“隐藏文字”，切换到普通视图，选择“视图｜脚注”，此时所有的尾注出现在窗口的下端，在“尾注”下拉列表框中选择“尾注分割符”，将默认的横线删除。同样的方法删除“尾注延续分割符”和“尾注延续标记”。删除页眉和页脚（包括分隔线），选择“视图｜页眉和页脚”，首先删除文字，然后点击页眉页脚工具栏的“页面设置”按钮，在弹出的对话框上点“边框”，在“页面边框”选项卡，边框设置为“无”，应用范围为“本节”；“边框”选项卡的边框设置为“无”，应用范围为“段落”。切换到“页脚”，删除页码。选择“工具｜选项”，在“打印”选项卡里确认不打印隐藏文字（Word默认）。 参考文献格式：作者题名[D]所在城市:保存单位,发布年份李琳住院烧伤患者综合健康状况及其影响因素研究[D]福州:福建医科大学,其他的：作者题名[J]刊名,年,卷(期):起止页码沈平,彭湘粤,黎晓静,等临床路径应用于婴幼儿呼吸道异物手术后的效果[J]中华护理杂志,2012,47(10):930-作者书名[M] 版次出版地: 出版者,出版年:起止页码胡雁护理研究[M]第4版北京:人民卫生出版社,2012:作者题名[N]报纸名,出版日期(版次)丁文祥数字革命与国际竞争[N]中国青年报,2000-11-20(15)作者题名[EB/OL]网址,发表日期/引用日期(任选)世界卫生组织关于患者安全的10个事实 [EB/OL]其他： [R]、[P]、[A]、[C]、[Z]等。
自动设置word编号为[1] [2] [3]的方法：选择要加入编号的文本段落，格式/项目符号和编号/编号/自定义，编号格式默认为“”，你在修改为“[]”，就OK了。系统默认有缩进，如果你的参考文献一行放不下，又不希望在下一行缩进，一般的论文格式规范好象都是如此，就把制表位和缩进值都设为0。
项目编号，或是编号，还有多级列表可自由选用，在段落设置里
论文如何正确标注参考文献，word中怎么标注参考文献
参考文献编号EditLibraryReference进行修改。具体步骤如下1、打开【文档】。2、选中【参考文献编号】。3、点击【EditLibraryReference】。4、将标题改为小写，点击【File】将其保存。endnote是由ThomsonCorporation下属的ThomsonResearchSoft开发的软件。EndNote是SCI（ThomsonScientific公司）的官方软件，支持国际期刊的参考文献格式有3776种，写作模板几百种，涵盖各个领域的杂志。
edit——outputstyles——editACS——citations——template——直接在citation下的BibliographyNumber前后分别加上[与]，然后关闭，会提示保存，然后随便命个名。Endnote由Thomson Corporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。 Thomson ResearchSoft是以学术信息市场化和开发学术软件为宗旨的子公司。Thomson Corporation总部位于美国康涅狄格州的Stanford。Endnote利用Z50信息获取协议可以方便进入全世界绝大多数的文献数据库，并将连接和搜索这些数据库的信息用“Connection Files”的形式储存起来直接提供给使用者。Connection Files的设置可以自己创建或修改。EndNote库内的文献可以以4种格式导出：Rich Text Format (RTF),HTML,XML，和 plain text documents（TXT）。从而创建独立的文献集或者创建可以导入到其他数据库的参考文献。导出的文献样式由当前样式决定，当前样式可以从“Edit”菜单下的“Output Styles”或者工具栏上的样式下拉框选定。